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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3js9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase family protein from Babesia bovis | ||||||
![]() | Nucleoside diphosphate kinase family protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / babesiosis / parasitic protozoan / blood disease / hemolytic disease / piroplasmosis / Texas cattle fever / tick fever / Nantucket fever / redwater fever / Kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase family protein from Babesia bovis 著者: Edwards, T.E. / Staker, B.L. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2vu5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 148 / Label seq-ID: 9 - 156
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17713.447 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: CSHT condition A4, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5; 0.4:0.4 uL drops; 31.2 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% glycerol, 2 mM DTT; crystal tracking ID 204382a4; non- ...詳細: CSHT condition A4, 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5; 0.4:0.4 uL drops; 31.2 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% glycerol, 2 mM DTT; crystal tracking ID 204382a4; non-cleavable expression tag, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976484 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 28787 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Χ2: 1.035 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2742 / Χ2: 0.93 / % possible all: 97.2 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: trimer generate from 2VU5 解像度: 2.5→47.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.216 / WRfactor Rwork: 0.168 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 13.291 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.247 / SU Rfree: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.247 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.09 Å2 / Biso mean: 28.414 Å2 / Biso min: 4.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.08 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.496→2.561 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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