[日本語] English
万見
- PDB-3k3j: P38alpha bound to novel DFG-out compound PF-00416121 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3j
タイトルP38alpha bound to novel DFG-out compound PF-00416121
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードTRANSFERASE / p38alpha kinase / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation ...positive regulation of cyclase activity / stress-activated protein kinase signaling cascade / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / CD163 mediating an anti-inflammatory response / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / cartilage condensation / DSCAM interactions / cellular response to UV-B / Platelet sensitization by LDL / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myoblast fusion / positive regulation of muscle cell differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / Myogenesis / glucose import / Activation of the AP-1 family of transcription factors / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / ERK/MAPK targets / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / MAP kinase kinase activity / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / signal transduction in response to DNA damage / positive regulation of myoblast differentiation / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / p38MAPK events / striated muscle cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of brown fat cell differentiation / osteoclast differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / positive regulation of glucose import / NOD1/2 Signaling Pathway / response to insulin / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / placenta development / cell morphogenesis / platelet activation / cellular response to virus / VEGFA-VEGFR2 Pathway / spindle pole / positive regulation of protein import into nucleus / osteoblast differentiation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / glucose metabolic process / chemotaxis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cellular senescence / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / peptidyl-serine phosphorylation / protein phosphatase binding / angiogenesis / secretory granule lumen / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / ficolin-1-rich granule lumen / transcription by RNA polymerase II / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / nuclear speck / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-F4C / Chem-I46 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.995 Å
データ登録者Kazmirski, S.L. / DiNitto, J.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2009
タイトル: The Design, Synthesis and Potential Utility of Fluorescence Probes that Target DFG-out Conformation of p38alpha for High Throughput Screening Binding Assay.
著者: Tecle, H. / Feru, F. / Liu, H. / Kuhn, C. / Rennie, G. / Morris, M. / Shao, J. / Cheng, A.C. / Gikunju, D. / Miret, J. / Coli, R. / Xi, S.H. / Clugston, S.L. / Low, S. / Kazmirski, S. / Ding, ...著者: Tecle, H. / Feru, F. / Liu, H. / Kuhn, C. / Rennie, G. / Morris, M. / Shao, J. / Cheng, A.C. / Gikunju, D. / Miret, J. / Coli, R. / Xi, S.H. / Clugston, S.L. / Low, S. / Kazmirski, S. / Ding, Y.H. / Cao, Q. / Johnson, T.L. / Deshmukh, G.D. / Dinitto, J.P. / Wu, J.C. / English, J.M.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2133
ポリマ－41,4871
非ポリマー7262
水2,756153
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.179, 74.722, 77.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti- ...Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha / Cytokine suppressive anti-inflammatory drug-binding protein / CSAID-binding protein / CSBP / MAX-interacting protein 2 / MAP kinase MXI2 / SAPK2A


分子量: 41487.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK14, CSBP, CSBP1, CSBP2, CSPB1, MXI2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16539, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-F4C / 2-(4-fluorophenyl)-3-oxo-6-pyridin-4-yl-N-[2-(trifluoromethyl)benzyl]-2,3-dihydropyridazine-4-carboxamide


分子量: 468.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H16F4N4O2
#3: 化合物 ChemComp-I46 / 2-fluoro-4-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]pyridine


分子量: 257.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9F2N3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: The compound 2-fluoro-4-[4-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazol-3-yl]pyridine is required to obtain the crystal form, Vapor Diffusion, Hanging Drop, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日
詳細: 165mm-diameter circular aperture, 0.79 micron pixels on the phosphor
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator; sagitally focused second crystal. Vertical focusing via a one-meter, Pt/Pd-coated cylindrically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26768 / 冗長度: 6 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.995→33.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.477 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24528 1346 5 %RANDOM
Rwork0.19303 ---
obs0.19574 25372 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.268 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20 Å20 Å2
2---1.51 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.995→33.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2659 0 53 153 2865
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0222777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.9873771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7723.906128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.77915475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.6491518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022102
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.21908
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2760.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2611.51707
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.87722669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82931246
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0774.51102
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 81 -
Rwork0.22 1773 -
obs--95.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.6320.15651.06757.66922.34984.5738-0.03460.4548-0.2881-0.88810.396-0.6661-0.17570.4206-0.3614-0.1601-0.03830.1652-0.1354-0.1879-0.083116.9338-1.0143-21.5294
20.95080.76040.34442.44031.91551.59280.00690.006-0.0675-0.16420.1563-0.1359-0.1290.1145-0.1632-0.0987-0.01290.0107-0.1384-0.0093-0.10818.56086.0682-10.2544
35.95180.21421.87760.01330.12941.27050.23280.5799-0.5007-0.14320.1493-0.2527-0.26980.1171-0.3821-0.05040.06540.0035-0.0545-0.1076-0.08733.1104-1.0483-21.9847
42.1267-0.67710.7771.10560.5420.98410.07550.0087-0.0767-0.0334-0.1528-0.12770.1245-0.02910.0773-0.0857-0.02140.037-0.1178-0.0375-0.1305-13.0321-4.1296-16.2743
54.06060.59231.667211.84782.04761.13040.11980.32560.0768-0.2520.0452-0.75270.04440.0972-0.165-0.10610.03050.0762-0.1138-0.0416-0.135-5.3696-3.0563-21.8483
61.4049-0.6634-2.37771.2561.96668.95150.1543-0.01940.3595-0.029-0.0962-0.23720.01040.1899-0.0582-0.13150.0235-0.0046-0.094-0.0386-0.063-16.225214.0435-16.9096
71.1883-0.8421-0.82361.6260.80921.08010.09480.09390.0412-0.164-0.1890.12030.0505-0.16050.0942-0.11820.0296-0.0331-0.0912-0.0551-0.1135-22.73369.9788-20.6596
80.22690.1913-0.11562.64810.11540.2011-0.00360.07280.0234-0.1395-0.07240.49280.0031-0.11530.0759-0.146-0.0126-0.0405-0.0389-0.0901-0.0576-28.82067.7805-18.1895
93.75282.49951.65452.77891.62621.02410.0149-0.1630.07040.1348-0.070.11110.0999-0.04750.0551-0.0864-0.05420.0201-0.1299-0.0228-0.1848-6.59540.4986-5.9285
100.15910.8389-0.405112.13341.55042.79560.0033-0.625-0.23290.12120.182-0.37760.2117-0.1427-0.1853-0.08820.0194-0.0955-0.1187-0.0121-0.079611.6354-0.6922-4.197
1178.3565-2.6472-0.8340.08940.02820.00893.03180.9093-1.6017-0.5754-0.88720.3671-0.3694-1.8652-2.14460.00310.00270.05120.0047-0.04910.00551.13243.8884-15.4087
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2A51 - 100
3X-RAY DIFFRACTION3A101 - 116
4X-RAY DIFFRACTION4A121 - 150
5X-RAY DIFFRACTION5A151 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6A183 - 200
7X-RAY DIFFRACTION7A201 - 250
8X-RAY DIFFRACTION8A251 - 300
9X-RAY DIFFRACTION9A301 - 340
10X-RAY DIFFRACTION10A341 - 352
11X-RAY DIFFRACTION11A361

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る