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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3k0n | ||||||
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タイトル | Room temperature structure of CypA | ||||||
要素 | Cyclophilin A | ||||||
キーワード | ISOMERASE / proline isomerase / Cyclosporin / Host-virus interaction / Isopeptide bond / Phosphoprotein / Rotamase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation ...negative regulation of protein K48-linked ubiquitination / negative regulation of viral life cycle / regulation of apoptotic signaling pathway / cell adhesion molecule production / lipid droplet organization / heparan sulfate binding / regulation of viral genome replication / virion binding / leukocyte chemotaxis / endothelial cell activation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / Basigin interactions / cyclosporin A binding / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / Uncoating of the HIV Virion / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / protein peptidyl-prolyl isomerization / Calcineurin activates NFAT / viral release from host cell / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of viral genome replication / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / : / neutrophil chemotaxis / activation of protein kinase B activity / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / negative regulation of protein phosphorylation / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / positive regulation of protein secretion / negative regulation of protein kinase activity / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / neuron differentiation / platelet activation / platelet aggregation / integrin binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / unfolded protein binding / protein folding / Platelet degranulation / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to oxidative stress / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of protein phosphorylation / focal adhesion / Neutrophil degranulation / apoptotic process / protein-containing complex / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.391 Å | ||||||
データ登録者 | Fraser, J.S. / Alber, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2009 タイトル: Hidden alternative structures of proline isomerase essential for catalysis. 著者: Fraser, J.S. / Clarkson, M.W. / Degnan, S.C. / Erion, R. / Kern, D. / Alber, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3k0n.cif.gz | 121 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3k0n.ent.gz | 97 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3k0n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3k0n_validation.pdf.gz | 424.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3k0n_full_validation.pdf.gz | 427.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3k0n_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3k0n_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/3k0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/3k0n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18036.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPIA, CYPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62937, peptidylprolyl isomerase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.13 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 22% PEG 3350, 5 mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 288 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.115831 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月31日 |
放射 | モノクロメーター: Kohzu Dual Double Crystal Monochromator (DDCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.115831 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→50 Å / Num. all: 41498 / Num. obs: 39216 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 21 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.44 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 3743 / Rsym value: 0.507 / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 2CPL 解像度: 1.391→33.334 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 14.71 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.954 Å2 / ksol: 0.36 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.391→33.334 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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