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- PDB-3il0: The crystal structure of the aminopeptidase P,XAA-pro aminopeptid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3il0
タイトルThe crystal structure of the aminopeptidase P,XAA-pro aminopeptidase from Streptococcus thermophilus
要素Aminopeptidase P; XAA-pro aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / aminopeptidase P / XAA-pro aminopeptidase / Structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Aminopeptidase / Manganese / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


aminopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 ...: / Creatinase, N-terminal / Creatinase/Prolidase N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aminopeptidase P XAA-pro aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, R. / Hatzos, C. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the aminopeptidase P,XAA-pro aminopeptidase from Streptococcus thermophilus
著者: Zhang, R. / Hatzos, C. / Cobb, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase P; XAA-pro aminopeptidase
B: Aminopeptidase P; XAA-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5954
ポリマ－30,4112
非ポリマー1842
水1,15364
1
A: Aminopeptidase P; XAA-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2972
ポリマ－15,2051
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aminopeptidase P; XAA-pro aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2972
ポリマ－15,2051
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.303, 80.396, 100.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aminopeptidase P; XAA-pro aminopeptidase


分子量: 15205.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
株: LMG 18311 / 遺伝子: GI:55737699, pepP, stu1742 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5M2R3
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 289 K
詳細: 0.2M Calcium acetate hydrate, 20% w/v PEG 3350, 25% glycerol, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→62.87 Å / Num. all: 17595 / Num. obs: 17521 / % possible obs: 99.58 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 1.89 / Num. unique all: 1345 / % possible all: 99.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0054精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→62.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 11.671 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.187
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23688 947 5.1 %RANDOM
Rwork0.20132 ---
obs0.20314 17521 99.58 %-
all-0 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å20 Å2
2--1.4 Å20 Å2
3----1.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→62.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2096 0 12 64 2172
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0222145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9291.9512895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04133520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5265254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47124.286112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.53815377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3921514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02468
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2281.51270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2791.5518
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.30522053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2843875
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3224.5842
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 77 -
Rwork0.276 1263 -
obs-1340 99.63 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.884 Å / Origin y: 11.143 Å / Origin z: 12.337 Å
111213212223313233
T0.1434 Å2-0.0337 Å2-0.0105 Å2-0.2613 Å20.0236 Å2--0.0327 Å2
L1.2226 °2-0.8907 °2-0.1072 °2-1.5854 °2-0.2916 °2--0.5442 °2
S0.0262 Å °-0.2063 Å °-0.1428 Å °0.0147 Å °-0.0441 Å °0.1509 Å °0.0568 Å °-0.0134 Å °0.0179 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 30
2X-RAY DIFFRACTION1A31 - 60
3X-RAY DIFFRACTION1A61 - 90
4X-RAY DIFFRACTION1A91 - 110
5X-RAY DIFFRACTION1A111 - 126
6X-RAY DIFFRACTION1B-1 - 30
7X-RAY DIFFRACTION1B31 - 60
8X-RAY DIFFRACTION1B61 - 90
9X-RAY DIFFRACTION1B91 - 110
10X-RAY DIFFRACTION1B111 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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