PDB-3iuo: The Crystal Structure of the C-terminal domain of the ATP-depende...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iuo

タイトル

The Crystal Structure of the C-terminal domain of the ATP-dependent DNA helicase RecQ from Porphyromonas gingivalis to 1.6A

要素

ATP-dependent DNA helicase RecQ

キーワード

HYDROLASE / ATP-dependent / helicase / RecQ / C-terminal / porphyromonas / gingivalis / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

SOS response / DNA 3'-5' helicase / 3'-5' DNA helicase activity / isomerase activity / DNA recombination / DNA replication / hydrolase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Sather, A. / Duggan, E. / Moy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of the C-terminal domain of the ATP-dependent DNA helicase RecQ from Porphyromonas gingivalis to 1.6A
著者: Stein, A.J. / Sather, A. / Duggan, E. / Moy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3iuo.cif.gz	62.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3iuo.ent.gz	52.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3iuo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3iuo_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3iuo_full_validation.pdf.gz	436.3 KB	表示
XML形式データ	3iuo_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	3iuo_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iu/3iuo	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6lzk-1 3g3b-3 5x9y-1 6lzk-2 3k74-d 3gec-d 4kzw-d 5x9y-3 5ubv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90268.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ATP-dependent DNA helicase RecQ

B: ATP-dependent DNA helicase RecQ

ヘテロ分子

29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: ATP-dependent DNA helicase RecQ

B: ATP-dependent DNA helicase RecQ

ヘテロ分子

A: ATP-dependent DNA helicase RecQ

B: ATP-dependent DNA helicase RecQ

ヘテロ分子

A: ATP-dependent DNA helicase RecQ

B: ATP-dependent DNA helicase RecQ

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.326, 98.326, 72.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

詳細

authors state that biological unit is same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	ATP-dependent DNA helicase RecQ 分子量: 14530.452 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 604-725 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: W83 / 遺伝子: PG0684, PG_0416, recQ-1 / プラスミド: pMCSG8 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7MX11
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 35% PEG 4000, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月30日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 34286 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 3.351 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.6-1.66	4.1	0.493	3504	0.978	1	100
1.66-1.72	4.1	0.334	3448	0.971	1	100
1.72-1.8	4.1	0.228	3445	1.032	1	100
1.8-1.9	4.1	0.171	3456	1.279	1	100
1.9-2.02	4.1	0.113	3486	1.739	1	100
2.02-2.17	4.1	0.087	3421	2.514	1	99.9
2.17-2.39	4.1	0.078	3492	3.451	1	99.8
2.39-2.74	4.1	0.077	3436	5.022	1	99.4
2.74-3.45	4	0.069	3403	6.582	1	98.3
3.45-50	3.7	0.073	3195	11.664	1	92.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0102	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 1.6→24.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.232 / WR_factor R_work: 0.198 / SU B: 3.313 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	1726	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	34256	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→24.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1789	0	2	182	1973

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.336	1.976	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.538	5	231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.708	25.319	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.605	15	360
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.533	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.727	1.5	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.256	2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.49	3	726
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.84	4.5	664

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.598-1.639	0.312	133	0.266	2387	2554	98.669
1.639-1.684	0.266	98	0.249	2393	2495	99.84
1.684-1.732	0.253	132	0.219	2313	2448	99.877
1.732-1.785	0.243	110	0.212	2214	2326	99.914
1.785-1.843	0.238	124	0.189	2129	2258	99.779
1.843-1.908	0.197	100	0.165	2125	2226	99.955
1.908-1.979	0.174	108	0.16	2001	2109	100
1.979-2.06	0.196	107	0.165	1962	2070	99.952
2.06-2.15	0.205	102	0.161	1863	1966	99.949
2.15-2.254	0.21	80	0.165	1798	1880	99.894
2.254-2.375	0.228	99	0.179	1670	1775	99.662
2.375-2.518	0.202	91	0.19	1588	1686	99.585
2.518-2.69	0.219	70	0.204	1526	1609	99.192
2.69-2.902	0.236	83	0.206	1379	1480	98.784
2.902-3.174	0.236	80	0.192	1263	1363	98.533
3.174-3.541	0.213	67	0.185	1138	1235	97.571
3.541-4.075	0.167	56	0.17	1013	1099	97.27
4.075-4.955	0.214	48	0.167	830	918	95.643
4.955-6.863	0.291	30	0.227	677	737	95.929
6.863-24.071	0.475	8	0.235	261	424	63.443

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.2935	2.8128	-0.0378	3.1493	0.878	6.3795	-0.005	0.6118	0.3085	-0.3078	0.1051	0.2471	-0.0926	-0.4284	-0.1001	0.1623	0.019	0.0035	0.1578	0.0114	0.1344	11.9823	-13.1681	39.1886
2	8.2497	5.7305	-3.2103	13.7654	-3.2301	9.1782	0.0411	0.2849	0.1273	-0.3456	0.1325	0.5163	0.0838	-0.2919	-0.1736	0.1223	0.0131	0.0311	0.0981	-0.0266	0.1038	17.748	-8.3196	39.299
3	4.2677	-0.6927	1.8285	7.9624	0.3327	4.1254	-0.0545	0.1682	-0.0796	-0.2817	0.0493	-0.3653	0.0569	0.183	0.0052	0.1318	0.0314	0.07	0.0869	-0.0196	0.0743	22.0637	-1.253	37.0753
4	8.8772	-2.9931	-0.2885	10.5736	0.1514	8.9564	0.0496	0.5308	0.237	-0.8055	0.0736	-0.8271	0.0888	0.1808	-0.1232	0.2566	-0.0047	0.1287	0.1468	0.0129	0.1789	23.7726	5.9454	32.7003
5	8.4722	1.2038	-3.8844	7.6722	-0.1795	6.202	0.1525	0.461	0.4372	-0.5551	-0.0063	0.218	-0.0081	-0.2875	-0.1461	0.2423	0.0099	0.0011	0.1552	0.0254	0.0912	15.283	7.4128	32.504
6	10.7411	1.5307	-3.8816	7.9921	1.7076	10.8749	-0.224	0.8181	-0.7468	-0.4712	-0.0092	0.4171	0.4363	-0.2691	0.2332	0.2907	-0.0332	-0.0231	0.2106	-0.0702	0.1755	11.3103	0.3137	33.2704
7	4.5248	-3.3148	1.4904	10.8436	2.0073	10.8963	0.1202	0.3032	-0.0847	-0.5374	-0.1048	0.6247	0.1628	-0.4926	-0.0155	0.1282	-0.0322	-0.0407	0.1121	0.0062	0.1136	9.2556	4.8789	40.0482
8	12.1473	-3.4068	1.2379	5.1486	0.3004	7.1738	0.062	0.0483	-0.3939	0.0587	0.0788	0.0457	0.3883	0.0824	-0.1407	0.0961	0.0121	0.0101	0.0302	-0.0162	0.0671	17.1905	2.5109	45.3127
9	4.8182	-2.3065	5.9942	7.9773	-2.3333	7.5087	0.1982	0.8441	0.0609	-0.4185	-0.2308	-0.3857	0.2897	1.1023	0.0326	0.2197	0.1152	0.0367	0.3261	0.0271	0.1715	24.571	2.7556	47.3824
10	4.6159	0.1348	-1.2097	11.4166	-3.269	9.0523	0.1286	-0.2129	0.1787	-0.0935	-0.1198	-0.5366	-0.0246	0.2769	-0.0088	0.1342	-0.0025	0.0851	0.1045	0.0153	0.1913	22.8749	11.9882	38.5791
11	6.9998	-4.8715	-3.3993	12.1974	5.3262	5.6351	0.2101	0.3174	0.237	-0.3799	-0.3332	-0.1643	-0.1421	-0.4016	0.1231	0.2164	0.0043	0.0616	0.1335	0.0727	0.1152	16.8955	17.0985	36.2652
12	7.7525	-1.2562	-0.3268	9.7425	0.9039	13.8654	0.0149	0.3034	0.4001	-0.4309	-0.0957	-0.2306	-0.2067	0.1343	0.0808	0.1825	0.0102	0.0142	0.1329	0.0587	0.1741	14.0307	24.5688	41.5411
13	3.7018	0.3213	-0.0285	4.7666	-2.4594	11.1513	-0.0446	0.0686	0.422	-0.0281	-0.0568	-0.3578	-0.6908	0.3004	0.1014	0.0932	-0.0245	-0.0074	0.0355	0.0136	0.1498	17.482	22.056	49.8634
14	2.7692	-0.7624	-0.1398	0.9912	-2.5505	8.6295	0.0629	0.0441	0.2152	0.092	-0.096	-0.0926	-0.315	0.2992	0.0331	0.1025	-0.0095	-0.0489	0.0797	-0.0108	0.155	18.8477	17.2766	57.5801
15	8.2419	-0.6722	-2.8392	9.4759	2.1054	9.4172	-0.0947	-0.2851	-0.2531	0.1035	0.0367	0.1728	0.2137	-0.3752	0.058	0.1012	-0.0252	-0.0144	0.0829	0.009	0.0607	11.6208	11.3153	56.9532
16	12.1111	-0.0946	-3.798	16.3618	-14.1015	16.6586	-0.092	-0.0316	0.0969	0.0817	0.2286	0.0859	-0.1703	-0.4482	-0.1366	0.1054	0.0372	0.0015	0.1516	0.0224	0.0999	8.0635	17.8746	55.5498
17	7.698	-3.7468	-0.962	11.9448	1.9824	7.2676	-0.1533	-0.1751	0.0558	0.3043	0.1758	0.3752	-0.086	-0.4444	-0.0225	0.0634	0.0233	0.0021	0.0762	0.0488	0.067	6.5979	18.3172	47.9014
18	4.7952	-1.3267	-0.4456	4.9182	-0.9508	2.752	0.0383	0.123	0.1036	-0.2545	-0.0586	-0.182	-0.087	0.064	0.0203	0.04	0.0005	0.0049	0.006	0.0064	0.036	15.0009	13.2097	46.424
19	12.221	2.4706	5.8207	13.7906	0.217	10.2227	0.0688	-0.8332	-0.0534	0.4059	-0.0799	-0.9591	-0.184	0.7969	0.0111	0.1459	-0.0079	0.034	0.2573	0.0005	0.2805	24.2016	12.1549	49.8017
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31	8.4332	-1.3292	-0.932	11.4172	2.9294	8.4554	-0.1879	-0.3859	-0.133	0.4831	0.1548	-0.8458	0.469	0.6291	0.0332	0.1334	0.047	-0.0795	0.1405	0.0459	0.2034	28.3244	-0.048	68.0091
32	12.2065	-1.351	1.6259	6.3068	-0.9435	9.859	0.0491	0.1688	-0.0217	0.0247	-0.0846	-0.6167	0.0814	0.7701	0.0355	0.0718	0.0265	-0.0381	0.0949	0.0175	0.1461	27.4939	2.4467	61.182
33	6.0738	-2.3685	-0.7174	2.2061	1.0948	8.089	0.0815	-0.1059	-0.275	0.0379	-0.2406	0.0513	0.3087	-0.4019	0.1592	0.0967	0.0141	-0.026	0.0933	-0.0152	0.0984	18.4991	3.8315	57.7932
34	24.6233	-2.25	15.2334	18.4862	-8.1865	26.9839	0.382	0.03	-0.4924	0.0925	-0.3878	0.1911	1.2893	-0.1647	0.0058	0.2651	-0.0559	-0.0056	0.078	-0.034	0.2243	17.9917	-3.2813	58.1244
35	1.571	-2.3543	-0.2884	14.203	-12.6271	16.0345	-0.2053	0.0274	-0.2479	-0.6617	-0.1007	0.1484	1.1989	0.0898	0.306	0.4038	-0.0313	0.0459	0.1696	-0.0095	0.4035	20.6402	-8.1914	64.8084
36	6.0286	2.6155	-1.6278	9.4917	-0.9711	8.0188	0.0787	-0.102	-0.2934	0.2324	-0.0551	0.5514	0.4278	-0.2966	-0.0236	0.1603	-0.0291	-0.0109	0.0977	0.0196	0.1502	16.5936	-2.2384	69.7798
37	1.7403	0.8763	-1.7993	5.2906	1.455	3.4997	-0.1102	-0.1977	0.006	0.2754	-0.0212	0.0703	0.2833	-0.0217	0.1314	0.0724	-0.0082	-0.0283	0.18	-0.0319	0.0524	18.3706	4.9102	68.8169
38	1.7667	1.4547	-0.5761	11.3217	-1.3823	3.0492	-0.0105	-0.045	-0.0851	-0.0905	-0.0087	-0.3009	0.1134	0.2544	0.0192	0.0874	-0.0142	-0.035	0.1338	-0.0254	0.1306	24.5068	12.1017	66.5472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	614 - 619
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	620 - 624
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	625 - 630
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	631 - 635
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	636 - 641
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	642 - 647
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	648 - 653
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	654 - 660
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	661 - 665
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	666 - 670
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	671 - 675
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	676 - 680
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	681 - 687
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	688 - 693
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	694 - 698
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	699 - 704
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	705 - 710
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	711 - 718
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	719 - 723
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	615 - 620
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	621 - 625
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	626 - 630
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	631 - 635
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	636 - 641
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	642 - 648
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	649 - 654
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	655 - 664
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29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	670 - 674
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	708 - 712
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	713 - 717
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	718 - 725

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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