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- PDB-3ij4: Cesium sites in the crystal structure of a functional acid sensin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ij4
タイトルCesium sites in the crystal structure of a functional acid sensing ion channel in the desensitized state
要素Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ACID-SENSING / FUNCTIONAL / ION CHANNEL / TRIMER / MEMBRANE PROTEIN / SODIUM CHANNEL / Cell membrane / Glycoprotein / Ion transport / Ionic channel / Membrane / Sodium / Sodium transport / Transmembrane / Transport / cesium / anomalous
機能・相同性
機能・相同性情報


pH-gated monoatomic ion channel activity / Stimuli-sensing channels / ligand-gated sodium channel activity / cellular response to pH / protein homotrimerization / sodium ion transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel ...Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Helix Hairpins / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gonzales, E.B. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Pore architecture and ion sites in acid-sensing ion channels and P2X receptors.
著者: Gonzales, E.B. / Kawate, T. / Gouaux, E.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6596
ポリマ－53,0921
非ポリマー5675
水97354
1
A: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
ヘテロ分子

A: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
ヘテロ分子

A: Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,97818
ポリマ－159,2773
非ポリマー1,70115
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17130 Å2
ΔGint-402 kcal/mol
Surface area49520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.787, 131.787, 119.107
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-469-

CS

21A-470-

CS

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要素

#1: タンパク質 Amiloride-sensitive cation channel 2, neuronal / Acid-sensing ion channel 1


分子量: 53092.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ACCN2, ASIC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q1XA76
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 150-350 mM NaCl, 100 mM HEPES, 23-28% PEG 400, 10 mM taurine, soaked in 250 mM CsCl cryo solution, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.3776 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月23日
詳細: vertically collimating premirror, LN2 cooled double-crystal silicon (111) monochromator, toroidal focusing M2 mirror
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→80 Å / Num. obs: 15430 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.095
反射 シェル解像度: 3→3.077 Å / Rmerge(I) obs: 0.084 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→27.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.723 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.952 / ESU R Free: 0.391
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 794 5.1 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.225 14636 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.48 Å2 / Biso mean: 51.848 Å2 / Biso min: 25.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→27.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3190 0 5 54 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223273
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1631.9644449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4065405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67424.872156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18615529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.9081513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1290.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1610.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1870.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4071.52077
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74223250
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.56231365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.954.51199
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 66 -
Rwork0.303 1086 -
all-1152 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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