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万見
- PDB-3jqy: Crystal Structure of the polySia specific acetyltransferase NeuO -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jqy
タイトルCrystal Structure of the polySia specific acetyltransferase NeuO
要素Polysialic acid O-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / O-acetyltransferase / left-handed beta-helix polySia
機能・相同性
機能・相同性情報


polysialic-acid O-acetyltransferase / polysialic-acid O-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
: / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Polysialic acid O-acetyltransferase / Polysialic acid O-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.699 Å
データ登録者Schulz, E.-C. / Bergfeld, A. / Muehlenhoff, M. / Ficner, R.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2011
タイトル: Crystal structure analysis of the polysialic acid specific O-acetyltransferase NeuO
著者: Schulz, E.C. / Bergfeld, A.K. / Ficner, R. / Muhlenhoff, M.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32020年9月9日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: struct / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _struct.title / _struct_ref_seq_dif.details ..._struct.title / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Polysialic acid O-acetyltransferase
A: Polysialic acid O-acetyltransferase
C: Polysialic acid O-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8037
ポリマ－84,5203
非ポリマー2834
水16,808933
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area28490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.833, 88.366, 72.996
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Polysialic acid O-acetyltransferase / NeuO


分子量: 28173.275 Da / 分子数: 3 / 断片: residues in UNP 45-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: neuo / プラスミド: pet-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: Q58WP5, UniProt: A1ADJ6*PLUS, polysialic-acid O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1M Tris, 0.45M Glycine, 0.2M NH4NO3; 7% PEG 40000(w/v), pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9028 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9028 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.699→46.01 Å / Num. obs: 83894 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 12.4 / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 15.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル最高解像度: 1.699 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.474 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A MR model was generated by homology modelling using the PHYRE Webserver

解像度: 1.699→37.355 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.03 / SU ML: 1.21 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1954 3949 4.96 %
Rwork0.1657 75633 -
obs0.1672 79582 94.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.919 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 65.68 Å2 / Biso mean: 21.758 Å2 / Biso min: 5.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.626 Å2-0 Å2-1.448 Å2
2---1.885 Å2-0 Å2
3---3.418 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.699→37.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5169 0 16 933 6118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9217248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6521976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003918
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.699-1.760.2433370.2046882721987
1.76-1.8310.2283530.1857308766192
1.831-1.9140.2293570.1927030738788
1.914-2.0150.243990.1887345774493
2.015-2.1410.1874060.1517789819598
2.141-2.3060.2243990.1897400779993
2.306-2.5380.24170.1647878829599
2.538-2.9060.2124480.1667909835799
2.906-3.660.1684130.14980008413100
3.66-37.3640.1634200.14980928512100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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