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万見
- PDB-3iis: Structure of the reconstituted Peridinin-Chlorophyll a-Protein (RFPCP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iis
タイトルStructure of the reconstituted Peridinin-Chlorophyll a-Protein (RFPCP)
要素Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
キーワードPHOTOSYNTHESIS / ALPHA HELICAL / LIGHT HARVESTING PROTEIN / CAROTENOIDS / DINOFLAGELLATES / Chlorophyll / Chloroplast / Chromophore / Light-harvesting polypeptide / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


light-harvesting complex / chlorophyll binding / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Peridinin-chlorophyll Protein, Chain M / Peridinin-chlorophyll A binding / Alpha solenoid / Peridinin-chlorophyll A binding protein / Peridinin-chlorophyll A binding superfamily / Peridinin-chlorophyll A binding protein / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CHLOROPHYLL A / Chem-J7Z / : / PERIDININ / Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Amphidinium carterae (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schulte, T. / Hofmann, E.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Identification of a single peridinin sensing Chl-a excitation in reconstituted PCP by crystallography and spectroscopy.
著者: Schulte, T. / Niedzwiedzki, D.M. / Birge, R.R. / Hiller, R.G. / Polivka, T. / Hofmann, E. / Frank, H.A.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,07219
ポリマ－15,9541
非ポリマー5,11818
水5,152286
1
M: Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
ヘテロ分子

M: Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,14538
ポリマ－31,9082
非ポリマー10,23636
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area20780 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area12860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.690, 81.623, 75.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11M-283-

HOH

21M-356-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 M

#1: タンパク質 Peridinin-chlorophyll a-binding protein 1, chloroplastic / PCP


分子量: 15954.204 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 57-207 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amphidinium carterae (真核生物) / 遺伝子: PCP / プラスミド: pND707 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P80484

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非ポリマー , 7種, 304分子

#2: 化合物 ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#3: 化合物
ChemComp-PID / PERIDININ


分子量: 630.810 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7
#4: 化合物 ChemComp-J7Z / (2S)-3-[(6-O-alpha-D-galactopyranosyl-beta-D-galactopyranosyl)oxy]-2-[(3Z,6Z,9Z,12Z,15Z)-octadeca-3,6,9,12,15-pentaenoyloxy]propyl (5Z,8Z,11Z,14Z,17Z)-icosa-5,8,11,14,17-pentaenoate


分子量: 957.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O15
#5: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE CONFLICTS TO UNIPROT REFERENCE AT RESIDUE 87 AND 128 ARE DUE TO HETEROLOGOUS EXPRESSION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M CdCl2, 0,1M Sodium Acetate pH 4.6, 20-24% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9797 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→35.9 Å / Num. all: 40040 / Num. obs: 40040 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 15.5 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 14.07
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.04 / Num. unique all: 7115 / Rsym value: 0.433 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PPR, N-Domain of M monomer

1ppr


解像度: 1.4→35.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 0.897 / SU ML: 0.036 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18725 2002 5 %RANDOM
Rwork0.15181 ---
all0.15353 40040 --
obs0.15353 40040 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→35.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1120 0 329 286 1735
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3392.2352347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.1665183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.91726.73549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.15415241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.009152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2630.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0211286
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7921.5837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35121351
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1313838
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1164.5967
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 142 -
Rwork0.223 2703 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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