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万見
- PDB-3ju4: Crystal Structure Analysis of EndosialidaseNF at 0.98 A Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ju4
タイトルCrystal Structure Analysis of EndosialidaseNF at 0.98 A Resolution
要素Endo-N-acetylneuraminidase
キーワードHYDROLASE / endoNF / polySia / high-resolution / 1A / Glycosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


endo-alpha-sialidase / endo-alpha-(2,8)-sialidase activity / symbiont entry into host cell via disruption of host cell glycocalyx / virus tail, fiber / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / symbiont entry into host / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / metabolic process / virion attachment to host cell / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, beta barrel domain / Endosialidase, C-terminal domain superfamily / Endosialidase, domain 4 / Endosialidase, domain 4 / Glycosyl hydrolase 58 / Endosialidase, beta propeller domain / Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, C-terminal domain / Beta barrel domain of bacteriophage endosialidase ...Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, beta barrel domain / Endosialidase, C-terminal domain superfamily / Endosialidase, domain 4 / Endosialidase, domain 4 / Glycosyl hydrolase 58 / Endosialidase, beta propeller domain / Endosialidase, N-terminal extension domain / Endosialidase, C-terminal domain / Beta barrel domain of bacteriophage endosialidase / Catalytic beta propeller domain of bacteriophage endosialidase / N terminal extension of bacteriophage endosialidase / Catalytic domain of bacteriophage endosialidase / Tail spike TSP1/Gp66, N-terminal domain / Tail spike TSP1/Gp66 receptor binding N-terminal domain / Chaperone of endosialidase / Intramolecular chaperone auto-processing domain / Intramolecular chaperone auto-processing (ICA) domain profile. / Bacteriophage T7 tail fibre protein / Phage T7 tail fibre protein / Transcription Regulator spoIIAA / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 - #20 / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Few Secondary Structures / Irregular / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyl-beta-neuraminic acid / Tail spike protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage K1F (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.98 Å
データ登録者Schulz, E.C. / Neuman, P. / Gerardy-Schahn, R. / Sheldrick, G.M. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure analysis of endosialidase NF at 0.98 A resolution.
著者: Schulz, E.C. / Neumann, P. / Gerardy-Schahn, R. / Sheldrick, G.M. / Ficner, R.
履歴
登録2009年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月18日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0528
ポリマ－74,5421
非ポリマー5107
水29,1121616
1
A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子

A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子

A: Endo-N-acetylneuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,15624
ポリマ－223,6273
非ポリマー1,52921
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area44390 Å2
ΔGint-271 kcal/mol
Surface area65530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.040, 119.040, 175.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1087-

HOH

21A-1088-

HOH

31A-2256-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endo-N-acetylneuraminidase / endoNF / Endo-N / Endosialidase / G102


分子量: 74542.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 246-910 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage K1F (ファージ)
株: K1 / プラスミド: pet22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K12 / 参照: UniProt: Q04830, endo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-SLB / N-acetyl-beta-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / O-sialic acid / 5-N-ACETYL-BETA-D-NEURAMINIC ACID / BETA-SIALIC ACID / N-アセチル-β-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE DEPOSITORS STATE THAT RESIDUE 628 IS HIS AND THAT UNIPROT IS INCORRECT AT THIS POSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.2
詳細: 16% (w/v) PEG 8000, 0.1M Tris/HCl pH 7.2, 3% Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.98→20 Å / Num. obs: 516832 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 12.41
反射 シェル解像度: 0.98→1.08 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.42 / Num. unique all: 429843 / Rsym value: 0.415 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
SHELXL-97精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1V0E

1v0e


解像度: 0.98→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1334 25843 -RANDOM
Rwork0.1162 ---
obs0.1162 516832 96.9 %-
Refine analyzeNum. disordered residues: 43
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.98→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5260 0 27 1616 6903

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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