PDB-3ix7: Crystal structure of a domain of functionally unknown protein fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ix7

タイトル

Crystal structure of a domain of functionally unknown protein from Thermus thermophilus HB8

要素

Uncharacterized protein TTHA0540

キーワード

Structural Genomics / Unknown function / Thermus thermophilus HB8 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclease activity / membrane => GO:0016020 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a domain of functionally unknown protein from Thermus thermophilus HB8
著者: Chang, C. / Li, H. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ix7.cif.gz	63.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ix7.ent.gz	51.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ix7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ix7_validation.pdf.gz	446 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ix7_full_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示
XML形式データ	3ix7_validation.xml.gz	13.7 KB	表示
CIF形式データ	3ix7_validation.cif.gz	18.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ix7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ix/3ix7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3kbf-1 3s1j-1 3esl-2 2kod-d 6q56-1 6q56-2 4w4j-1 1f1z-2 6oml-d 3sjp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC64134.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein TTHA0540

B: Uncharacterized protein TTHA0540

ヘテロ分子

29.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.152, 110.152, 39.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein TTHA0540 分子量: 14764.822 Da / 分子数: 2 / 断片: sequence database residues 138-269 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / 遺伝子: TTHA0540 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q5SKV3
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M imidazol, 10% PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月1日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 15055 / Num. obs: 15031 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 35.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 58.18
反射シェル	解像度: 2.15→2.17 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.427 / Mean I/σ(I) obs: 6.22 / Num. unique all: 378 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 13.05 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.293 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25609	746	5 %	RANDOM
R_work	0.20936	-	-	-
all	0.21167	15000	-	-
obs	0.21167	15000	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.209 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.13 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1981	0	4	142	2127

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2113
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	1.986	2879
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.164	5	279
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.085	23.407	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.859	15	361
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.372	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.103	0.2	334
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	1616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.803	1.5	1361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.462	2	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.326	3	752
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.875	4.5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	58	-
R_work	0.227	1038	-
obs	-	1096	99.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3949	-0.6423	-0.4523	1.055	0.7308	0.5267	-0.0163	0.2618	-0.3105	0.1176	-0.3912	0.5224	-0.0327	-0.2784	0.4076	0.6884	0.0806	-0.0973	0.5734	0.0393	0.6979	-19.5014	71.2621	-2.3323
2	2.2692	-1.399	-0.3505	5.2842	1.1805	1.5365	0.0913	0.1529	-0.2322	-0.0256	-0.2328	0.3045	0.1505	-0.2461	0.1415	0.0463	-0.0706	0.0184	0.1624	-0.0745	0.068	-19.0688	50.5718	0.9048
3	7.0916	-0.3302	-2.0668	3.0616	-1.5644	4.7383	0.0553	0.4444	-0.068	-0.4915	-0.0932	-0.0203	0.1463	-0.2764	0.0379	0.0966	-0.0242	0.0064	0.1838	-0.0154	0.0089	-7.4262	61.0358	-7.6587
4	4.4563	0.2922	-1.2535	2.2542	-0.656	0.5225	0.1741	-0.3763	0.0954	0.1109	-0.1731	-0.1139	-0.0741	0.0824	-0.0009	0.044	-0.0328	-0.0142	0.2252	-0.0056	0.0399	-11.137	63.4301	8.3106
5	0.0191	-0.2207	0.4741	4.6401	-10.2318	22.5865	0.18	0.0014	-0.0965	-0.217	0.4502	0.3878	0.4063	-0.6779	-0.6302	0.5501	-0.1304	0.0476	0.7819	-0.4746	1.4572	-32.2553	70.1321	-0.2446
6	1.4802	-0.951	0.2809	4.1791	0.8983	2.4145	-0.0015	0.2039	0.1881	0.3915	-0.0421	-0.0052	-0.3963	0.2315	0.0435	0.2946	-0.098	0.1113	0.0829	-0.0042	0.1883	-28.0949	79.325	17.9858
7	2.3261	-2.0179	1.1618	2.2355	-2.1969	9.1833	0.1436	0.4129	0.1227	-0.1973	-0.1353	0.4166	-0.2205	-0.7899	-0.0084	0.4383	0.0054	-0.1049	0.3177	0.0984	0.8719	-42.0596	78.5969	7.6047
8	7.6375	-0.739	1.6906	1.8185	1.3843	3.2565	0.0487	-0.1313	-0.2783	-0.0193	-0.0632	0.2994	0.004	-0.0585	0.0144	0.062	-0.0419	0.0717	0.0746	-0.0244	0.2035	-35.6057	65.5927	13.5355

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	137 - 142
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	143 - 213
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 233
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	234 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	137 - 142
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	143 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	214 - 233
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	234 - 266

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