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- PDB-3jw4: The structure of a putative MarR family transcriptional regulator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jw4
タイトルThe structure of a putative MarR family transcriptional regulator from Clostridium acetobutylicum
要素Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
キーワードTranscription regulator / MarR / emrR / transcriptional regulator / DNA-binding protein / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
MarR family / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / : / Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of a putative MarR family transcriptional regulator from Clostridium acetobutylicum
著者: Cuff, M.E. / Bigelow, L. / Moy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
B: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
C: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,7597
ポリマ－51,4673
非ポリマー2924
水5,044280
1
A: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
B: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4424
ポリマ－34,3112
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area15170 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
ヘテロ分子

C: Transcriptional regulator, MarR/EmrR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,6346
ポリマ－34,3112
非ポリマー3224
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area14860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.115, 53.295, 90.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-261-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, MarR/EmrR family


分子量: 17155.631 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
株: ATCC 824 / 遺伝子: CAC2486, CA_C2486 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): modified BL21 / 参照: UniProt: Q97G83
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.31 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M potassium thiocyanate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97949, 0.97935
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979491
20.979351
Reflection冗長度: 7.6 % / 数: 210625 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.79 / D res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 27599 / % possible obs: 99.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.75095.910.0859.7427.4
4.525.798.810.0684.7946.2
3.954.5298.810.0593.1457.3
3.593.9599.610.0652.5897.5
3.333.5910010.0722.1617.6
3.143.3310010.0791.6927.7
2.983.1410010.0961.4147.8
2.852.9810010.1091.2787.8
2.742.8510010.1261.1117.8
2.652.7410010.141.0297.9
2.562.6510010.1580.9267.9
2.492.5610010.1790.8577.9
2.422.4910010.2080.8897.9
2.372.4210010.2390.868
2.312.3710010.2410.7987.9
2.262.3110010.2840.7547.9
2.222.2610010.320.7357.9
2.182.2299.910.3340.767.8
2.142.1899.910.390.7227.4
2.12.1499.810.4530.6737
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 27599 / Num. obs: 27599 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.1 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.343 / FOM acentric: 0.349 / FOM centric: 0.26 / 反射: 27301 / Reflection acentric: 25773 / Reflection centric: 1528
Phasing MAD set

最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
11.6910.20.100257731528
20.930.8711.917.50.550.48230791404
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
112.98-501.4210.90.5007429
17.46-12.981.3110.90.60041276
15.23-7.461.9110.60.3001067127
14.03-5.231.1510.40.4001953161
13.28-4.031.2210.20.2003119211
12.76-3.282.8910.10004597265
12.39-2.765.9510.10006268309
12.1-2.391.710.10008283350
212.98-500.80.6418.421.91.971.367029
27.46-12.980.780.8116.820.61.731.1840876
25.23-7.460.770.714.216.51.491.221060127
24.03-5.230.890.7817.4230.850.611942154
23.28-4.030.920.8814.819.50.650.433115205
22.76-3.280.950.921116.70.520.324581262
22.39-2.760.980.989.814.40.320.26242307
22.1-2.3910.9910.716.10.170.15661244
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se

IDB isoFract xFract yFract zOccupancyOccupancy iso
144.3369-0.245-0.064-0.2913.8030
246.5264-0.072-0.156-0.2393.60
354.1299-0.3510.014-0.2273.9430
456.6506-0.51-0.136-0.1063.80
564.639-0.362-0.215-0.3873.1130
645.8579-0.404-0.2760.0282.8320
743.6785-0.4250.043-0.4092.9660
859.5855-0.215-0.139-0.182.1830
9141.0039-0.068-0.171-0.1963.960
1064.6119-0.597-0.216-0.3272.9850
1163.8004-0.568-0.228-0.2892.6320
12107.39450.148-0.073-0.1532.010
1326.225-0.187-0.358-0.3260.170
14206.9072-0.443-0.244-0.3233.9090
1544.46-0.2920.228-0.3380.2530
1646.42310.185-0.082-0.1241.8180
1743.114-0.245-0.064-0.2913.764-0.14
1846.7796-0.072-0.155-0.2383.196-0.153
1956.5209-0.3510.014-0.2273.449-0.144
2057.4155-0.51-0.136-0.1063.33-0.153
2158.941-0.363-0.214-0.3872.616-0.126
2244.6205-0.405-0.2750.0272.205-0.093
2344.3968-0.4250.044-0.4082.46-0.114
2453.1269-0.215-0.14-0.1791.881-0.086
25137.2569-0.068-0.171-0.1963.557-0.13
2672.1076-0.597-0.216-0.3272.853-0.114
2767.4419-0.569-0.229-0.2892.221-0.103
28127.08240.149-0.072-0.1532.01-0.06
2927.936-0.186-0.356-0.3280.155-0.018
30192.8295-0.441-0.242-0.3213.164-0.084
31122.502-0.2930.237-0.3480.486-0.012
3247.73260.184-0.08-0.1241.48-0.049
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
12.98-500.6740.7260.541037429
7.46-12.980.7440.7760.57548841276
5.23-7.460.7550.7740.59811941067127
4.03-5.230.6420.6580.45721141953161
3.28-4.030.5730.5910.31433303119211
2.76-3.280.4430.4540.25948624597265
2.39-2.760.2570.2630.12765776268309
2.1-2.390.1080.1110.0486338283350
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 27301
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
7.88-10055.80.851506
6.3-7.8854.10.87520
5.49-6.351.50.856514
4.95-5.4955.50.838567
4.54-4.9552.80.883615
4.21-4.54510.896687
3.95-4.2147.50.877720
3.73-3.95510.863777
3.55-3.7353.50.858805
3.39-3.5556.10.843856
3.25-3.3957.80.833891
3.12-3.2556.60.834902
3.01-3.1257.50.815974
2.91-3.0158.70.796987
2.82-2.91590.791015
2.74-2.8263.80.7761058
2.66-2.7464.80.8011069
2.59-2.6663.60.7921131
2.53-2.5965.60.8021146
2.47-2.5364.60.8071149
2.41-2.4766.70.7941215
2.36-2.4169.10.8041209
2.31-2.3669.50.8181256
2.26-2.3172.80.7971262
2.22-2.2677.40.8161296
2.18-2.2278.80.8261324
2.14-2.1882.10.7751360
2.1-2.1483.30.7341490

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MLPHARE位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / WRfactor Rfree: 0.244 / WRfactor Rwork: 0.2 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.877 / SU B: 9.69 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.223 / SU Rfree: 0.186 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.186 / 位相誤差: 31.2
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS, U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 1379 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.203 27351 --
obs0.203 27351 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.88 Å2 / Biso mean: 24.376 Å2 / Biso min: 4.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.71 Å20 Å2-1.31 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 0 18 280 3317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223113
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3192.0024164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87435434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9045388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.225.401137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58915651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3851518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2472
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02566
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8021.51902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2051.5787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49623059
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.70131211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3784.51097
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.226 95 -
Rwork0.197 1893 -
all-1988 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5662-1.57290.80194.9342-2.25222.1259-0.0882-0.1967-0.20940.00210.40880.53650.0082-0.4584-0.32070.10560.04410.00890.2982-0.00420.3107-27.7344-19.4664-21.7717
24.1887-1.50441.13296.62791.73848.9929-0.139-0.8209-0.20910.59740.04930.92080.222-1.45480.08970.1365-0.01510.09820.51480.08840.3311-27.6502-33.4656-8.3725
30.3798-0.98310.67816.3295-4.31154.5217-0.0835-0.2313-0.04520.05790.43990.32890.1624-0.4387-0.35640.13240.02820.00910.18020.02050.2244-18.604-26.9724-18.7194
42.8323-0.1636-1.13651.95850.37577.88460.0018-0.01660.1821-0.2437-0.1168-0.0643-0.4242-0.15790.1150.14540.0227-0.00550.1701-0.03170.0832-18.32170.0145-28.843
512.2324-1.2840.69841.4961.52041.98650.2724-1.0842-1.14410.2017-0.0162-0.07280.2819-0.3752-0.25620.153-0.0232-0.03560.36540.08590.2093-23.3428-7.8103-20.5675
65.75240.72021.29771.0976-0.18084.53780.1486-0.0499-0.1535-0.0582-0.1329-0.17480.16880.4522-0.01570.17970.03570.03830.09470.00580.065-50.2321-8.1865-26.56
75.59890.4575-1.04854.26970.983411.73260.02140.2893-0.08890.0026-0.1820.35681.0469-0.54480.16060.1998-0.02420.00970.08440.00260.0768-62.3208-9.3472-29.7116
88.57510.6869-0.62890.12520.08220.3370.01070.06090.75880.03080.06960.07770.04680.0884-0.08030.15450.0838-0.010.14470.02330.1737-36.87762.3551-28.3471
93.22532.27355.16892.11624.011510.27930.2549-0.39230.10440.4393-0.30150.0930.6048-0.60780.04660.1747-0.059-0.01040.1253-0.00110.0465-4.47628.80562.6342
105.501-1.4954-4.36696.01182.97388.33650.1158-0.07420.20070.13680.2891-0.94560.04570.3102-0.40490.03190-0.04350.0493-0.05790.1914-3.0067-1.7286-20.6229
118.2587-1.74140.82486.22760.83235.88880.02080.1859-0.22470.10320.1995-0.98410.28690.8345-0.22040.03510.0677-0.04810.1562-0.0980.30322.0549-10.9451-25.1529
121.22750.86611.05141.48111.74892.7599-0.16110.01220.0295-0.2519-0.05270.0381-0.37810.06780.21370.1187-0.0086-0.02290.03820.03430.0437-3.142312.158-12.9463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 85
3X-RAY DIFFRACTION3A86 - 122
4X-RAY DIFFRACTION4A123 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5B7 - 23
6X-RAY DIFFRACTION6B24 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7B79 - 98
8X-RAY DIFFRACTION8B99 - 145
9X-RAY DIFFRACTION9C9 - 29
10X-RAY DIFFRACTION10C30 - 54
11X-RAY DIFFRACTION11C55 - 96
12X-RAY DIFFRACTION12C97 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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