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- PDB-3jwa: Crystal structure of L-methionine gamma-lyase from Citrobacter fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jwa
タイトルCrystal structure of L-methionine gamma-lyase from Citrobacter freundii with methionine phosphinate
要素Methionine gamma-lyase
キーワードLYASE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PLP-DEPENDENT ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine gamma-lyase / methionine gamma-lyase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...L-methionine gamma-lyase / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(1-AMINO-3-METHYLSULFANYL-PROPYL)-PHOSPHINIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / L-methionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Revtovish, S.V. / Nikulin, A.D. / Morozova, E.A. / Demidkina, T.V.
引用ジャーナル: Biochemistry Mosc. / 年: 2011
タイトル: Three-dimensional structures of noncovalent complexes of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase with substrates.
著者: Revtovich, S.V. / Morozova, E.A. / Khurs, E.N. / Zakomirdina, L.N. / Nikulin, A.D. / Demidkina, T.V. / Khomutov, R.M.
履歴
登録2009年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年11月5日Group: Database references
改定 1.32020年10月21日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / reflns_shell ...diffrn_source / reflns_shell / struct_conn / struct_site
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _reflns_shell.Rmerge_I_obs ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8817
ポリマ－43,1811
非ポリマー7006
水5,386299
1
A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子

A: Methionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,52328
ポリマ－172,7244
非ポリマー2,79924
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area27990 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area45340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.42, 123.01, 127.01
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-408-

HOH

21A-587-

HOH

31A-630-

HOH

41A-654-

HOH

51A-699-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Methionine gamma-lyase


分子量: 43180.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: megL / プラスミド: PET-MGL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84AR1, methionine gamma-lyase
#2: 化合物 ChemComp-MPJ / (1-AMINO-3-METHYLSULFANYL-PROPYL)-PHOSPHINIC ACID / METHIONINE PHOSPHINATE / [(R)-1-アミノ-3-(メチルチオ)プロピル]ホスフィン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 169.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO2PS
#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THERE IS AN ERROR IN THE DATABASE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% MMEPEG 2000, 50MM TRIS-HCl, 0.2MM PLP, 0.25% DTT, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.843 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111), horizontally focussing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.843 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→20 Å / Num. all: 77926 / Num. obs: 77926 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 21.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 18.93
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.283 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / Num. unique obs: 5639 / Rsym value: 0.288 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.4_4)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RFV

2rfv


解像度: 1.45→20 Å / SU ML: -0 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 3897 5 %RANDOM 5%
Rwork0.141 ---
obs0.143 77926 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 80.273 Å2 / ksol: 0.441 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.0902 Å20 Å20 Å2
2---1.5526 Å20 Å2
3----4.5377 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3009 0 44 299 3352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0044375
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9391209
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067505
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005567
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46770.30111350.27212562X-RAY DIFFRACTION100
1.4677-1.48620.24831390.21142644X-RAY DIFFRACTION99
1.4862-1.50580.24851360.1972589X-RAY DIFFRACTION100
1.5058-1.52640.24651400.18432649X-RAY DIFFRACTION99
1.5264-1.54820.19021380.16982618X-RAY DIFFRACTION100
1.5482-1.57130.24381390.15652657X-RAY DIFFRACTION100
1.5713-1.59590.21221360.14382580X-RAY DIFFRACTION100
1.5959-1.6220.17571400.14312653X-RAY DIFFRACTION100
1.622-1.650.17581400.13262663X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.67990.16231380.13662614X-RAY DIFFRACTION100
1.6799-1.71220.19811390.12482657X-RAY DIFFRACTION100
1.7122-1.74720.16481390.12382635X-RAY DIFFRACTION100
1.7472-1.78510.16931390.11662641X-RAY DIFFRACTION100
1.7851-1.82660.1781400.1232655X-RAY DIFFRACTION100
1.8266-1.87220.17331380.12132623X-RAY DIFFRACTION100
1.8722-1.92280.16421390.1172643X-RAY DIFFRACTION100
1.9228-1.97930.16241400.11982649X-RAY DIFFRACTION100
1.9793-2.04310.17181380.1192636X-RAY DIFFRACTION100
2.0431-2.11610.15621400.11432655X-RAY DIFFRACTION99
2.1161-2.20070.16321380.10972623X-RAY DIFFRACTION99
2.2007-2.30070.16161400.10962657X-RAY DIFFRACTION99
2.3007-2.42170.15191390.1192637X-RAY DIFFRACTION99
2.4217-2.57310.15511410.12342678X-RAY DIFFRACTION99
2.5731-2.77120.1831390.12612647X-RAY DIFFRACTION99
2.7712-3.04890.15581400.13132667X-RAY DIFFRACTION99
3.0489-3.48760.16021420.13372700X-RAY DIFFRACTION99
3.4876-4.38460.16571430.12992707X-RAY DIFFRACTION99
4.3846-18.65990.22091420.18242690X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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