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- PDB-3jua: Structural basis of YAP recognition by TEAD4 in the Hippo pathway -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jua
タイトルStructural basis of YAP recognition by TEAD4 in the Hippo pathway
要素
  • 65 kDa Yes-associated protein
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードTRANSCRIPTION / TEAD / YAP / Hippo pathway / Activator / DNA-binding / Nucleus / Transcription regulation / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear signaling by ERBB4 / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / trophectodermal cell fate commitment / intestinal epithelial cell differentiation / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration ...Nuclear signaling by ERBB4 / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / trophectodermal cell fate commitment / intestinal epithelial cell differentiation / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / bud elongation involved in lung branching / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / heart process / positive regulation of organ growth / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / regulation of stem cell proliferation / hippo signaling / tissue homeostasis / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of stem cell differentiation / blastocyst formation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / regulation of canonical Wnt signaling pathway / proline-rich region binding / cell fate specification / negative regulation of epithelial cell differentiation / organ growth / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / somatic stem cell population maintenance / blastocyst development / regulation of neurogenesis / signal transduction in response to DNA damage / canonical Wnt signaling pathway / cell fate commitment / vasculogenesis / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / embryo implantation / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to progesterone / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein-DNA complex / wound healing / cell morphogenesis / cellular response to gamma radiation / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cell-cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell growth / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / cell population proliferation / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain ...Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional coactivator YAP1 / Transcriptional enhancer factor TEF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Chen, L. / Song, H.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: Structural basis of YAP recognition by TEAD4 in the hippo pathway.
著者: Chen, L. / Chan, S.W. / Zhang, X. / Walsh, M. / Lim, C.J. / Hong, W. / Song, H.
履歴
登録2009年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: 65 kDa Yes-associated protein
C: Transcriptional enhancer factor TEF-3
D: 65 kDa Yes-associated protein
E: Transcriptional enhancer factor TEF-3
F: 65 kDa Yes-associated protein
G: Transcriptional enhancer factor TEF-3
H: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,8938
ポリマ－120,8938
非ポリマー00
水3,585199
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2232
ポリマ－30,2232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional enhancer factor TEF-3
D: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2232
ポリマ－30,2232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13300 Å2
手法PISA
3
E: Transcriptional enhancer factor TEF-3
F: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2232
ポリマ－30,2232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
4
G: Transcriptional enhancer factor TEF-3
H: 65 kDa Yes-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2232
ポリマ－30,2232
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1290 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.982, 146.910, 165.471
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21G
12C
22E
13B
23H
14D
24F

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1116A173 - 185
2116G173 - 185
1216A194 - 200
2216G194 - 200
1316A215 - 237
2316G215 - 237
1416A240 - 250
2416G240 - 250
1516A275 - 295
2516G275 - 295
1616A306 - 352
2616G306 - 352
1716A355 - 370
2716G355 - 370
1816A375 - 382
2816G375 - 382
1126C173 - 185
2126E173 - 185
1226C194 - 200
2226E194 - 200
1326C215 - 237
2326E215 - 237
1426C240 - 250
2426E240 - 250
1526C275 - 295
2526E275 - 295
1626C306 - 352
2626E306 - 352
1726C355 - 370
2726E355 - 370
1826C375 - 382
2826E375 - 382
1136B47 - 83
2136H47 - 83
1146D48 - 83
2146F48 - 83

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional enhancer factor TEF-3 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEF-1-related factor 1 / TEF- ...TEA domain family member 4 / TEAD-4 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEF-1-related factor 1 / TEF-1-related factor FR-19 / RTEF-1


分子量: 25775.168 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 210-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tead4, Tef3, Tefr1 / プラスミド: pETDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62296
#2: タンパク質・ペプチド
65 kDa Yes-associated protein / YAP65


分子量: 4448.143 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 47-85 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Yap, Yap1, Yap65 / プラスミド: pETDUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46938
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.076 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG10000, Mg Acetate, pH5.6, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.8→74.346 Å / Num. obs: 61276 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.8-2.93.60.6051.22113959280.605100
2.9-3.013.60.4511.72068457420.451100
3.01-3.133.70.3042.52024155400.304100
3.13-3.273.70.2123.61953053070.212100
3.27-3.433.70.1375.41875650720.137100
3.43-3.613.70.14.41796748640.1100
3.61-3.833.70.07101690345880.07100
3.83-4.13.70.05213.11585943140.052100
4.1-4.433.70.043151484740550.043100
4.43-4.853.70.03418.11361237270.03499.9
4.85-5.423.60.03119.81230733900.03199.9
5.42-6.263.60.03518.21082430080.03599.9
6.26-7.673.50.0320.9908825740.0399.9
7.67-10.843.40.02519686620140.02599.8
10.84-74.353.10.03114.9353511530.03197.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC5.4.0077精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 35.092 / SU ML: 0.291 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.529 / ESU R Free: 0.364 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28842 2516 5.1 %RANDOM
Rwork0.23633 ---
obs0.23893 47233 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.22 Å2 / Biso mean: 28.077 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.83 Å2-0 Å2-0 Å2
2--2.52 Å20 Å2
3----4.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7856 0 0 199 8055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0228053
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8761.95310876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2715934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.26123.925400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.748151423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8031544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0216093
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4671.54767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89827754
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12733286
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9514.53122
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A923LOOSE POSITIONAL0.665
1A923LOOSE THERMAL2.3110
2C1020LOOSE POSITIONAL0.795
2C1020LOOSE THERMAL1.4510
3B158LOOSE POSITIONAL1.135
3B158LOOSE THERMAL2.810
4D279LOOSE POSITIONAL1.145
4D279LOOSE THERMAL2.3710
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 179 -
Rwork0.35 3410 -
all-3589 -
obs--99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.272-1.9101-1.37213.95461.09551.5195-0.04540.1127-0.08420.2448-0.00130.03590.18150.02840.04670.4035-0.0036-0.08910.33020.06660.3166-11.411-43.11211.752
28.67310.3711.04045.0295-0.28968.8870.00660.9809-0.147-0.6452-0.11180.1190.33440.40360.10520.50510.1405-0.03250.2853-0.020.5643-0.61-52.6380.379
30.46490.1038-0.15233.20881.39233.99230.022-0.08390.1672-0.2860.0498-0.0306-0.3488-0.0881-0.07180.3838-0.03070.03320.3606-0.04630.0293-22.49-1.01235.044
43.8294-1.0675-0.25747.96490.53276.49620.17340.10570.6415-0.12440.01660.4156-0.3931-0.6503-0.19010.5258-0.03720.0010.3267-0.01540.0298-25.8168.04752.31
51.2963-0.31690.79643.0662-0.90363.8737-0.0390.04840.27080.16420.15130.0507-0.47280.0079-0.11230.4152-0.03030.03950.31570.00540.0117-28.198-2.629-1.252
65.15560.3442-1.15568.9404-0.49667.197-0.02410.02411.1616-0.04930.2235-0.3718-0.78440.8339-0.19940.72890.0198-0.02010.52610.0830.0138-27.0647.312-18.671
72.82911.4165-0.49022.1899-0.20251.2826-0.0756-0.6874-0.18670.1639-0.00850.14190.3136-0.23890.08410.7235-0.07090.05240.741-0.04180.467-42.758-42.59227.799
88.035-3.4967-2.63338.05692.26236.15140.1768-0.42580.19070.27340.113-0.06820.5662-0.5821-0.28990.7949-0.15680.12110.8891-0.02360.8307-60.011-50.66331.021
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A208 - 426
2X-RAY DIFFRACTION2B47 - 84
3X-RAY DIFFRACTION3C208 - 426
4X-RAY DIFFRACTION4D48 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5E202 - 426
6X-RAY DIFFRACTION6F48 - 82
7X-RAY DIFFRACTION7G207 - 426
8X-RAY DIFFRACTION8H65 - 82

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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