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- PDB-3k3d: The N-terminal PAS domain crystal structure of RV1364C from Mycob... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k3d
タイトルThe N-terminal PAS domain crystal structure of RV1364C from Mycobacterium Tuberculosis at 2.3 angstrom
要素Protein Rv1364c/MT1410
キーワードSIGNALING PROTEIN / SENSOR / PAS / SIGNAL TRANSDUCTION / FATTY-ACID BINDING / SIGMA FACTOR REGULATOR
機能・相同性
機能・相同性情報


alkaline phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity ...alkaline phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / histone H2AXS140 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat Y1 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat T4 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MAP kinase serine/threonine phosphatase activity / calmodulin-dependent protein phosphatase activity / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / manganese ion binding / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Histidine kinase-like ATPase domain / : / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / PAS fold-4 / STAS domain / PAS fold / Sigma factor PP2C-like phosphatases / STAS domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain ...Histidine kinase-like ATPase domain / : / Stage II sporulation protein E (SpoIIE) / PAS fold-4 / STAS domain / PAS fold / Sigma factor PP2C-like phosphatases / STAS domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / STAS domain profile. / STAS domain / STAS domain superfamily / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidomain regulatory protein Rv1364c / Multidomain regulatory protein Rv1364c
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者King-Scott, J. / Panjikar, S. / Tucker, P.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The N-Terminal Pas Domain Crystal Structure of Rv1364C from Mycobacterium Tuberculosis at 2.3 Angstrom.
著者: King-Scott, J. / Panjikar, S. / Tucker, P.A.
履歴
登録2009年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein Rv1364c/MT1410


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8421
ポリマ－16,8421
非ポリマー00
水36020
1
A: Protein Rv1364c/MT1410

A: Protein Rv1364c/MT1410


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6852
ポリマ－33,6852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
2
A: Protein Rv1364c/MT1410

A: Protein Rv1364c/MT1410

A: Protein Rv1364c/MT1410

A: Protein Rv1364c/MT1410


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3694
ポリマ－67,3694
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+2/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+2/31
Buried area9040 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.137, 60.137, 171.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Protein Rv1364c/MT1410


分子量: 16842.314 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: MT1410, MTCY02B10.28c, Rv1364c / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: Q11034, UniProt: P9WLZ7*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.82 %
結晶化温度: 292.16 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS- HCL, 0.1 M SODIUM CHLORIDE, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.16K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.972 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月20日
放射モノクロメーター: FIXED EXIT DOUBLE CRYSTAL SI [111], HORIZONTALLY FOCUSING
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 8731 / Num. obs: 8731 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 21.3 % / Biso Wilson estimate: 59.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 39
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 22.8 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
Auto-Rickshaw位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MODEL BUILT FROM SELENIUM MAD

解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 15.941 / SU ML: 0.191 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.337 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1226 14.1 %RANDOM
Rwork0.243 ---
all0.251 8685 --
obs0.251 8685 98.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.02 Å21.51 Å20 Å2
2--3.02 Å20 Å2
3----4.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1025 0 0 20 1045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221055
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.951431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2155127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.78622.66760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.5215172
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2191515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02838
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2950.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6331.5651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1132.51024
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9055456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.49110406
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 63 -
Rwork0.297 450 -
obs-450 84.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2808-1.69350.89538.9688-4.35058.52860.20810.31830.2766-0.6502-0.147-0.47230.04640.9353-0.0611-0.06920.29420.0313-0.2617-0.0382-0.326718.841126.358232.1842
22.8933-3.11370.08019.398-0.8186.1052-0.0087-0.3539-0.68380.52070.20581.96460.4058-1.7719-0.1971-0.04670.19130.00580.21750.10110.1176-0.751526.593242.6956
31.5438-1.16812.271916.7656-15.08718.745-0.0207-0.5117-0.17610.67380.47010.3127-0.3592-1.3259-0.4493-0.07460.2680.0123-0.06050.0145-0.26145.780228.029948.7249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2A27 - 95
3X-RAY DIFFRACTION3A103 - 138

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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