[日本語] English
万見
- PDB-3ir2: Crystal structure of the APOBEC3G catalytic domain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ir2
タイトルCrystal structure of the APOBEC3G catalytic domain
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
キーワードHYDROLASE / APOBEC3G / ANTIVIRAL DEFENSE / HOST-VIRUS INTERACTION / METAL-BINDING / Nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity ...apolipoprotein B mRNA editing enzyme complex / dCTP deaminase activity / single-stranded DNA cytosine deaminase / base conversion or substitution editing / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / negative regulation of viral process / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / negative regulation of viral genome replication / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / positive regulation of defense response to virus by host / P-body / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / defense response to virus / ribonucleoprotein complex / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Shandilya, S.M.D. / Schiffer, C.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of the APOBEC3G Catalytic Domain Reveals Potential Oligomerization Interfaces.
著者: Shandilya, S.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Gross, P.J. / Valesano, J.C. / Shindo, K. / Li, M. / Munson, M. / Royer, W.E. / Harjes, E. / Kono, T. / Matsuo, H. / Harris, R.S. / ...著者: Shandilya, S.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Gross, P.J. / Valesano, J.C. / Shindo, K. / Li, M. / Munson, M. / Royer, W.E. / Harjes, E. / Kono, T. / Matsuo, H. / Harris, R.S. / Somasundaran, M. / Schiffer, C.A.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,55710
ポリマ－48,1762
非ポリマー3818
水6,792377
1
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2795
ポリマ－24,0881
非ポリマー1914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2795
ポリマ－24,0881
非ポリマー1914
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.338, 72.532, 97.433
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3G / APOBEC-related cytidine deaminase / ARCD / APOBEC-related protein / ARP-9 / CEM-15 / CEM15


分子量: 24088.059 Da / 分子数: 2 / 断片: C-Terminal Domain / 変異: L234K, C243A, F310K, C321A, C356A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3G, MDS019 / プラスミド: PGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus DE3-(RIL)
参照: UniProt: Q9HC16, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 10% PEG 4000, 0.1M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated)
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→58.22 Å / Num. all: 23001 / Num. obs: 23001 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Num. unique all: 2260 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0093精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Highly truncated model based on PDB Entry 3E1U

3e1u


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.639 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20823 1171 5.1 %RANDOM
Rwork0.16569 ---
all0.16783 23001 --
obs0.16783 21796 96.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---1.47 Å20 Å2
3---1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2986 0 8 377 3371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213079
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022036
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1131.9034189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86734898
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4495373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.79123.354161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.00915451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4411520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213519
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5351.51869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1191.5752
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01122981
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.49831210
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3154.51208
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.306 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 85 -
Rwork0.194 1519 -
obs--94.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
115.4668-0.0319-1.06734.29982.48892.2619-0.0581-0.54970.9250.3220.4027-0.3127-0.20370.202-0.34460.2144-0.0307-0.00010.2749-0.09320.255519.96580.40339.3616
21.5528-0.386-0.24581.35650.8240.82120.0279-0.10370.05540.0567-0.04580.14280.01550.03590.0180.1036-0.00260.00260.1238-0.00420.10427.2531-2.89844.7902
35.9161-1.2812-3.05590.7439-0.12443.1187-0.0617-0.2289-0.1064-0.02860.0168-0.04530.030.41750.04490.1622-0.0476-0.00740.1688-0.00670.179625.2022-2.3895-7.1151
411.2005-4.423-1.55283.52633.67133.2047-0.03070.1559-0.7269-0.1510.09010.08890.33830.295-0.05930.36530.02640.07540.28370.04510.301133.8154-12.4225-15.0793
58.7727-0.4831-1.765526.88164.151615.0574-0.154-0.15090.32670.47410.36680.5517-0.3485-0.1218-0.21270.0925-0.0030.0130.2231-0.01880.171533.0378-3.0006-6.3647
62.4037-4.18221.50147.7963-1.32211.81750.00140.04920.1380.05110.0233-0.2968-0.07990.0448-0.02470.1349-0.038-0.00720.1415-0.01240.176820.06435.9842-1.3447
70.194-1.014-0.05054.2606-2.95064.19930.06110.0412-0.1788-0.12490.05240.75620.1324-0.2449-0.11350.20350.01620.02210.2104-0.01530.27479.293519.9412-4.6246
83.90820.4839-0.50240.4066-0.01642.8436-0.05970.14160.0798-0.2631-0.0299-0.0436-0.05880.02820.08960.1521-0.01910.01740.13930.00960.161718.08658.0396-9.4146
94.5656-0.45156.256618.16235.21284.77450.01950.03490.37810.1438-0.13540.19770.01770.13650.11590.1515-0.02480.07860.1929-0.03420.191129.35526.7616-12.3746
104.45721.7443-2.90021.0984-1.91534.29170.020.05040.0505-0.1678-0.0571-0.02210.21470.12440.03710.16060.00290.02660.1890.01090.14430.6742-2.6899-17.4746
111.64650.05171.65081.25890.0462.728-0.00830.27490.0574-0.0831-0.0156-0.11880.03720.02610.0240.1442-0.00190.02110.12450.00540.154511.53340.3135-8.1128
127.57572.53-6.10579.11684.29297.37370.16580.43670.4963-0.215-0.07660.4555-0.4533-0.315-0.08920.2339-0.0269-0.04630.24340.06720.11313.79314.2063-18.171
1315.451-2.79360.35370.3163-1.7789.9084-0.12260.4465-0.0365-0.1369-0.06530.07710.0618-0.1750.18780.24380.0007-0.01560.19170.03160.144221.94411.4649-21.8692
142.24491.0981-0.45340.9179-0.39781.1050.01580.27080.0087-0.15190.0008-0.00840.0217-0.0984-0.01660.12630.03750.00880.14250.00150.102715.4006-4.0518-9.9806
156.041-2.0365-2.42351.96451.04643.90370.03080.1335-0.0276-0.06610.0225-0.0014-0.0384-0.0061-0.05330.0967-0.0305-0.00660.1019-0.00240.04856.499-2.5561-16.1794
162.1722-0.33330.33121.5938-0.07870.08220.0183-0.07880.06110.06720.0012-0.21230.0820.1236-0.01950.11040.0254-0.00780.147-0.01530.127220.2053-9.27611.8181
1714.02324.41873.04641.59290.75060.66670.0107-0.36340.44990.3765-0.20130.2407-0.09110.01490.19050.3559-0.0162-0.01420.3095-0.01160.211322.5931-10.000912.2067
183.49751.76744.63574.5591-0.9068.5202-0.102-0.564-0.05520.4107-0.02360.19490.1139-0.33820.12560.19540.05380.04550.19570.02770.15748.9047-13.80545.6848
193.97212.11981.73182.996-0.70498.0093-0.0503-0.0626-0.18190.16890.1250.3296-0.0032-0.3745-0.07460.10960.0148-0.00580.09830.00790.1485.7769-13.2515-6.2393
2013.1944-6.5550.207722.6487-1.303616.21770.19080.4266-0.7222-1.18410.1670.760.5598-0.0894-0.35770.2048-0.0353-0.10340.23840.01190.22844.2326-12.1087-15.7162
219.4713-2.3665-0.05530.85941.20463.0851-0.4954-0.4539-0.88010.30820.24180.08920.1938-0.03530.25350.2647-0.0457-0.00770.26320.0090.289213.9966-37.29397.8016
224.045-2.39131.8224.1302-0.27060.4639-0.0453-0.18630.1814-0.00860.0266-0.2869-0.0508-0.1340.01870.14560.01720.02520.16440.00010.167520.7536-33.69814.2241
235.0937-1.6721.1583.54130.7629-0.2031-0.08250.09170.52390.2113-0.0586-0.3858-0.00290.04440.14110.1537-0.00070.00890.24210.04080.199532.0125-30.41752.6916
246.13320.22197.64045.11043.94298.80970.2397-0.1395-0.4780.27470.20810.05950.4834-0.0268-0.44780.2069-0.02450.0180.1980.02950.146426.0411-40.84981.5206
256.37-1.7634.36261.5286-0.4126.3441-0.21160.0340.19450.1085-0.08830.1083-0.0891-0.12960.29980.0451-0.04370.01140.0803-0.00230.10628.9323-35.2688-8.6575
267.30790.83933.74144.16971.27237.08720.10490.32550.6084-0.4468-0.16390.2684-0.5201-0.45440.05890.20250.0424-0.01950.28080.04280.2452-0.1683-26.2457-18.8232
273.78950.40040.696623.6714-9.35845.44730.0677-0.37560.05350.3535-0.3595-0.3229-0.1333-0.1880.29190.08510.0294-0.00370.287-0.00730.12760.537-34.1404-9.0778
280.28680.3370.46072.9395-0.47381.12750.0280.0742-0.0475-0.0031-0.0145-0.17050.10970.0897-0.01350.1034-0.02540.00240.0931-0.00090.103220.2289-50.3249-5.1106
291.7551-1.43861.35710.8601-0.8241.3710.0534-0.0225-0.3344-0.10640.05090.19230.0345-0.2181-0.10440.1533-0.0266-0.03190.2148-0.01910.18736.4728-44.2138-14.7386
301.71912.82043.68594.07934.07068.9779-0.02250.00050.2283-0.1362-0.11630.3561-0.0026-0.01740.13880.15830.02590.02960.2123-0.01380.17796.669-34.0172-16.0616
312.3273-1.4055-0.89154.58534.003711.1106-0.02410.1134-0.1673-0.00610.00530.0440.0049-0.03020.01880.0897-0.02610.01330.07820.00410.114324.9636-38.9045-9.6628
329.3471-1.35545.36088.2242-5.345610.75810.09570.3137-0.5077-0.2065-0.2188-0.17180.34610.11550.12310.096-0.01280.01430.1166-0.0440.073320.4741-42.7966-18.3451
331.85470.13850.92930.53880.38871.115-0.01470.2261-0.0472-0.1071-0.040.0203-0.0397-0.02130.05470.1250.00780.00780.1426-0.00680.115117.687-36.0288-14.8954
348.5417-3.49435.30393.8717-5.52337.75770.07470.1959-0.3504-0.0620.18760.08780.21070.0594-0.26230.13620.01960.00540.1797-0.04760.122933.5082-38.2498-15.4841
350.8695-0.1356-1.00320.23820.33422.61540.03420.1348-0.0255-0.0814-0.03650.0367-0.0554-0.10180.00230.0970.0143-0.00040.1320.00890.082321.188-30.3117-14.2312
368.02860.4348-2.062.55750.51136.3321-0.02870.4995-0.13750.00950.00960.3777-0.1648-0.41090.01910.09130.03620.0070.107-0.00210.14612.3559-27.33740.9079
374.7982.6541-2.70193.6126-1.12521.67390.2723-0.40390.15640.3144-0.20560.2491-0.11830.0361-0.06670.20850.03480.01210.23810.00850.163412.9305-28.33956.8462
3814.4779-0.5744-5.43470.90493.96098.73350.1636-0.24060.4480.05750.073-0.1512-0.11480.0136-0.23660.17710.0291-0.03590.0962-0.02310.199425.4458-21.4931-0.4147
398.99262.81630.81692.79012.71646.2596-0.0702-0.18880.17810.03950.123-0.0794-0.16490.3175-0.05280.11750.01-0.01410.12720.0190.145828.7621-24.1818-8.9555
407.36942.94493.419213.9155-4.02872.2891-0.28810.95580.3351-0.32410.1613-0.1459-0.03090.20550.12680.24570.0093-0.01010.297-0.01110.134129.8871-26.376-17.9444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A196 - 201
2X-RAY DIFFRACTION2A202 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3A217 - 228
4X-RAY DIFFRACTION4A229 - 233
5X-RAY DIFFRACTION5A234 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6A239 - 245
7X-RAY DIFFRACTION7A246 - 255
8X-RAY DIFFRACTION8A256 - 265
9X-RAY DIFFRACTION9A266 - 270
10X-RAY DIFFRACTION10A271 - 280
11X-RAY DIFFRACTION11A281 - 291
12X-RAY DIFFRACTION12A292 - 297
13X-RAY DIFFRACTION13A298 - 303
14X-RAY DIFFRACTION14A304 - 315
15X-RAY DIFFRACTION15A316 - 334
16X-RAY DIFFRACTION16A335 - 353
17X-RAY DIFFRACTION17A354 - 359
18X-RAY DIFFRACTION18A360 - 367
19X-RAY DIFFRACTION19A368 - 375
20X-RAY DIFFRACTION20A376 - 381
21X-RAY DIFFRACTION21B196 - 201
22X-RAY DIFFRACTION22B202 - 207
23X-RAY DIFFRACTION23B208 - 213
24X-RAY DIFFRACTION24B214 - 218
25X-RAY DIFFRACTION25B219 - 227
26X-RAY DIFFRACTION26B228 - 232
27X-RAY DIFFRACTION27B233 - 238
28X-RAY DIFFRACTION28B239 - 261
29X-RAY DIFFRACTION29B262 - 273
30X-RAY DIFFRACTION30B274 - 282
31X-RAY DIFFRACTION31B283 - 290
32X-RAY DIFFRACTION32B291 - 297
33X-RAY DIFFRACTION33B298 - 316
34X-RAY DIFFRACTION34B317 - 323
35X-RAY DIFFRACTION35B324 - 341
36X-RAY DIFFRACTION36B342 - 348
37X-RAY DIFFRACTION37B349 - 363
38X-RAY DIFFRACTION38B364 - 368
39X-RAY DIFFRACTION39B369 - 375
40X-RAY DIFFRACTION40B376 - 381

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る