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- PDB-3ite: The third adenylation domain of the fungal SidN non-ribosomal pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ite
タイトルThe third adenylation domain of the fungal SidN non-ribosomal peptide synthetase
要素SidN siderophore synthetase
キーワードLIGASE / non-ribosomal peptide synthesis / NRPS / siderophore synthetase / SidNA3 / fungal / endophyte
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme ...ANL, N-terminal domain / ANL, C-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nonribosomal peptide synthetase sidN
類似検索 - 構成要素
生物種Neotyphodium lolii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, T.V. / Lott, J.S. / Johnson, R.D. / Johnson, L.J. / Arcus, V.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of a eukaryotic nonribosomal peptide synthetase adenylation domain that activates a large hydroxamate amino acid in siderophore biosynthesis
著者: Lee, T.V. / Johnson, L.J. / Johnson, R.D. / Koulman, A. / Lane, G.A. / Lott, J.S. / Arcus, V.L.
履歴
登録2009年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SidN siderophore synthetase
B: SidN siderophore synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,4336
ポリマ－123,1702
非ポリマー2634
水8,197455
1
A: SidN siderophore synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7173
ポリマ－61,5851
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SidN siderophore synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7173
ポリマ－61,5851
非ポリマー1322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.598, 75.280, 84.137
Angle α, β, γ (deg.)114.85, 94.78, 90.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 13:40 or resseq 46:179 or resseq 183:367 )
211chain B and (resseq 12:40 or resseq 46:180 or resseq 183:367 )
112chain A and (resseq 369:407 )
212chain B and (resseq 369:407 )
113chain A and (resseq 409:421 )
213chain B and (resseq 409:421 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 SidN siderophore synthetase


分子量: 61585.184 Da / 分子数: 2 / 断片: Third adenylation domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neotyphodium lolii (菌類) / 株: Lp19 / 遺伝子: sidN / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: K7NCP5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE ...A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS SEQUENCE WILL BE DEPOSITED IN THE SEQUENCE DATABASE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES, 14% PEG 4000, 0.02 M ammonium sulphate, 15% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1901
2901
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.97939
シンクロトロンSSRL BL9-220.97940, 0.97952, 0.91162
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2007年12月17日
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2007年12月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979391
20.97941
30.979521
40.911621
反射解像度: 2→42.623 Å / Num. obs: 145804 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 10538 / Rsym value: 0.559 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
autoSHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→42.623 Å / FOM work R set: 136.89 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotrophic and TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.39 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: The file contains friedel pairs. The unmerged structure factors for the friedel pairs for each reflection are included under the _refln.pdbx_F_plus and _refln.pdbx_F_minus tags.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 7343 5.07 %Random
Rwork0.1936 ---
all0.1953 144964 --
obs0.1953 144964 95.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.408 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.225 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.414 Å21.225 Å22.59 Å2
2---5.63 Å22.387 Å2
3---14.044 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6926 0 12 455 7393
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0187075
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6459603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.822553
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0971102
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081239
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2657X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2657X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.089
21A294X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B294X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.073
31A100X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.0230.3082430.2974441468494
2.023-2.0470.2762520.2914562481495
2.047-2.0720.3032480.2714472472094
2.072-2.0980.3282600.274612487294
2.098-2.1250.32380.2624408464695
2.125-2.1540.2592080.2534685489395
2.154-2.1850.3032180.2384436465494
2.185-2.2180.2212840.2184616490095
2.218-2.2530.2772520.2484494474695
2.253-2.2890.2772470.2234550479795
2.289-2.3290.262650.2094561482696
2.329-2.3710.242400.2064543478395
2.371-2.4170.2582460.2044661490795
2.417-2.4660.252480.24553480196
2.466-2.520.2032640.1964602486695
2.52-2.5780.2432340.1934519475396
2.578-2.6430.2692860.1894556484296
2.643-2.7140.2252520.1894578483096
2.714-2.7940.262280.1764685491396
2.794-2.8840.2232480.1754599484796
2.884-2.9870.1872110.1654661487296
2.987-3.1070.2172550.164594484997
3.107-3.2480.2032500.1834651490197
3.248-3.420.2012370.1764610484796
3.42-3.6340.1812560.164663491997
3.634-3.9140.232030.1594674487797
3.914-4.3080.1672580.1534626488497
4.308-4.930.1632760.1484619489597
4.93-6.2080.1942070.184710491797
6.208-42.6330.2242290.2074680490997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.97380.0284-0.07070.4543-0.28590.4165-0.02370.066-0.0126-0.00360.0042-0.03140.0048-0.02320.01480.1279-0.0058-0.00710.1228-0.01140.103633.789135.32665.4474
20.8821-0.1641-0.08230.8240.46220.4765-0.0482-0.0475-0.0384-0.00230.02030.0803-0.00410.02540.02430.13730.00160.00570.11750.01630.147646.2542-2.393679.2091
30.6645-0.236-0.25320.5131-0.20180.0795-0.06870.26810.20830.2320.1909-0.1484-0.4748-0.0922-0.11070.70080.0056-0.06740.42260.06460.393741.831622.0934106.4031
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resseq 1-422)A1 - 422
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and (resseq 1:421)B1 - 421
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resseq 422:536)B422 - 536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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