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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jc8 | ||||||
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タイトル | Architectural model of the type IVa pilus machine in a piliated state | ||||||
要素 |
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キーワード | MOTOR PROTEIN / motor / pilus / ring / membrane channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / protein secretion / cell outer membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding ...type IV pilus assembly / type IV pilus-dependent motility / pilus assembly / protein secretion / cell outer membrane / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||
データ登録者 | Chang, Y.-W. / Rettberg, L.A. / Jensen, G.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Architecture of the type IVa pilus machine. 著者: Yi-Wei Chang / Lee A Rettberg / Anke Treuner-Lange / Janet Iwasa / Lotte Søgaard-Andersen / Grant J Jensen / 要旨: Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of ...Type IVa pili are filamentous cell surface structures observed in many bacteria. They pull cells forward by extending, adhering to surfaces, and then retracting. We used cryo-electron tomography of intact Myxococcus xanthus cells to visualize type IVa pili and the protein machine that assembles and retracts them (the type IVa pilus machine, or T4PM) in situ, in both the piliated and nonpiliated states, at a resolution of 3 to 4 nanometers. We found that T4PM comprises an outer membrane pore, four interconnected ring structures in the periplasm and cytoplasm, a cytoplasmic disc and dome, and a periplasmic stem. By systematically imaging mutants lacking defined T4PM proteins or with individual proteins fused to tags, we mapped the locations of all 10 T4PM core components and the minor pilins, thereby providing insights into pilus assembly, structure, and function. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jc8.cif.gz | 3.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jc8.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 3jc8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jc8_validation.pdf.gz | 834.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jc8_full_validation.pdf.gz | 994.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3jc8_validation.xml.gz | 442.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jc8_validation.cif.gz | 805.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jc/3jc8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3247MC 3248C 3249C 3250C 3251C 3252C 3253C 3254C 3255C 3256C 3257C 3258C 3259C 3260C 3261C 3262C 3263C 3264C 3jc9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 9種, 115分子 AaAbAcAdAeAfAgAhAiAjAkAlAmAnAoApAqArAsAtAuAvAwAxAyAzA1A2A3A4...
#1: タンパク質 | 分子量: 17210.494 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) #2: タンパク質 | 分子量: 62618.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q1D098 #3: タンパク質 | 分子量: 45191.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q1D0A0 #4: タンパク質 | 分子量: 24889.914 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q306N5 #5: タンパク質 | 分子量: 22911.150 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q306N4 #6: タンパク質 | 分子量: 42267.102 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q1D0B0 #7: タンパク質 | 分子量: 96199.984 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q9ZFG1 #8: タンパク質 | 分子量: 18154.627 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q306N3 #9: タンパク質 | 分子量: 44704.219 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア) 参照: UniProt: Q1D813 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Type IVa pilus machine in vivo / タイプ: COMPLEX |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 詳細: Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III). |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2013年8月26日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 27500 X / Cs: 2.2 mm |
試料ホルダ | 資料ホルダタイプ: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 77 K / 傾斜角・最大: -60 ° / 傾斜角・最小: 60 ° |
撮影 | 電子線照射量: 150 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: Simultaneous iterative reconstruction technique / ピクセルサイズ(公称値): 7.8 Å / ピクセルサイズ(実測値): 7.8 Å / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
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