+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jzc | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC | ||||||
要素 | Thyroid hormone receptor beta | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TR / triac / entropy (エントロピー) / Deafness (難聴) / Disease mutation / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Receptor / Transcription regulation / Zinc-finger (ジンクフィンガー) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding ...retinal cone cell apoptotic process / negative regulation of female receptivity / female courtship behavior / retinal cone cell development / thyroid hormone mediated signaling pathway / positive regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / cellular response to thyroid hormone stimulus / regulation of heart contraction / type I pneumocyte differentiation / thyroid hormone binding / retinoic acid receptor signaling pathway / sensory perception of sound / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / chromatin DNA binding / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / 細胞分化 / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / クロマチン / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Nascimento, A.S. / Dias, S.G.M. / Nunes, F.M. / Aparicio, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009 タイトル: Gaining ligand selectivity in thyroid hormone receptors via entropy. 著者: Martinez, L. / Nascimento, A.S. / Nunes, F.M. / Phillips, K. / Aparicio, R. / Dias, S.M. / Figueira, A.C. / Lin, J.H. / Nguyen, P. / Apriletti, J.W. / Neves, F.A. / Baxter, J.D. / Webb, P. / ...著者: Martinez, L. / Nascimento, A.S. / Nunes, F.M. / Phillips, K. / Aparicio, R. / Dias, S.M. / Figueira, A.C. / Lin, J.H. / Nguyen, P. / Apriletti, J.W. / Neves, F.A. / Baxter, J.D. / Webb, P. / Skaf, M.S. / Polikarpov, I. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jzc.cif.gz | 115.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3jzc.ent.gz | 88.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jzc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/3jzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jz/3jzc | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30102.248 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 202-461, Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: THRB, ERBA2, NR1A2, THR1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P10828 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-4HY / [ |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 291 K / pH: 6.8 詳細: 100mM Sodium Cacodylate, 1.4M sodium acetate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→35.22 Å / Num. obs: 12993 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 23 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.763 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.763 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3GWS 解像度: 2.5→35.219 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 21.91 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.97 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→35.219 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Selection details: CHAIN A AND RESID 433:460) |