PDB-3jw1: Crystal Structure of Bovine Pancreatic Ribonuclease Complexed wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3jw1

タイトル

Crystal Structure of Bovine Pancreatic Ribonuclease Complexed with Uridine-5'-monophosphate at 1.60 A Resolution

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / Ribonuclease A / Uridine-5'-monophosphate / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for High-Throughput Structural Biology / CHTSB / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Larson, S.B. / Day, J.S. / Nguyen, C. / Cudney, R. / Mcpherson, A. / Center for High-Throughput Structural Biology (CHTSB)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of bovine pancreatic ribonuclease complexed with uridine 5'-monophosphate at 1.60 A resolution.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / Nguyen, C. / Cudney, R. / McPherson, A.

履歴

登録	2009年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3jw1.cif.gz	107.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3jw1.ent.gz	85.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3jw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/3jw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jw/3jw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1u1bS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1eow-d 1jn4-1 4g90-1 1o0m-1 3ql2-1 1rnn-d 1wbu-2 1rca-d 3d6p-1 2k3v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (10) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.730, 74.850, 50.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.80, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-U5P / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / UMP 分子量: 324.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₉P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.04 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES BUFFER; Reservoir of 25% PEG3350 in water; droplets were 5-10 mM in basic fuchsin, tobramycin, uridine-5'-monophosphate and 1 mM in ribonuclease A, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 0.1 M HEPES BUFFER; Reservoir of 25% PEG3350 in water; droplets were 5-10 mM in basic fuchsin, tobramycin, uridine-5'-monophosphate and 1 mM in ribonuclease A, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.04 %

結晶化

温度: 298 K / pH: 7
詳細: 0.1 M HEPES BUFFER; Reservoir of 25% PEG3350 in water; droplets were 5-10 mM in basic fuchsin, tobramycin, uridine-5'-monophosphate and 1 mM in ribonuclease A, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月29日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→29.54 Å / Num. obs: 25900 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.61 % / B_iso Wilson estimate: 33.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.027 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.15 % / R_merge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 64.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0089	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U1B

1u1b

解像度: 1.6→29.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 7.709 / SU ML: 0.116 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	2540	9.8 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.203	23360	90 %	-
all	-	25900	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.85 Å²	0 Å²	0.94 Å²
2-	-	-1.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	42	211	2155

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	2026
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.953	2751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.689	3	4275
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.662	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.458	25.055	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.327	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.911	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	471
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.3	441
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.216	0.3	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.5	985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.096	0.5	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.165	0.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.163	0.3	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.201	0.3	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.234	0.5	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other	0.091	0.5	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.43	4	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.925	4	502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.409	8	2033
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.312	8	772
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.017	10	716
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	130	-
R_work	0.356	1126	-
obs	-	-	58.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6553	-0.0671	-0.2462	1.7301	-0.6987	4.3702	-0.0971	0.1771	0.2328	-0.124	0.1011	0.0125	0.0953	0.0418	-0.004	0.0484	-0.0452	-0.0137	0.052	0.0242	0.0652	-22.0753	-24.7645	21.2675
2	1.9681	0.4799	0.4189	3.4723	1.5884	0.7566	0.0141	0.1741	-0.1984	0.43	-0.0382	0.1719	0.1976	0.016	0.0241	0.208	0	0.0117	0.0586	-0.0401	0.1301	-24.2179	-42.5451	23.7912
3	3.0913	0.7678	-1.5124	1.8855	-3.4246	9.4566	-0.0315	0.0333	0.3538	-0.1313	0.2751	0.1262	0.3482	-0.4785	-0.2436	0.0185	-0.0294	-0.0128	0.0623	0.0237	0.0946	-15.1527	-14.3844	-3.8036
4	5.1114	2.0594	0.4737	3.9482	2.5735	2.1747	-0.037	-0.0096	-0.8544	0.2699	-0.0637	-0.0955	0.1505	-0.0266	0.1007	0.1026	-0.0222	0.0263	0.0399	0.0415	0.2197	-17.1586	-32.5503	-1.9196
5	3.3252	-4.689	2.6885	7.1874	-1.1851	13.9761	0.106	-0.1204	-0.3094	-0.2457	0.128	0.4394	-0.3528	-0.2875	-0.234	0.1145	-0.0139	-0.0195	0.012	0.0107	0.0321	-24.7746	-34.2988	15.0848
6	14.1911	-0.4972	12.4496	11.758	0.9179	11.0827	0.1163	0.0483	0.1577	-0.2405	-0.2251	-0.1227	0.0685	0.017	0.1088	0.0984	-0.0601	0.0094	0.0551	0.0149	0.054	-18.3638	-23.8364	-10.2339

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	49 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	103 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 48
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 14
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	49 - 80
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	103 - 124
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	15 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	81 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	201
12	X-RAY DIFFRACTION	6	B	201

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