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- PDB-3iv8: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase from Vibrio cholerae ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iv8
タイトルN-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase from Vibrio cholerae complexed with fructose 6-phosphate
要素N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
キーワードHYDROLASE / IDP01334 / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / fructose 6-phosphate / Carbohydrate metabolism / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase activity / N-acetylglucosamine catabolic process / N-acetylneuraminate catabolic process / protein homotetramerization / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / NICKEL (II) ION / N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase from Vibrio cholerae complexed with fructose 6-phosphate.
著者: Osipiuk, J. / Maltseva, N. / Stam, J. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
B: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
C: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
D: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,87112
ポリマ－165,0884
非ポリマー7838
水5,981332
1
A: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
C: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0186
ポリマ－82,5442
非ポリマー4744
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area28400 Å2
手法PISA
2
B: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
D: N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,8546
ポリマ－82,5442
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.181, 123.047, 156.286
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase / GlcNAc 6-P deacetylase


分子量: 41272.000 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 biovar El Tor str. N16961 / 遺伝子: nagA, VC_0994 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O32445, N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase
#2: 糖 ChemComp-F6P / 6-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / FRUCTOSE-6-PHOSPHATE / 6-O-phosphono-beta-D-fructose / 6-O-phosphono-D-fructose / 6-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス6-りん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H13O9P
識別子タイププログラム
b-D-Fruf6PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.22 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M di-sodium hydrogen phosphate, 20% PEG-3350, 5 mM fructose 6-phosphate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月2日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→35.2 Å / Num. all: 54289 / Num. obs: 54289 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2.09 / Num. unique all: 2658 / Χ2: 0.827 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3EGJ

3egj


解像度: 2.53→35.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 24.772 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.76 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2752 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.186 54165 --
obs0.186 54165 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 76.85 Å2 / Biso mean: 34.533 Å2 / Biso min: 10.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å20 Å2
2---2.97 Å20 Å2
3---2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.53→35.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11313 0 35 332 11680
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02211586
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6091.96515727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.49951504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.79925.553488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.709151988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4081539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21834
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218645
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.57423
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.224211985
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14434163
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5594.53734
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.593 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 187 -
Rwork0.266 3626 -
all-3813 -
obs-3813 96.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52980.1414-0.08630.86090.03840.29940.0411-0.0046-0.03210.09790.03070.0546-0.08360.0174-0.07180.11220.00460.01640.03550.01660.0416-9.2516-8.543237.8246
20.7390.06910.06460.9671-0.18381.0840.05970.00330.00550.13270.0835-0.2554-0.02040.051-0.14320.0310.0103-0.02930.035-0.07090.148930.31457.863729.6789
30.41840.0474-0.08090.9072-0.18880.5381-0.04150.0709-0.1334-0.16020.1089-0.20490.0252-0.0399-0.06740.0736-0.02390.06880.0491-0.08070.155120.0953-17.36893.9836
40.84290.4020.30631.70310.90930.7281-0.06550.03680.1292-0.219-0.02320.1866-0.0966-0.01810.08870.07290.0025-0.02390.0278-0.01820.0515-10.296813.01959.2651
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 378
2X-RAY DIFFRACTION1A500 - 702
3X-RAY DIFFRACTION1A379 - 478
4X-RAY DIFFRACTION2B0 - 378
5X-RAY DIFFRACTION2B501 - 703
6X-RAY DIFFRACTION2B379 - 456
7X-RAY DIFFRACTION3C0 - 378
8X-RAY DIFFRACTION3C501
9X-RAY DIFFRACTION3C379 - 455
10X-RAY DIFFRACTION4D0 - 378
11X-RAY DIFFRACTION4D501
12X-RAY DIFFRACTION4D379 - 455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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