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- PDB-3jun: Crystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jun
タイトルCrystal Structure of PhzA/B from Burkholderia cepacia R18194 in simultaneous complex with racemic 5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid
要素Phenazine biosynthesis protein A/B
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / chirality / drug design / phenazine biosynthesis / racemate / racemic mixture
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Phenazine biosynthesis protein A/B / Phenazine biosynthesis protein A/B / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-bromo-2-[(3R)-piperidin-3-ylamino]benzoic acid / 5-bromo-2-[(3S)-piperidin-3-ylamino]benzoate / Phenazine biosynthesis protein A/B
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mentel, M. / Breinbauer, R. / Blankenfeldt, W.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2009
タイトル: The Active Site of an Enzyme Can Host Both Enantiomers of a Racemic Ligand Simultaneously
著者: Mentel, M. / Blankenfeldt, W. / Breinbauer, R.
#1: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: PhzA/B catalyzes the formation of the tricycle in phenazine biosynthesis
著者: Ahuja, E.G. / Janning, P. / Graebsch, A. / Breinbauer, R. / Hiller, W. / Costisella, B. / Thomashow, L.S. / Mavrodi, D.V. / Blankenfeldt, W.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenazine biosynthesis protein A/B
B: Phenazine biosynthesis protein A/B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2576
ポリマ－43,0622
非ポリマー1,1954
水2,972165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.660, 64.660, 161.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Phenazine biosynthesis protein A/B


分子量: 21531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Burkholderia sp. (バクテリア) / 株: 383 / 遺伝子: Bcep18194_B1568 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q396C9
#2: 化合物 ChemComp-AJD / 5-bromo-2-[(3R)-piperidin-3-ylamino]benzoic acid


分子量: 299.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H15BrN2O2
#3: 化合物 ChemComp-AKD / 5-bromo-2-[(3S)-piperidin-3-ylamino]benzoate


分子量: 298.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H14BrN2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 284 K
詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 4 mM racemic 5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, ...詳細: 16-20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M Bis-Tris pH 6.1-6.7; complex prepared by overnight soaking in mother liquor containing 4 mM racemic 5-bromo-2-(piperidin-3-ylamino)benzoic acid, vapor diffusion, hanging drop, temperature 284K
PH範囲: 6.1 - 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98407
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月27日 / 詳細: SI(111)
放射モノクロメーター: SI(111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98407 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.7 Å / Num. obs: 37044 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 37.23 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 1.8→19.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.105 / SU ML: 0.072 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 1837 5 %
Rwork0.175 --
obs0.177 37044 99.9 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2538 0 68 165 2771
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0212684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021926
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9271.9323626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9843.0054514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2385302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.44422.692156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53115428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4231532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0213028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2160.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2980.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.4030.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3020.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.51505
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4731.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.40422419
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.73231179
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9524.51207
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.85 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 136 -
Rwork0.198 2543 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.02540.026-0.0661.2394-0.53691.82780.005-0.0544-0.00080.0602-0.074-0.22480.06160.07460.0690.04340.0269-0.01360.08220.00740.041642.92270.513887.227
20.8361-0.1850.37051.5097-0.43181.2509-0.03320.07110.0819-0.14550.11560.0482-0.029-0.1875-0.08240.0650.0311-0.00470.12110.02940.021529.847110.963572.3272
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A12 - 162
2X-RAY DIFFRACTION1A500 - 600
3X-RAY DIFFRACTION1A166 - 243
4X-RAY DIFFRACTION2B8 - 160
5X-RAY DIFFRACTION2B500 - 600
6X-RAY DIFFRACTION2B166 - 252

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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