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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3jsl
タイトル
Crystal structure of the adenylation domain of NAD+-dependent DNA ligase from Staphylococcus aureus
要素
DNA ligase
キーワード
LIGASE / DNA ligase / NAD+-dependent / Staphylococcus aureus / DNA damage / DNA repair / DNA replication / Magnesium / Manganese / Metal-binding / NAD / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報
DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA replication / DNA binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能
Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation ...Dna Ligase; domain 1 - #70 / Zinc-finger, NAD-dependent DNA ligase C4-type / NAD-dependent DNA ligase C4 zinc finger domain / NAD-dependent DNA ligase, active site / NAD-dependent DNA ligase, conserved site / NAD-dependent DNA ligase signature 1. / NAD-dependent DNA ligase signature 2. / NAD-dependent DNA ligase / NAD-dependent DNA ligase, OB-fold / NAD-dependent DNA ligase, adenylation / NAD-dependent DNA ligase, N-terminal / NAD-dependent DNA ligase adenylation domain / NAD-dependent DNA ligase OB-fold domain / Ligase N family / DisA/LigA, helix-hairpin-helix motif / Helix-hairpin-helix motif / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Helix hairpin bin / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / breast cancer carboxy-terminal domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Dna Ligase; domain 1 / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding, OB-fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 2.1-2.5M ammonium sulfate, 0.1M MES or HEPES, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K PH範囲: 6.8-7.5
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データ収集
回折
平均測定温度: 173 K
放射光源
由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器
タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月9日
放射
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 57629 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5146 / % possible all: 85.2
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
HKL-2000
データ収集
PHASER
位相決定
REFMAC
5.2.0005
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 3.329 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.25028
2930
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.19573
-
-
-
obs
0.19843
54693
94.77 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK