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- PDB-3j83: Heptameric EspB Rosetta model guided by EM density -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j83
タイトルHeptameric EspB Rosetta model guided by EM density
要素ESX-1 secretion-associated protein EspB
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性ESX-1 secretion-associated protein EspB, PE domain / ESX-1 secreted protein B PE domain / protein secretion by the type VII secretion system / PPE superfamily / biological process involved in interaction with host / extracellular region / identical protein binding / ESX-1 secretion-associated protein EspB
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30 Å
データ登録者Solomonson, M. / DiMaio, F. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structure of EspB from the ESX-1 type VII secretion system and insights into its export mechanism.
著者: Matthew Solomonson / Dheva Setiaputra / Karl A T Makepeace / Emilie Lameignere / Evgeniy V Petrotchenko / Deborah G Conrady / Julien R Bergeron / Marija Vuckovic / Frank DiMaio / Christoph H ...著者: Matthew Solomonson / Dheva Setiaputra / Karl A T Makepeace / Emilie Lameignere / Evgeniy V Petrotchenko / Deborah G Conrady / Julien R Bergeron / Marija Vuckovic / Frank DiMaio / Christoph H Borchers / Calvin K Yip / Natalie C J Strynadka /
要旨: Mycobacterium tuberculosis (Mtb) uses the ESX-1 type VII secretion system to export virulence proteins across its lipid-rich cell wall, which helps permeabilize the host's macrophage phagosomal ...Mycobacterium tuberculosis (Mtb) uses the ESX-1 type VII secretion system to export virulence proteins across its lipid-rich cell wall, which helps permeabilize the host's macrophage phagosomal membrane, facilitating the escape and cell-to-cell spread of Mtb. ESX-1 membranolytic activity depends on a set of specialized secreted Esp proteins, the structure and specific roles of which are not currently understood. Here, we report the X-ray and electron microscopic structures of the ESX-1-secreted EspB. We demonstrate that EspB adopts a PE/PPE-like fold that mediates oligomerization with apparent heptameric symmetry, generating a barrel-shaped structure with a central pore that we propose contributes to the macrophage killing functions of EspB. Our structural data also reveal unexpected direct interactions between the EspB bipartite secretion signal sequence elements that form a unified aromatic surface. These findings provide insight into how specialized proteins encoded within the ESX-1 locus are targeted for secretion, and for the first time indicate an oligomerization-dependent role for Esp virulence factors.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-6120
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion-associated protein EspB
B: ESX-1 secretion-associated protein EspB
C: ESX-1 secretion-associated protein EspB
D: ESX-1 secretion-associated protein EspB
E: ESX-1 secretion-associated protein EspB
F: ESX-1 secretion-associated protein EspB
G: ESX-1 secretion-associated protein EspB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,8837
ポリマ－276,8837
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質
ESX-1 secretion-associated protein EspB / Antigen MTB48


分子量: 39554.656 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 1-348 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: espB, mtb48, Rv3881c, MTV027.16c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WJD9

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Mycobacterial protein / タイプ: COMPLEX
分子量値: 0.23 MDa / 実験値: YES
緩衝液名称: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl / pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl
試料濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
詳細: Protein was adsorbed onto grid, quickly blotted, and floated on 1% uranyl formate solution for 30 seconds.
染色タイプ: NEGATIVE / 染色剤: uranyl formate
試料支持詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow discharged

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI SPIRIT / 日付: 2013年8月28日 / 詳細: Low dose
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 49000 X / 倍率（補正後）: 65900 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
資料ホルダタイプ: side entry room temperature tomography holder
温度: 298 K
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)
画像スキャンデジタル画像の数: 50

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Rosettaモデルフィッティング
2EMAN2３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C7 (7回回転対称)
3次元再構成解像度: 30 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 1455 / ピクセルサイズ（公称値）: 4.7 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 4.7 Å
詳細: Initial reconstructions were determined from a side-view 2D average based on observed 7-fold symmetry of the top view using a rotational extrusion method. The initial model was then refined ...詳細: Initial reconstructions were determined from a side-view 2D average based on observed 7-fold symmetry of the top view using a rotational extrusion method. The initial model was then refined in 6 iterations with EMAN2 using untilted particles. (Single particle--Applied symmetry: C7)
クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: RMSD / Rosetta score
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body DETAILS--Homology model generated from PDB coordinates and used for symmetric docking in Rosetta.
原子モデル構築PDB-ID: 4WJ1

4wj1


PDB chain-ID: A / Accession code: 4WJ1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14826 0 0 0 14826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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