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- PDB-3jue: Crystal Structure of ArfGAP and ANK repeat domain of ACAP1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jue
タイトルCrystal Structure of ArfGAP and ANK repeat domain of ACAP1
要素ARFGAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
キーワードPROTEIN TRANSPORT/ENDOCYTOSIS / ArfGAP domain / ANK repeat / zinc-binding module / GTPase activation / Metal-binding / Nitration / Phosphoprotein / Protein transport / Transport / Zinc-finger / PROTEIN TRANSPORT-ENDOCYTOSIS COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


GTPase activator activity / recycling endosome membrane / protein transport / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
ArfGAP ACAP1/2/3-like / Arf GTPase activating protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain ...ArfGAP ACAP1/2/3-like / Arf GTPase activating protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / Annexin V; domain 1 / AH/BAR domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Pang, X. / Zhang, K. / Ma, J. / Zhou, Q. / Sun, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Mechanistic insights into regulated cargo binding by ACAP1 protein
著者: Bai, M. / Pang, X. / Lou, J. / Zhou, Q. / Zhang, K. / Ma, J. / Li, J. / Sun, F. / Hsu, V.W.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年1月16日Group: Database references / Refinement description
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARFGAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
B: ARFGAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7407
ポリマ－78,3212
非ポリマー4195
水2,396133
1
A: ARFGAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4184
ポリマ－39,1601
非ポリマー2583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ARFGAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3223
ポリマ－39,1601
非ポリマー1612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.809, 163.473, 41.092
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 ARFGAP with coiled-coil, ANK repeat and PH domain-containing protein 1 / Centaurin-beta-1 / Cnt-b1


分子量: 39160.461 Da / 分子数: 2 / 断片: ArfGAP and ANK repeat domain, residues 378-740 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAP1, CENTB1, KIAA0050 / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15027
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 14% PEG 3350, 0.1M Sodium Citrate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.28 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→48.63 Å / Num. all: 38024 / Num. obs: 36997 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 3765 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 10.765 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21936 1652 5 %RANDOM
Rwork0.20239 ---
all0.20321 33244 --
obs0.20321 31334 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 48.46 Å2 / Biso mean: 38.467 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.59 Å20 Å20 Å2
2---1.24 Å20 Å2
3---2.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3782 0 17 133 3932
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213900
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2721.9625303
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3725508
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.85824.465159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.13315645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9371523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212929
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5231.52526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.02624039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.75931374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9224.51264
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 105 -
Rwork0.261 2141 -
all-2246 -
obs-2141 94.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7834-0.85331.35264.6235-0.52083.90350.0272-0.0395-0.03960.26660.094-0.1764-0.2897-0.0306-0.12110.0872-0.00960.00330.0073-0.00440.012632.243-46.0946.105
24.03592.14881.44312.36350.91031.96410.06390.1209-0.25090.04920.0518-0.02680.0391-0.0398-0.11560.0722-0.00980.01720.0503-0.0380.05220.033-67.585-5.291
35.658-0.7913-0.91313.44490.11072.55530.17810.25920.153-0.0283-0.04250.1492-0.0715-0.1044-0.13550.05750.00820.01810.04310.01360.021118.304-32.226-14.435
44.43481.9279-0.96992.4987-0.87741.74260.01090.1690.24510.02760.06980.02130.0825-0.0056-0.08060.10540.03420.01160.06180.04510.044732.842-12.305-25.96
52.33910.1065-0.41043.13161.81741.59910.1939-0.07990.20811.29870.0364-0.09480.9011-0.0169-0.23020.78210.1268-0.0050.4949-0.06570.299626.906-37.887-8.792
60.50790.2389-0.10691.299-0.54080.64060.00130.1076-0.0450.12320.05920.0416-0.0396-0.0933-0.06050.2071-0.00710.02760.206-0.03630.021126.089-41.273-6.766
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A404 - 524
2X-RAY DIFFRACTION1A999
3X-RAY DIFFRACTION2A569 - 697
4X-RAY DIFFRACTION3B404 - 524
5X-RAY DIFFRACTION3B999
6X-RAY DIFFRACTION4B569 - 701
7X-RAY DIFFRACTION5A1133 - 1135
8X-RAY DIFFRACTION5B1134
9X-RAY DIFFRACTION6A1000 - 1131
10X-RAY DIFFRACTION6B1001 - 1132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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