PDB-3itw: Crystal structure of TioX from Micromonospora sp. ML1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3itw

タイトル

Crystal structure of TioX from Micromonospora sp. ML1

要素

Protein tioX

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / bleomycin resistance fold / bisintercalator / solvent-exposed Trp residue / thiocoraline / PROTEIN BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #120 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 - #110 / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Micromonospora sp. ML1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Se MAD/MIR / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Biswas, T. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: A New Scaffold of an Old Protein Fold Ensures Binding to the Bisintercalator Thiocoraline.
著者: Biswas, T. / Zolova, O.E. / Lombo, F. / de la Calle, F. / Salas, J.A. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S.

履歴

登録	2009年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3itw.cif.gz	58.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3itw.ent.gz	46.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3itw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3itw_validation.pdf.gz	410.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3itw_full_validation.pdf.gz	412.6 KB	表示
XML形式データ	3itw_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	3itw_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/3itw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/it/3itw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5nih-d 1p1n-1 4q30-2 1p1u-d 5ng9-1 3kfm-1 2xx9-2 5wp0-d 4b16-1 5tbb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein tioX

B: Protein tioX

30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein tioX

B: Protein tioX

A: Protein tioX

B: Protein tioX

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.321, 109.321, 143.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22

#1: タンパク質	Protein tioX 分子量: 15470.679 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micromonospora sp. ML1 (バクテリア) 遺伝子: tioX / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q333U2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: Reservoir solution: 400 mM sodium potassium tartrate, 25 mM ammonium sulfate, 2% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID
シンクロトロン	APS	21-ID-D	1
シンクロトロン	APS	23-ID-B	2

検出器

日付: 2007年8月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.15→40 Å / Num. obs: 47329

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Se MAD/MIR / 解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 11.843 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26786	1205	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2323	-	-	-
obs	0.23403	22426	98.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 73.024 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1957	0	0	101	2058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2004
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.17	1.932	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.235	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.864	21.915	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.964	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.931	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1534
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.256	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.218	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.597	1.5	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.942	2	1974
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.406	3	852
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.243	4.5	749
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	86	-
R_work	0.287	1541	-
obs	-	-	95.04 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0331	0.9619	0.0169	2.2253	-0.0178	4.1718	0.0939	0.4514	0.4659	0.0135	0.1734	-0.0151	-0.0374	0.3116	-0.2673	-0.4302	-0.0612	-0.0787	-0.1947	-0.0689	-0.2308	38.109	60.208	53.138
2	4.5328	-0.7138	1.4822	4.8645	-1.9692	5.16	0.0336	-0.8681	-0.5932	-0.0095	0.2595	0.2801	0.4367	-0.5357	-0.2932	-0.4598	-0.0777	-0.1923	-0.0228	0.3184	-0.4114	20.004	41.593	71.197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 120
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 134

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)