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万見
- PDB-3jtd: Calcium-free Scallop Myosin Regulatory Domain with ELC-D19A Point... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jtd
タイトルCalcium-free Scallop Myosin Regulatory Domain with ELC-D19A Point Mutation
要素
  • Myosin essential light chain, striated adductor muscle
  • Myosin heavy chain, striated adductor muscle
  • Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / Regulated myosins / smooth and molluscan muscle / X-ray crystallographic structure / scallop regulatory domain/lever arm / off-state / Actin-binding / ATP-binding / Calmodulin-binding / Coiled coil / Cytoplasm / Motor protein / Muscle protein / Myosin / Nucleotide-binding / Thick filament / Calcium
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / myosin complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding ...muscle myosin complex / myosin filament / myosin II complex / myosin complex / sarcomere organization / microfilament motor activity / myofibril / muscle contraction / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : ...Myosin, subunit A / Myosin, subunit A / : / EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / : / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Few Secondary Structures / Irregular / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Myosin essential light chain, striated adductor muscle / Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / Myosin heavy chain, striated muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Argopecten irradians (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Mui, S. / O'Neall-Hennessey, E. / Szent-Gyorgyi, A. / Cohen, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The on-off switch in regulated myosins: different triggers but related mechanisms.
著者: Himmel, D.M. / Mui, S. / O'Neall-Hennessey, E. / Szent-Gyorgyi, A.G. / Cohen, C.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of Scallop Myosin at 2 Resolution:Implications for Regulation.
著者: Houdusse, A. / Cohen, C.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Structure of the Regulatory Domain of Scallop Myosin at 2.8 Resolution.
著者: Xie, X. / Harrison, D.H. / Schlichting, I. / Sweet, R.M. / Kalabokis, V.N. / Szent-Gy rgyi, A. / Cohen, C.
履歴
登録2009年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin heavy chain, striated adductor muscle
B: Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle
C: Myosin essential light chain, striated adductor muscle
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3064
ポリマ－43,2813
非ポリマー241
水1,04558
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.000, 52.780, 58.510
Angle α, β, γ (deg.)113.36, 91.56, 100.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Myosin heavy chain, striated adductor muscle


分子量: 8128.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P24733
#2: タンパク質 Myosin regulatory light chain, striated adductor muscle / R-LC


分子量: 17560.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Argopecten irradians (無脊椎動物) / 参照: UniProt: P13543
#3: タンパク質 Myosin essential light chain, striated adductor muscle / E-LC / Sulfhydryl light chain / SHLC


分子量: 17591.625 Da / 分子数: 1 / Mutation: D19A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Argopecten irradians (無脊椎動物)
プラスミド: pMW172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P07291
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 100 mM bicine pH 8.3, 45 mM ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 2.5 mM EGTA, 3.0 mM sodium azide, 15% (wt/vol) PEG 4000, 4% (vol/vol) PEG 200, 6% (wt/vol) 2,3-butanediol, Hanging drop ...詳細: 100 mM bicine pH 8.3, 45 mM ammonium sulfate, 5 mM magnesium chloride, 2.5 mM EGTA, 3.0 mM sodium azide, 15% (wt/vol) PEG 4000, 4% (vol/vol) PEG 200, 6% (wt/vol) 2,3-butanediol, Hanging drop vapor diffusion, temperature 277K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 Å
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1997年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→37 Å / Num. all: 15190 / Num. obs: 13187 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.45 % / Biso Wilson estimate: 42 Å2 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 12.298

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WDC

1wdc


解像度: 2.57→34.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.819 / Data cutoff high absF: 186917 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 640 4.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.2329 14936 --
obs0.2329 12934 90.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 75.68 Å2 / ksol: 0.422 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 130 Å2 / Biso mean: 48.652 Å2 / Biso min: 9.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.42 Å2-5.68 Å2-0.27 Å2
2---4.1 Å2-1.25 Å2
3----0.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→34.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2970 0 1 58 3029
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.781.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.032.5
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.058 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 57 4 %
Rwork0.315 1356 -
all-1413 -
obs--58.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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