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- PDB-3k1q: Backbone model of an aquareovirus virion by cryo-electron microsc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1q
タイトルBackbone model of an aquareovirus virion by cryo-electron microscopy and bioinformatics
要素
  • (Outer capsid ...) x 2
  • Core protein VP6
  • VP1
  • VP3A
  • VP3B
キーワードVIRUS / cryoEM / bioinformatics / structure-based refinement / macromolecular assembly / GCRV virion
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cell surface binding / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / viral capsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity ...symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cell surface binding / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / viral capsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family ...Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid VP7 / Core protein VP6 / Putative outer capsid VP4 / RNA helicase / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Grass carp reovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Cheng, L.P. / Zhu, J. / Hiu, W.H. / Zhang, X.K. / Honig, B. / Fang, Q. / Zhou, Z.H.
引用
ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Backbone model of an aquareovirus virion by cryo-electron microscopy and bioinformatics.
著者: Lingpeng Cheng / Jiang Zhu / Wong Hoi Hui / Xiaokang Zhang / Barry Honig / Qin Fang / Z Hong Zhou /
要旨: Grass carp reovirus (GCRV) is a member of the aquareovirus genus in the Reoviridae family and has a capsid with two shells-a transcription-competent core surrounded by a coat. We report a near-atomic- ...Grass carp reovirus (GCRV) is a member of the aquareovirus genus in the Reoviridae family and has a capsid with two shells-a transcription-competent core surrounded by a coat. We report a near-atomic-resolution reconstruction of the GCRV virion by cryo-electron microscopy and single-particle reconstruction. A backbone model of the GCRV virion, including seven conformers of the five capsid proteins making up the 1500 molecules in both the core and the coat, was derived using cryo-electron microscopy density-map-constrained homology modeling and refinement. Our structure clearly showed that the amino-terminal segment of core protein VP3B forms an approximately 120-A-long alpha-helix-rich extension bridging across the icosahedral 2-fold-symmetry-related molecular interface. The presence of this unique structure across this interface and the lack of an external cementing molecule at this location in GCRV suggest a stabilizing role of this extended amino-terminal density. Moreover, part of this amino-terminal extension becomes invisible in the reconstruction of transcription-competent core particles, suggesting its involvement in endogenous viral RNA transcription. Our structure of the VP1 turret represents its open state, and comparison with its related structures at the closed state suggests hinge-like domain movements associated with the mRNA-capping machinery. Overall, this first backbone model of an aquareovirus virion provides a wealth of structural information for understanding the structural basis of GCRV assembly and transcription.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Building Models for Molecular Assemblies by Cryo-electron Microscopy, Homology Modeling and Multi-scale Structure-Based Refinement
著者: Honig, B.
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月14日Group: Database references / Other
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP1
B: VP3A
C: VP3B
D: Core protein VP6
E: Core protein VP6
F: Outer capsid VP7
G: Outer capsid VP7
H: Outer capsid VP7
I: Outer capsid VP5
J: Outer capsid VP5
K: Outer capsid VP5
L: Outer capsid VP7
M: Outer capsid VP7
N: Outer capsid VP7
O: Outer capsid VP5
P: Outer capsid VP5
Q: Outer capsid VP5
R: Outer capsid VP7
S: Outer capsid VP7
T: Outer capsid VP7
U: Outer capsid VP5
V: Outer capsid VP5
W: Outer capsid VP5
X: Outer capsid VP5
Y: Outer capsid VP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,449,51625
ポリマ－1,449,51625
非ポリマー00
水00
1
A: VP1
B: VP3A
C: VP3B
D: Core protein VP6
E: Core protein VP6
F: Outer capsid VP7
G: Outer capsid VP7
H: Outer capsid VP7
I: Outer capsid VP5
J: Outer capsid VP5
K: Outer capsid VP5
L: Outer capsid VP7
M: Outer capsid VP7
N: Outer capsid VP7
O: Outer capsid VP5
P: Outer capsid VP5
Q: Outer capsid VP5
R: Outer capsid VP7
S: Outer capsid VP7
T: Outer capsid VP7
U: Outer capsid VP5
V: Outer capsid VP5
W: Outer capsid VP5
X: Outer capsid VP5
Y: Outer capsid VP7
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,970,9881500
ポリマ－86,970,9881500
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP1
B: VP3A
C: VP3B
D: Core protein VP6
E: Core protein VP6
F: Outer capsid VP7
G: Outer capsid VP7
H: Outer capsid VP7
I: Outer capsid VP5
J: Outer capsid VP5
K: Outer capsid VP5
L: Outer capsid VP7
M: Outer capsid VP7
N: Outer capsid VP7
O: Outer capsid VP5
P: Outer capsid VP5
Q: Outer capsid VP5
R: Outer capsid VP7
S: Outer capsid VP7
T: Outer capsid VP7
U: Outer capsid VP5
V: Outer capsid VP5
W: Outer capsid VP5
X: Outer capsid VP5
Y: Outer capsid VP7
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 7.25 MDa, 125 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,247,582125
ポリマ－7,247,582125
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP1
B: VP3A
C: VP3B
D: Core protein VP6
E: Core protein VP6
F: Outer capsid VP7
G: Outer capsid VP7
H: Outer capsid VP7
I: Outer capsid VP5
J: Outer capsid VP5
K: Outer capsid VP5
L: Outer capsid VP7
M: Outer capsid VP7
N: Outer capsid VP7
O: Outer capsid VP5
P: Outer capsid VP5
Q: Outer capsid VP5
R: Outer capsid VP7
S: Outer capsid VP7
T: Outer capsid VP7
U: Outer capsid VP5
V: Outer capsid VP5
W: Outer capsid VP5
X: Outer capsid VP5
Y: Outer capsid VP7
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 8.7 MDa, 150 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,697,099150
ポリマ－8,697,099150
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

-
タンパク質 , 4種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 VP1


分子量: 141512.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grass carp reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9E3W0
#2: タンパク質 VP3A


分子量: 112883.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grass carp reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9E3V8
#3: タンパク質 VP3B


分子量: 130304.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grass carp reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9E3V8
#4: タンパク質 Core protein VP6


分子量: 44606.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grass carp reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU64

-
Outer capsid ... , 2種, 20分子 FGHLMNRSTYIJKOPQUVWX

#5: タンパク質
Outer capsid VP7


分子量: 29844.648 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grass carp reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU63
#6: タンパク質
Outer capsid VP5


分子量: 67715.734 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Grass carp reovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q8JU67

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Aqaurevirus: Grass carp reovirus (GCRV) / タイプ: VIRUS / 別称: sputnik
ウイルスについての詳細ホストのカテゴリ: CARP / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Ctenopharyngodon idella
緩衝液詳細: 10mM phosphate-buffered saline
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil holey carbon grids, 2um/1um type
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Manual pluger freshing into liquid ethane

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
詳細: The electron beam is carefully monitored to ensure that the beam is just slightly larger than the CCD. See above
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 154380 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 77 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD
画像スキャンデジタル画像の数: 4000
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

-
解析

CTF補正詳細: Fully corrected. See Zhou et al., 1999, J. Virol. 73, 3210-3218
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 粒子像の数: 15000 / ピクセルサイズ（公称値）: 0.97 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 0.97 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数101798 0 0 0 101798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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