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- PDB-3io7: 2-Aminopyrazolo[1,5-a]pyrimidines as potent and selective inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3io7
タイトル2-Aminopyrazolo[1,5-a]pyrimidines as potent and selective inhibitors of JAK2
要素Tyrosine-protein kinase JAK2
キーワードTRANSFERASE / kinase / inhibitor / jak2 / janus kinase / ATP-binding / Chromosomal rearrangement / Disease mutation / Membrane / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Polymorphism / Proto-oncogene / SH2 domain / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex ...interleukin-35-mediated signaling pathway / nuclear receptor-mediated mineralocorticoid signaling pathway / positive regulation of growth factor dependent skeletal muscle satellite cell proliferation / histone H3Y41 kinase activity / symbiont-induced defense-related programmed cell death / mammary gland epithelium development / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / positive regulation of growth hormone receptor signaling pathway / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / thrombopoietin-mediated signaling pathway / Signaling by Erythropoietin / collagen-activated signaling pathway / interleukin-12 receptor binding / Erythropoietin activates STAT5 / interleukin-5-mediated signaling pathway / interleukin-23-mediated signaling pathway / activation of Janus kinase activity / response to interleukin-12 / Erythropoietin activates Phospholipase C gamma (PLCG) / Interleukin-23 signaling / positive regulation of leukocyte proliferation / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / type 1 angiotensin receptor binding / positive regulation of NK T cell proliferation / post-embryonic hemopoiesis / erythropoietin-mediated signaling pathway / Interleukin-12 signaling / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / acetylcholine receptor binding / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of platelet activation / growth hormone receptor binding / regulation of nitric oxide biosynthetic process / cellular response to interleukin-3 / interleukin-3-mediated signaling pathway / positive regulation of platelet aggregation / Signaling by Leptin / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of cell-substrate adhesion / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / axon regeneration / extrinsic component of plasma membrane / response to hydroperoxide / Interleukin-20 family signaling / growth hormone receptor signaling pathway / Interleukin-6 signaling / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of cell-cell adhesion / peptide hormone receptor binding / IFNG signaling activates MAPKs / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / MAPK3 (ERK1) activation / interleukin-6-mediated signaling pathway / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / MAPK1 (ERK2) activation / Prolactin receptor signaling / response to amine / positive regulation of interleukin-17 production / signaling receptor activator activity / mesoderm development / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / insulin receptor substrate binding / response to tumor necrosis factor / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / positive regulation of SMAD protein signal transduction / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / type II interferon-mediated signaling pathway / Interleukin receptor SHC signaling / phosphatidylinositol 3-kinase binding / Regulation of IFNG signaling / Growth hormone receptor signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / Erythropoietin activates RAS / positive regulation of T cell proliferation / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / actin filament polymerization / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / post-translational protein modification / cellular response to dexamethasone stimulus / SH2 domain binding / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Signaling by phosphorylated juxtamembrane, extracellular and kinase domain KIT mutants / erythrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of apoptotic signaling pathway / endosome lumen / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak2 / Janus kinase 2, pseudokinase domain / Janus kinase 2, catalytic domain / Tyrosine-protein kinase JAK2, SH2 domain / JAK2, FERM domain C-lobe / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / SH2 domain / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / PH-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1P5 / Tyrosine-protein kinase JAK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Zuccola, H.J. / Ledeboer, M.W. / Pierce, A.C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: 2-Aminopyrazolo[1,5-a]pyrimidines as potent and selective inhibitors of JAK2.
著者: Ledeboer, M.W. / Pierce, A.C. / Duffy, J.P. / Gao, H. / Messersmith, D. / Salituro, F.G. / Nanthakumar, S. / Come, J. / Zuccola, H.J. / Swenson, L. / Shlyakter, D. / Mahajan, S. / Hoock, T. / ...著者: Ledeboer, M.W. / Pierce, A.C. / Duffy, J.P. / Gao, H. / Messersmith, D. / Salituro, F.G. / Nanthakumar, S. / Come, J. / Zuccola, H.J. / Swenson, L. / Shlyakter, D. / Mahajan, S. / Hoock, T. / Fan, B. / Tsai, W.J. / Kolaczkowski, E. / Carrier, S. / Hogan, J.K. / Zessis, R. / Pazhanisamy, S. / Bennani, Y.L.
履歴
登録2009年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_src_syn / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase JAK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1772
ポリマ－36,7831
非ポリマー3941
水64936
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.922, 101.752, 67.194
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase JAK2 / Janus kinase 2 / JAK-2


分子量: 36782.809 Da / 分子数: 1 / 断片: Jak kinase domain(UNP residue 842-1132) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: JAK2 / プラスミド: pBEV1 / 発現宿主: Baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): Sf9
参照: UniProt: O60674, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-1P5 / (3S)-1-[6-(2-aminopyrazolo[1,5-a]pyrimidin-3-yl)pyrimidin-4-yl]-N,N-diethylpiperidine-3-carboxamide


分子量: 394.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N8O / 詳細: chemical synthesis
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 2.1 - 1.5 D-L malic acid, pH no buffer added, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
PH範囲: no buffer added

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 10222 / Num. obs: 9424 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 0.78 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.6-2.693.20.3167960.68579.4
2.69-2.83.70.3078480.71786.1
2.8-2.933.80.2719500.7593.6
2.93-3.083.80.2089480.76495.7
3.08-3.283.80.1459850.78796.3
3.28-3.533.80.0979610.82595.8
3.53-3.883.80.0689790.82495
3.88-4.453.80.059760.83194.8
4.45-5.63.80.0469710.79793.8
5.6-1003.60.03810100.77391.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BOSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.6→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.849 / WRfactor Rfree: 0.253 / WRfactor Rwork: 0.177 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.784 / SU B: 12.843 / SU ML: 0.281 / SU Rfree: 0.427 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.427 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 710 7.6 %RANDOM
Rwork0.199 ---
all0.206 ---
obs0.206 9384 91.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.37 Å2 / Biso mean: 28.757 Å2 / Biso min: 2.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2 Å20 Å20 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----0.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 29 36 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0222444
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9883293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0345281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.74124.113124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.66315459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7811518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21011
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.21619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.51462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12622292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.30631122
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1264.51001
LS精密化 シェル解像度: 2.596→2.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 41 -
Rwork0.249 481 -
all-522 -
obs--71.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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