PDB-3k0b: Crystal structure of a predicted N6-adenine-specific DNA methylas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3k0b

タイトル

Crystal structure of a predicted N6-adenine-specific DNA methylase from Listeria monocytogenes str. 4b F2365

要素

predicted N6-adenine-specific DNA methylase

キーワード

structural genomics / unknown function / methylase / PF01170 / putative RNA methylase / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Methyltransferase / Transferase

機能・相同性

VC0802-like - #30 / VC0802-like / Vaccinia Virus protein VP39 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Listeria monocytogenes str. 4b (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Nocek, B. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a predicted N6-adenine-specific DNA methylase from Listeria monocytogenes str. 4b F2365
著者: Nocek, B. / Xu, X. / Cui, H. / Ng, J. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3k0b.cif.gz	103.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3k0b.ent.gz	77.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3k0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3k0b_validation.pdf.gz	448 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3k0b_full_validation.pdf.gz	451.3 KB	表示
XML形式データ	3k0b_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3k0b_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/3k0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k0/3k0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1lqw-d 2pof-d 5z7b-d 3tm5-1 4crq-d 3ldu-d 4w9d-2 6zmp-d 3le7-d 3qek-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: apc64818

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: predicted N6-adenine-specific DNA methylase

ヘテロ分子

44.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.949, 46.156, 91.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 131.09, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

likely monomer

#1: タンパク質	predicted N6-adenine-specific DNA methylase 分子量: 44612.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes str. 4b (バクテリア) 株: F2365 / 遺伝子: LMOf2365_1916 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q71YC9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.17 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 25 % PEG3350 0.1 M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→40 Å / Num. all: 63435 / Num. obs: 62193 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 29 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 32
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 3036 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELX		モデル構築
直接法		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築
CCP4		モデル構築
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
直接法		位相決定
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 2.778 / SU ML: 0.047 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.074 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19771	3160	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16417	-	-	-
all	0.17	62195	-	-
obs	0.16591	59033	97.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.691 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.24 Å²	0 Å²	0.92 Å²
2-	-	-0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2998	0	10	520	3528

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	3080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	1.966	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.984	3	5125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.859	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.363	23.929	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.684	15	520
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.737	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	459
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.026	1.5	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.318	1.5	771
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.779	2	3038
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.961	3	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.638	4.5	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.296	231	-
R_work	0.288	4159	-
obs	-	-	93.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6009	0.0504	-1.2004	0.0044	-0.1006	2.4012	0.0726	0.0922	0.0529	0.0061	0.0256	0.0008	-0.0919	-0.1822	-0.0982	0.2039	0.0234	-0.0378	0.1272	-0.0701	0.0992	-5.5743	35.6811	37.2008
2	1.9455	-0.4819	-0.5463	0.8872	-0.063	1.4749	-0.0917	-0.0082	-0.2414	0.051	0.0885	0.1502	0.0962	-0.0127	0.0032	0.1006	-0.016	0.0029	0.0704	0.011	0.0798	-1.6176	22.4228	23.604
3	4.9146	0.3556	-0.9622	4.8996	2.0485	1.7814	-0.1475	0.1021	-0.2934	0.1621	0.0378	0.0974	0.1658	-0.2325	0.1098	0.0932	-0.0232	0.0091	0.0854	0.0186	0.0984	-8.277	25.2796	23.233
4	1.4818	-0.4571	0.0847	0.5032	-0.1366	0.2922	-0.0155	0.0086	0.0321	0.0394	0.0438	-0.0248	0.0901	-0.0394	-0.0284	0.0859	-0.0057	0	0.0882	0.006	0.0609	-2.9315	31.4421	22.0751
5	1.9937	0.5413	-0.0395	1.5659	-0.3226	1.8521	-0.067	-0.074	0.0725	-0.0906	-0.0022	0.0721	0.1243	-0.1691	0.0692	0.062	-0.0175	0.0014	0.0766	-0.0128	0.0494	-17.9524	41.9544	12.9045
6	2.0771	0.4516	-0.2154	0.8015	0.1871	1.4799	-0.0724	-0.0817	0.0076	-0.0983	-0.0349	-0.1161	0.1559	-0.0189	0.1073	0.0891	-0.0144	-0.0012	0.0676	0.0116	0.056	-11.8698	41.6562	14.2899
7	2.8993	-1.7957	-0.3344	1.9422	-0.2355	0.4578	0.161	0.2032	0.1122	-0.3159	-0.1505	-0.1727	0.0486	-0.045	-0.0104	0.1333	0.0115	0.0258	0.0834	0.0163	0.1064	9.417	31.3639	11.9371
8	2.4325	-1.1306	0.0015	1.6959	-0.2032	1.4762	-0.0727	0.0041	-0.1663	-0.0404	0.0659	0.0465	0.0368	-0.0818	0.0068	0.0868	-0.011	0.0066	0.0506	-0.0059	0.0735	11.5724	16.9958	17.0822
9	0.9115	-0.7705	-0.3484	1.1131	0.3371	0.1769	-0.0313	-0.0566	0.0901	0.0162	0.0576	-0.1531	0.0054	0.0087	-0.0263	0.0859	-0.0014	-0.0097	0.0796	-0.0051	0.0779	13.8736	25.8969	18.501
10	2.025	-2.6902	-0.303	3.7452	0.5459	1.3078	-0.0313	-0.0539	0.0446	0.1687	0.1402	-0.104	0.0343	0.0751	-0.109	0.1105	0.0142	-0.0276	0.0978	-0.0382	0.0816	7.8641	38.0242	30.1574
11	1.3349	-0.7515	-0.2762	1.2237	0.2416	0.842	0.0054	-0.0148	0.0764	-0.0505	0.0669	-0.2	0.0207	0.0488	-0.0723	0.0626	-0.0117	0.0054	0.0551	-0.0026	0.0948	24.0222	17.3722	12.7699
12	2.1122	-0.9539	3.0346	1.5853	-0.9032	7.3286	-0.201	0.1021	0.1404	0.0444	-0.1018	-0.0107	-0.1143	0.058	0.3028	0.0567	-0.012	0.0092	0.0818	-0.0156	0.1034	17.4352	5.7994	-0.8119
13	0.8622	-0.3268	0.3855	1.0919	0.5404	1.702	-0.021	0.097	-0.0958	0.0134	-0.0664	-0.0488	0.157	0.0024	0.0873	0.0988	-0.0103	0.0351	0.064	-0.0023	0.1015	14.5649	4.499	9.701
14	5.9537	-0.1546	-5.0912	0.5241	0.5492	8.215	-0.1957	0.0403	-0.1406	-0.0598	0.024	0.0191	0.4568	-0.008	0.1717	0.1066	-0.023	0.0428	0.0247	-0.0109	0.1136	10.5392	-1.0959	8.3171
15	3.1339	-0.1054	-1.0291	3.0848	-1.2945	3.0904	0.0503	0.1212	0.0068	-0.0299	0.054	0.158	-0.1393	-0.2717	-0.1043	0.0864	-0.0145	0.0268	0.0613	-0.0109	0.1069	6.0146	6.5278	12.2102

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	42 - 66
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	67 - 126
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	127 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	155 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	172 - 191
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	192 - 228
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	229 - 248
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	249 - 307
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	308 - 328
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	329 - 344
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	345 - 354
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	355 - 372

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)