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- PDB-3jso: Classic Protein With a New Twist: crystal structure of a LexA rep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jso
タイトルClassic Protein With a New Twist: crystal structure of a LexA repressor DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*A)-3')
  • LexA repressor
キーワードHydrolase/DNA / protein-DNA complex / winged helix-turn-helix / double helix / repressor / LexA / SOS system / Autocatalytic cleavage / DNA damage / DNA repair / DNA replication / DNA-binding / Hydrolase / SOS response / Transcription / Transcription regulation / Hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


repressor LexA / DNA-binding transcription repressor activity / SOS response / protein-DNA complex / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / serine-type endopeptidase activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription ...repressor LexA / DNA-binding transcription repressor activity / SOS response / protein-DNA complex / DNA replication / transcription cis-regulatory region binding / serine-type endopeptidase activity / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA damage response / proteolysis / DNA binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
LexA repressor, DNA-binding domain / Transcription regulator LexA / LexA DNA binding domain / Peptidase S24, LexA-like / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like ...LexA repressor, DNA-binding domain / Transcription regulator LexA / LexA DNA binding domain / Peptidase S24, LexA-like / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / : / LexA-like / Peptidase S24/S26A/S26B/S26C / Peptidase S24-like / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Ribbon / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / LexA repressor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 多波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Zhang, A.P.P. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of the LexA-DNA complex and implications for SOS box measurement.
著者: Zhang, A.P. / Pigli, Y.Z. / Rice, P.A.
履歴
登録2009年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LexA repressor
B: LexA repressor
C: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1584
ポリマ－58,1584
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8380 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area24830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.975, 106.935, 65.895
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological unit is a dimeric protein (chains A & B) bound to a DNA duplex (chains C & D).

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要素

#1: タンパク質 LexA repressor


分子量: 22330.611 Da / 分子数: 2 / 変異: K156A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: lexA, exrA, spr, tsl, umuA, b4043, JW4003 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P0A7C2, repressor LexA
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 6748.415 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.78 %
結晶化温度: 292 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M Bis-tris propane, 0.05M sodium tartrate, 10% glycerol, 15% ethylene glycol, 14% (w/v) PEG3350, pH 6.8, hanging drop, temperature 292K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Bis-tris propane11
2sodium tartrate11
3glycerol11
4ethylene glycol11
5PEG335011
6Bis-tris propane12
7sodium tartrate12
8glycerol12
9ethylene glycol12
10PEG335012

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月5日 / 詳細: mirros
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 23570 / Num. obs: 23570 / % possible obs: 72.2 % / Observed criterion σ(F): 5 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.4

-
位相決定

位相決定
手法
多波長異常分散
分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
SOLVE位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2.29→37.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 37.021 / SU ML: 0.357 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.634 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 1084 5 %RANDOM
Rwork0.266 ---
obs0.268 21609 66.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 85.3 Å2 / Biso mean: 84.018 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.27 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å2-0 Å2
3---0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→37.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2902 896 0 81 3879
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0223963
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9152.2655535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8265375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.85523.657134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31415544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.961531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212671
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0991.51876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.17923017
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.28332087
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.5274.52518
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.354 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 24 -
Rwork0.519 320 -
all-344 -
obs--14.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6295-0.1189-0.72135.6193-3.875510.45730.1630.4672-0.3655-1.0690.16120.82451.2507-1.0383-0.32430.4055-0.1056-0.15130.4189-0.07610.266412.9327.383-11.27
23.3563-0.89363.134.7749-2.997410.3672-0.031-0.5224-0.13330.95160.45360.84060.2048-1.2905-0.42270.4256-0.07990.17730.39160.02140.258114.2364.15623.39
35.30060.1344-0.9617.9905-0.41310.1320.13650.31180.0446-0.4894-0.1855-0.47170.18750.45430.04910.2046-0.08660.03380.225-0.0210.084225.90413.315-6.311
44.59820.98612.10467.5846-1.073510.3114-0.0450.0880.09020.9475-0.0541-0.52280.37080.49330.0990.2073-0.0054-0.04060.3259-0.03920.136827.7059.13318.32
52.46860.5064-1.60565.489-4.259510.5237-0.1387-0.0023-0.0844-0.07380.1240.31820.7151-0.56240.01460.4055-0.05090.00640.3078-0.0930.266767.62216.1659.515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C1 - 12
2X-RAY DIFFRACTION1D13 - 22
3X-RAY DIFFRACTION2C13 - 22
4X-RAY DIFFRACTION2D1 - 12
5X-RAY DIFFRACTION3A2 - 69
6X-RAY DIFFRACTION4B2 - 69
7X-RAY DIFFRACTION5A76 - 198
8X-RAY DIFFRACTION5B76 - 198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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