PDB-3iq1: Crystal structure of DPS protein from Vibrio cholerae O1, a membe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3iq1

タイトル

Crystal structure of DPS protein from Vibrio cholerae O1, a member of a broad superfamily of ferritin-like diiron-carboxylate proteins

要素

DPS family protein

キーワード

METAL TRANSPORT / CSGID / DPS family protein / SAD / NIAID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Nocek, B. / Peterson, S. / Gu, M. / Otwinowski, Z. / Anderson, W. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of DPS protein from Vibrio cholerae O1, a member of a broad superfamily of ferritin-like diiron-carboxylate proteins
著者: Nocek, B. / Peterson, S. / Gu, M. / Otwinowski, Z. / Anderson, W. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3iq1.ent.gz	132.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3iq1_full_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示
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CIF形式データ	3iq1_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/3iq1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1jig
類似構造データ	1n1q-2 2clb-2 2qqy-1 4cya-1 2pyb-1 1uvh-1 2chp-1 2clb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01318

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DPS family protein

B: DPS family protein

C: DPS family protein

D: DPS family protein

ヘテロ分子

73.9 kDa, 4 ポリマー
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1

A: DPS family protein

B: DPS family protein

C: DPS family protein

D: DPS family protein

ヘテロ分子

A: DPS family protein

B: DPS family protein

C: DPS family protein

D: DPS family protein

ヘテロ分子

A: DPS family protein

B: DPS family protein

C: DPS family protein

D: DPS family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
222 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.816, 93.816, 225.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-461- HOH

#1: タンパク質	DPS family protein 分子量: 18445.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: VC_0139 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21magic / 参照: UniProt: Q9KVK4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.49 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.4 M Sodium malonate, 0.1 Bis-Tris propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月2日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→35 Å / Num. all: 86105 / Num. obs: 85102 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 28 Å² / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 3815 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
SHELX		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0054	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.67→35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 3.133 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.17381	4268	5 %	RANDOM
R_work	0.13936	-	-	-
all	0.143	85080	-	-
obs	0.14104	80802	98.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.715 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.11 Å²	0 Å²
2-	-	0.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5073	0	4	777	5854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	5331
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.949	7234
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.967	3	8705
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.492	5	679
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.203	25.362	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.525	15	988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.567	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.1	0.2	796
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6024
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1064
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.858	1.5	3209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.309	1.5	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.507	2	5147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.755	3	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.341	4.5	2063
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.67→1.71 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	285	-
R_work	0.204	5642	-
obs	-	-	93.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2898	-0.2625	-0.2402	0.202	1.0235	5.8658	0.1059	0.0182	0.2036	-0.0413	0.0383	-0.0224	-0.1131	0.3476	-0.1442	0.0515	-0.0076	0.0139	0.0888	-0.0104	0.1009	87.4929	39.8579	252.0368
2	1.1623	1.9072	-1.9238	3.5756	-2.2979	4.8543	0.0451	-0.0615	-0.0938	0.1085	0.006	-0.2481	0.0007	0.2874	-0.0511	0.0208	-0.0085	-0.0081	0.1085	-0.0274	0.0985	86.5116	37.2067	262.6585
3	3.385	1.4082	-1.7721	2.1981	-0.7948	1.9775	-0.0477	0.1014	-0.1482	0.1187	-0.0274	-0.1157	0.0137	0.0183	0.0751	0.0575	0.0014	-0.013	0.0674	-0.0065	0.0716	74.4533	26.9922	269.838
4	3.0854	0.6867	-0.044	0.3674	0.3271	0.5371	-0.0217	-0.0848	-0.0632	0.0407	-0.0156	0.0069	0.0569	0.029	0.0372	0.0864	-0.0018	0.0115	0.062	0.0124	0.0839	61.7128	19.153	276.217
5	6.4822	3.5932	-3.3903	4.4328	-2.9578	2.7534	0.1319	0.0284	0.0335	0.1705	-0.0442	0.1547	-0.1467	-0.0869	-0.0877	0.0598	-0.0144	-0.0053	0.0777	-0.0014	0.0568	53.4592	22.9706	275.6655
6	6.9541	3.1535	-0.6928	2.0957	-1.4786	3.3581	-0.2207	0.2822	-0.1041	-0.0476	0.17	-0.0073	-0.0962	-0.0479	0.0507	0.076	-0.0275	-0.0145	0.0886	-0.0057	0.0502	64.0516	27.5272	265.8758
7	6.297	2.3253	-4.4915	4.6741	-5.6566	9.8701	-0.0725	0.1851	-0.0629	-0.1074	0.0665	0.0824	0.0019	-0.51	0.006	0.0936	-0.0263	-0.0076	0.0877	-0.0105	0.0585	73.4685	29.4591	259.6178
8	1.4582	0.3639	0.8524	4.8368	-1.7343	1.4972	-0.009	0.0056	0.0309	-0.0223	0.0121	-0.2733	0.0836	0.1013	-0.0032	0.0989	0.0212	-0.0284	0.1074	-0.0443	0.1236	82.3965	30.3495	258.0289
9	1.9164	0.888	0.5962	0.6896	1.1894	3.3482	-0.0278	-0.0381	-0.0433	0.03	0.0025	-0.0499	0.0768	0.0055	0.0252	0.0673	0.0111	-0.0381	0.0749	-0.016	0.1215	80.3727	19.9743	268.2382
10	5.3431	1.5922	-2.2559	2.0311	-0.5696	1.6846	-0.015	-0.2862	-0.0139	0.2262	-0.003	-0.063	-0.0216	0.1487	0.0179	0.0879	0.0019	-0.0484	0.0727	0.0007	0.0325	72.1839	22.6968	279.8954
11	3.3995	1.7347	-1.0526	1.1084	-0.6667	2.4793	0.1046	-0.047	0.0335	0.1764	-0.0558	0.0307	-0.1746	-0.029	-0.0487	0.1155	0.0027	-0.0052	0.073	0.0082	0.0458	65.6586	31.1434	280.1463
12	3.7545	0.5205	-0.0314	1.4114	1.6093	1.9993	0.1145	-0.0491	-0.0473	0.1927	0.0371	-0.1811	0.1483	0.0164	-0.1516	0.1239	0.0093	-0.0619	0.099	-0.0049	0.0973	75.1327	39.224	272.4936
13	7.662	3.2719	-7.8379	8.5627	-1.2113	8.6571	0.351	-0.2079	0.2387	0.1876	0.0177	-0.2084	-0.3798	0.2573	-0.3687	0.0788	-0.0383	-0.0008	0.0824	-0.0189	0.0997	81.0397	45.2462	265.8512
14	1.046	-0.232	-1.4783	0.214	0.1024	2.4208	0.0096	0.0324	0.0046	0.0236	0.0095	-0.0163	-0.065	-0.0532	-0.0191	0.0709	-0.0079	-0.0043	0.0785	-0.0086	0.0733	70.7406	41.0947	264.2702
15	4.0062	2.4384	-2.563	5.9028	-2.1184	4.1547	0.0296	-0.2016	0.0997	0.1333	0.0498	0.1081	-0.174	-0.0016	-0.0794	0.0771	0.0133	-0.0061	0.0686	-0.0038	0.029	57.6688	36.4631	279.8003
16	2.2738	-2.8045	1.2117	3.5028	-1.4623	0.6719	-0.1224	-0.0477	0.1526	0.1401	0.0446	-0.1982	-0.0983	-0.0342	0.0778	0.1422	0.01	0.0183	0.0924	0.0259	0.0847	39.4408	53.0088	210.1681
17	3.7628	1.9629	1.8941	3.4039	-0.6714	2.7402	-0.0926	0.2054	0.1289	-0.1396	0.1167	0.0583	0.0214	0.0205	-0.0241	0.0931	0.0096	0.0012	0.0754	0.0263	0.0523	38.9309	44.4403	208.7753
18	5.7485	1.4188	-1.5107	2.3274	-1.8605	1.9392	0.0444	0.2975	-0.0129	-0.0658	0.0352	0.0565	-0.1218	-0.1681	-0.0797	0.0933	0.0171	0.0032	0.0981	0.0132	0.0581	30.4397	38.0962	211.5428
19	1.6346	0.798	-1.2879	1.5876	-1.9035	2.4814	-0.0084	0.0346	0.021	0.1618	0.0436	0.085	-0.1327	-0.0345	-0.0352	0.0729	0.0054	0.0113	0.0626	-0.007	0.0585	22.8691	28.6248	226.3177
20	2.2411	1.1562	-0.6486	2.1498	-1.704	2.6784	-0.0507	-0.0019	-0.1827	-0.0192	0.0742	0.1091	0.152	-0.0482	-0.0235	0.0845	-0.0107	0.0172	0.0746	-0.0052	0.0537	18.7034	15.8735	237.8386
21	2.2084	1.7038	-2.0856	3.8078	-2.3633	3.2795	-0.0242	0.028	-0.1361	0.2022	0.1028	-0.0959	-0.119	0.0695	-0.0786	0.0697	-0.0071	-0.0043	0.0838	-0.0006	0.0625	27.3105	22.3668	233.3969
22	3.1413	1.0329	1.6772	10.7761	-2.4989	2.5053	0.0201	-0.2963	0.0696	0.2849	-0.0123	-0.0466	-0.0576	0.0503	-0.0078	0.1054	-0.011	-0.008	0.2027	-0.0175	0.0617	33.1147	33.0088	227.1632
23	5.4239	0.1176	-0.9517	0.8671	0.1676	1.5171	0.071	-0.157	0.2889	-0.0706	-0.1306	0.073	-0.0739	-0.0599	0.0596	0.0682	-0.0167	0.0012	0.0912	-0.029	0.0752	33.4773	42.1803	219.3233
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43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	119 - 128
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	129 - 145
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	146 - 156
46	X-RAY DIFFRACTION	46	D	-2 - 5
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	6 - 14
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	15 - 34
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	35 - 42
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	43 - 48
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	49 - 60
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	61 - 66
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	67 - 77
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	78 - 86
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	87 - 98
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	99 - 113
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	114 - 125
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	126 - 132
59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	133 - 148
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	149 - 156

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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