PDB-3ira: The crystal structure of one domain of the conserved protein from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ira

タイトル

The crystal structure of one domain of the conserved protein from Methanosarcina mazei Go1

要素

Conserved protein

キーワード

structural genomics / unknown function / conserved protein / Methanosarcina mazei / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina mazei (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Keigher, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of one domain of the conserved protein from Methanosarcina mazei Go1
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Keigher, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ira.cif.gz	44.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ira.ent.gz	34.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ira.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ira_validation.pdf.gz	420.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ira_full_validation.pdf.gz	422.5 KB	表示
XML形式データ	3ira_validation.xml.gz	9.1 KB	表示
CIF形式データ	3ira_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3ira ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ir/3ira	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3urc-d 3kz0-1 3urd-d 1gbe-d 4bpj-d 5lpr-d 7lpr-d 6hj5-d 5mrs-3 4a0q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61675.3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Conserved protein

20.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.843, 63.843, 95.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Conserved protein 分子量: 20115.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌) / 株: Go1 / 遺伝子: GI:20905010, MM_0619 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8PZ75
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M ammonium acetate, 0.1M HEPES, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794, 0.9796

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.9796	1

反射

解像度: 2.1→53.15 Å / Num. all: 11549 / Num. obs: 11532 / % possible obs: 99.85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 17.8 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 35.92

反射シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / 冗長度: 10.9 % / R_merge(I) obs: 0.63 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique all: 867 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→53.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 9.83 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 1.93 / ESU R: 0.205 / ESU R Free: 0.167
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21783	580	4.8 %	RANDOM
R_work	0.18696	-	-	-
obs	0.18849	11532	99.85 %	-
all	-	11594	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.189 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→53.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1408	0	0	73	1481

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	1447
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1007
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.8	1.949	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.006	3.002	2455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.757	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.745	24.789	71
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.161	15	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.725	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.127	0.2	204
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.906	1.5	861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.24	1.5	340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.806	2	1401
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.093	3	586
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.151	4.5	558
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	39	-
R_work	0.201	828	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.265 Å / Origin y: 12.139 Å / Origin z: 27.166 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0862 Å²	-0.0119 Å²	-0.0202 Å²	-	0.0336 Å²	0.0002 Å²	-	-	0.0103 Å²
L	0.8604 °²	-0.3683 °²	-0.2571 °²	-	1.3088 °²	0.6897 °²	-	-	2.8819 °²
S	-0.0221 Å °	-0.0201 Å °	0.0063 Å °	-0.153 Å °	-0.0307 Å °	0.0705 Å °	-0.2354 Å °	-0.022 Å °	0.0528 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 60
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 90
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	91 - 120
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	121 - 150
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	151 - 171

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関連情報:EMDBヘッダ

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