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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ivz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of hyperthermophilic nitrilase | ||||||
![]() | Nitrilase | ||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-beta sandwich | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrilase / indole-3-acetonitrile nitrilase activity / N-carbamoylputrescine amidase activity / beta-alanine biosynthetic process via 3-ureidopropionate / putrescine biosynthetic process from arginine / beta-ureidopropionase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Raczynska, J. / Vorgias, C. / Antranikian, G. / Rypniewski, W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic analysis of a thermoactive nitrilase. 著者: Raczynska, J.E. / Vorgias, C.E. / Antranikian, G. / Rypniewski, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 116 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 90 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29775.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | ACCORDING TO THE AUTHORS RESIDUE AT POSITION 238 IS MORE LIKELY A SER. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.06 % 解説: The completeness of the diffraction data was 96.0% in the 1.80-1.76 A resolution shell. Higher resolution data were less complete but they were included in the refinement. |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 35% PEG 550MME, 0.2M MgCl2, 0.2M TrisHCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Single crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0723 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 51424 / % possible obs: 83.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 11.8 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.59 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.193 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 984 / Rsym value: 0.193 / % possible all: 16 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1j31.pdb 解像度: 1.57→25.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.575 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.018 / ESU R Free: 0.019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.829 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.57→25.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.57→1.61 Å / Total num. of bins used: 20
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