PDB-3juo: Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3juo

タイトル

Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in complex with (R)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid

要素

Phenazine biosynthesis protein A/B

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / chirality / drug design / phenazine biosynthesis / medicinal chemistry / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Mentel, M. / Jain, I.H. / Breinbauer, R. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: The Active Site of an Enzyme Can Host Both Enantiomers of a Racemic Ligand Simultaneously
著者: Mentel, M. / Blankenfeldt, W. / Breinbauer, R.

履歴

登録	2009年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3juo.cif.gz	80.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3juo.ent.gz	60.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3juo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3juo_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3juo_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3juo_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	3juo_validation.cif.gz	19.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ju/3juo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3jumC 3junC 3jupC 3juqC 3b4p 3bo4 3cnm 3dzl 3ex9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3jum-d 3b4p-d 3juq-d 3jup-d 3jun-d 3b4o-d 3dzl-d 2bbd-4 2bbd-3 1jce-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phenazine biosynthesis protein A/B

B: Phenazine biosynthesis protein A/B

ヘテロ分子

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.600, 64.600, 160.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Phenazine biosynthesis protein A/B 分子量: 21531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia sp. (バクテリア) / 株: 383 / 遺伝子: Bcep18194_B1568 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q396C9
#2: 化合物	ChemComp-AJD / 5-bromo-2-[(3R)-piperidin-3-ylamino]benzoic acid 分子量: 299.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅BrN₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化	温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 5 mM (R)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor ...詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 5 mM (R)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor diffusion, hanging drop, temperature 284K PH範囲: 6.1 - 6.7

結晶

マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 %

結晶化

温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 5 mM (R)-5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor ...
PH範囲: 6.1 - 6.7

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.97886 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月5日 / 詳細: SI(111)

放射

モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97886 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→19.67 Å / Num. obs: 20466 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 50.192 Å² / R_merge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 26.25

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.2-2.3		0.547	4.8	25901	2523	100
2.3-2.4		0.386	6.8	22073	2116	100
2.4-2.5		0.28	9.5	18744	1771	100
2.5-3		0.135	17.1	62956	5811	100
3-4		0.047	41	50933	4706	100
4-5		0.035	56.6	17937	1690	99.9
5-6		0.034	56.8	7964	769	99.9
6-7		0.032	56.4	4046	403	100
7-8		0.032	58.2	2297	230	100
8-9		0.028	60.2	1348	139	100
9-10		0.026	58	753	82	100
10-11		0.029	58.8	625	68	98.6
11-12		0.028	57.4	340	39	97.5
12-14		0.028	55.8	490	61	96.8
14-16		0.032	59.4	242	27	93.1
16-18		0.031	46.2	110	17	85
18-20		0.026	52.2	95	14	100
	20

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0070	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

解像度: 2.2→19.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 11.011 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.226 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	1042	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.182	20466	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.143 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.75 Å²	0.87 Å²	0 Å²
2-	-	1.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2588	0	34	77	2699

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.021	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.808	1.924	3668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.926	3.003	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.447	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.849	22.628	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.421	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.46	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.125	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.075	1.5	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.295	1.5	637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.038	2	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.328	3	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.339	4.5	1167

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	69	-
R_work	0.24	1404	-
all	-	1473	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0558	-0.0104	-0.5633	2.6863	-1.5833	4.0863	0.1075	-0.0412	0.0511	0.0896	-0.1957	-0.388	0.1112	0.1392	0.0882	0.0329	0.0126	-0.0269	0.0526	0.0034	0.1247	42.8383	0.817	86.1834
2	1.8151	-0.2264	0.5781	3.3348	-1.6088	3.1908	-0.0361	0.1464	0.0987	-0.2446	0.2636	0.2166	0.0434	-0.4936	-0.2275	0.0364	0.0085	-0.0052	0.1424	0.0586	0.0802	30.4046	10.9447	72.884

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	500
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	166 - 204
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 164
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	500
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	166 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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