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万見
- PDB-3jw0: E2~Ubiquitin-HECT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jw0
タイトルE2~Ubiquitin-HECT
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
  • Ubiquitin
  • Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
キーワードLIGASE/SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin / HECT / E3 / Ubiquitin ligase / UbcH5B / NEDD4L / NEDD4-2 / Ligase / Ubl conjugation pathway / Isopeptide bond / Nucleus / Host-virus interaction / LIGASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / : / : / protein modification process => GO:0036211 ...positive regulation of caveolin-mediated endocytosis / negative regulation of sodium ion transmembrane transport / RING-type E3 ubiquitin transferase (cysteine targeting) / negative regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / negative regulation of potassium ion transmembrane transport / : / : / protein modification process => GO:0036211 / negative regulation of protein localization to cell surface / regulation of membrane repolarization / regulation of sodium ion transmembrane transport / regulation of membrane depolarization / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / positive regulation of dendrite extension / potassium channel inhibitor activity / sodium channel inhibitor activity / HECT-type E3 ubiquitin transferase / ventricular cardiac muscle cell action potential / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / regulation of dendrite morphogenesis / protein monoubiquitination / Peptide chain elongation / ubiquitin conjugating enzyme activity / Selenocysteine synthesis / Formation of a pool of free 40S subunits / Eukaryotic Translation Termination / Response of EIF2AK4 (GCN2) to amino acid deficiency / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Viral mRNA Translation / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / sodium channel regulator activity / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / protein autoubiquitination / potassium channel regulator activity / protein K48-linked ubiquitination / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cytosolic ribosome / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / multivesicular body / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / regulation of membrane potential / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy
類似検索 - 分子機能
Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domains / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Hect, E3 ligase catalytic fold / Hect, E3 ligase catalytic domain / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain ...Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domain / Hect, E3 ligase catalytic domains / Hect, E3 ligase catalytic domain fold / Hect, E3 ligase catalytic fold / Hect, E3 ligase catalytic domain / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Ubiquitin Conjugating Enzyme / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / C2 domain superfamily / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kamadurai, H.B. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Insights into ubiquitin transfer cascades from a structure of a UbcH5B approximately ubiquitin-HECT(NEDD4L) complex.
著者: Kamadurai, H.B. / Souphron, J. / Scott, D.C. / Duda, D.M. / Miller, D.J. / Stringer, D. / Piper, R.C. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
C: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
D: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
X: Ubiquitin
Y: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,9676
ポリマ－141,9676
非ポリマー00
水34219
1
A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
C: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
X: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9843
ポリマ－70,9843
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2
D: E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like
Y: Ubiquitin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9843
ポリマ－70,9843
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)174.167, 200.571, 109.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細ACX / BDY

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D2 / Ubiquitin-protein ligase D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa ...Ubiquitin-protein ligase D2 / Ubiquitin carrier protein D2 / Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 2 / E2(17)KB 2


分子量: 16609.963 Da / 分子数: 2 / 変異: L3S, C85S, T98K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2D2, UBC4, UBCH5B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62837, ubiquitin-protein ligase
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase NEDD4-like / Nedd4-2 / NEDD4.2


分子量: 45451.637 Da / 分子数: 2 / Fragment: NEDD4L HECT DOMAIN (UNP 576-955) / 変異: UBIQUITIN G76 ESTER-LINKED TO UBCH5B TO S85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEDD4L, KIAA0439, NEDL3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96PU5, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8922.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS27A, UBA80, UBCEP1, UBA52, UBCEP2, UBB, UBC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62988, UniProt: P0CG48*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.1 M sodium citrate, 2.4M sodium chloride, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 34028 / Observed criterion σ(F): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2867 1690 RANDOM
Rwork0.2523 --
all-35274 -
obs-34028 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9807 0 0 19 9826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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