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万見
- PDB-3jr4: MutM interrogating an extrahelical G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jr4
タイトルMutM interrogating an extrahelical G
要素
  • DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*G*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(GX1)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
  • DNA glycosylase
キーワードLyase/DNA / DNA glycosylase / DNA repair / damage search / base extrusion / disulfide crosslinking / DNA damage / DNA-binding / Glycosidase / Hydrolase / Lyase / Metal-binding / Multifunctional enzyme / Zinc / Zinc-finger / Lyase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / 8-oxo-7,8-dihydroguanine DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins ...Formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Zinc finger, DNA glycosylase/AP lyase-type / Zinc finger, FPG/IleRS-type / DNA glycosylase/AP lyase, zinc finger domain, DNA-binding site / Zinc finger found in FPG and IleRS / Zinc finger FPG-type signature. / Zinc finger FPG-type profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.601 Å
データ登録者Qi, Y. / Spong, M.C. / Verdine, G.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Entrapment and structure of an extrahelical guanine attempting to enter the active site of a bacterial DNA glycosylase, MutM.
著者: Qi, Y. / Spong, M.C. / Nam, K. / Karplus, M. / Verdine, G.L.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA glycosylase
B: DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*G*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(GX1)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,5194
ポリマ－40,4543
非ポリマー651
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.343, 95.377, 102.482
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA glycosylase


分子量: 30596.373 Da / 分子数: 1 / 断片: MutM / 変異: N174C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: MutM / プラスミド: pET24B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PlysS
参照: UniProt: P84131, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4948.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*G*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(GX1)P*GP*TP*CP*TP*AP*CP*C)-3')


分子量: 4909.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 8K, sodium cacodylate, glycerol, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 8K11
2sodium cacodylate11
3glycerol11
4PEG 8K12
5sodium cacodylate12
6glycerol12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 14207 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.697.20.54813881.015100
2.69-2.87.30.42113930.98100
2.8-2.937.20.31813920.983100
2.93-3.087.20.22913861.013100
3.08-3.287.20.15214011.009100
3.28-3.537.10.10614100.983100
3.53-3.887.10.09314080.972100
3.88-4.4570.07714321.035100
4.45-5.66.80.05614541.064100
5.6-506.60.04415430.98399.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1R2Y

1r2y


解像度: 2.601→45.139 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 682 5.03 %
Rwork0.19 --
obs0.193 13557 95.06 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 29.821 Å2 / ksol: 0.341 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 193.49 Å2 / Biso mean: 45.801 Å2 / Biso min: 11.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.498 Å20 Å2-0 Å2
2--0.345 Å20 Å2
3----1.843 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.601→45.139 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2034 451 1 64 2550
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9513588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004390
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.194987
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.601-2.8020.3251180.2272292241086
2.802-3.0830.2941350.2122472260793
3.083-3.5290.2431480.1912612276098
3.529-4.4460.2021490.1582665281499
4.446-45.1460.2031320.1822834296699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.1151-0.10320.10161.3504-1.09821.3705-0.0099-0.0871-0.0205-0.0802-0.0553-0.10430.09190.05510.06390.13360.0098-0.00520.20560.02260.1769-13.975552.194417.3265
22.0105-0.2333.12693.95960.641-0.1964-0.3106-0.7266-0.0061.32730.5079-0.6160.3458-0.3206-0.26190.8150.14460.05240.96790.03140.599-14.165861.360734.3157
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 274
2X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain CB5 - 15
3X-RAY DIFFRACTION2chain B or chain CC3 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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