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- PDB-3k2n: The crystal structure of sigma-54-dependent transcriptional regul... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k2n
タイトルThe crystal structure of sigma-54-dependent transcriptional regulator domain from Chlorobium Tepidum TLS
要素Sigma-54-dependent transcriptional regulator
キーワードtranscription regulator / sigma-54-dependent transcriptional regulator domain / Chlorobium tepidum TLS / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / ATP-binding / DNA-binding / Nucleotide-binding / Transcription / Transcription regulation / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / GAF domain ...Sigma-54 interaction domain ATP-binding region A signature. / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 2 / Sigma-54 interaction domain ATP-binding region B signature. / Sigma-54 interaction domain profile. / Sigma-54 interaction domain / RNA polymerase sigma factor 54 interaction domain / DNA binding HTH domain, Fis-type / Bacterial regulatory protein, Fis family / GAF domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Homeobox-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sigma-54-dependent transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of sigma-54-dependent transcriptional regulator domain from Chlorobium
著者: Wu, R. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sigma-54-dependent transcriptional regulator
B: Sigma-54-dependent transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8242
ポリマ－39,8242
非ポリマー00
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2340 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.121, 81.250, 83.522
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sigma-54-dependent transcriptional regulator


分子量: 19912.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium tepidum TLS (バクテリア)
株: taxon:194439 / 遺伝子: CT0108, GAF / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8KG60
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Na acetate, 20% PEG3k, 0.1M Na-Hepes PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月18日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 17064 / Num. obs: 16911 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 4.875
反射 シェル解像度: 2.58→2.66 Å / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.615 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.9 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2803 678 5.02 %
Rwork0.1967 --
obs0.2009 13494 99.83 %
all-11428 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.885 Å2 / ksol: 0.327 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å20 Å20 Å2
2--5.3 Å20 Å2
3----3.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2784 0 0 37 2821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1733828
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2491042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003492
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5002-2.69320.37091220.28462515X-RAY DIFFRACTION99
2.6932-2.96420.34841490.23952497X-RAY DIFFRACTION100
2.9642-3.3930.28651370.20622537X-RAY DIFFRACTION100
3.393-4.27430.30351310.17052579X-RAY DIFFRACTION100
4.2743-45.62220.22771390.1792688X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined1.86010.2874-0.52230.91920.24991.17590.05420.31140.0573-0.1546-0.0804-0.05290.0301-0.0440.02320.2840.0234-0.04190.3180.02630.243624.202439.567334.1165
21.24670.1019-0.30891.0060.48541.73760.03620.259-0.1103-0.01360.06370.1169-0.0089-0.1727-0.0490.2454-0.0603-0.05640.30430.00970.239
精密化 TLSグループSelection details: chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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