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- PDB-3ihl: Human CTPS2 crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ihl
タイトルHuman CTPS2 crystal structure
要素CTP synthase 2
キーワードLIGASE / Domain swapping / Structural Genomics / SGC Stockholm / Structural Genomics Consortium / SGC / ATP-binding / Glutamine amidotransferase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Pyrimidine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / cytoophidium / pyrimidine nucleotide metabolic process / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding ...CTP synthase (glutamine hydrolysing) / CTP synthase activity / cytoophidium / pyrimidine nucleotide metabolic process / 'de novo' CTP biosynthetic process / pyrimidine nucleobase biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / CTP biosynthetic process / glutamine metabolic process / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold ...CTP synthase / CTP synthase, N-terminal / CTP synthase GATase domain / CTP synthase N-terminus / Glutamine amidotransferase class-I / Glutamine amidotransferase / Glutamine amidotransferase type 1 domain profile. / Class I glutamine amidotransferase-like / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / CTP synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Moche, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Moche, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Kragh Nielsen, T. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Human CTPS2 crystal structure
著者: Moche, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, ...著者: Moche, M. / Siponen, M.I. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Kotzsch, A. / Kragh Nielsen, T. / Nyman, T. / Persson, C. / Roos, A.K. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Thorsell, A.G. / Tresaugues, L. / Van Den Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CTP synthase 2
B: CTP synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0116
ポリマ－62,9662
非ポリマー1,0444
水77543
1
A: CTP synthase 2
B: CTP synthase 2
ヘテロ分子

A: CTP synthase 2
B: CTP synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,02112
ポリマ－125,9334
非ポリマー2,0898
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area10830 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area38350 Å2
手法PISA
2
A: CTP synthase 2
ヘテロ分子

B: CTP synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0116
ポリマ－62,9662
非ポリマー1,0444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area1650 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
3
A: CTP synthase 2
ヘテロ分子

A: CTP synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0116
ポリマ－62,9662
非ポリマー1,0444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area2220 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PISA
4
B: CTP synthase 2
ヘテロ分子

B: CTP synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0116
ポリマ－62,9662
非ポリマー1,0444
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area3840 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.250, 168.250, 132.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 CTP synthase 2 / UTP--ammonia ligase 2 / CTP synthetase 2


分子量: 31483.166 Da / 分子数: 2 / 断片: resideus 1-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTPS2 / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)R3 pRARE
参照: UniProt: Q9NRF8, CTP synthase (glutamine hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8M Succinic acid, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9793
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→48.91 Å / Num. all: 27618 / % possible obs: 5.3 % / Observed criterion σ(F): 4.6 / Observed criterion σ(I): 29.76 / Net I/σ(I): 29.76
反射 シェル解像度: 2.8→3 Å / % possible all: 5.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VO1

2vo1


解像度: 2.8→48.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 18.636 / SU ML: 0.169 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23232 1934 7 %RANDOM
Rwork0.20319 ---
obs0.20527 25682 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.931 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.59 Å20.8 Å20 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----2.39 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.252 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3579 0 64 43 3686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3421.995031
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8536181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9515458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.79824.762147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54915664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7191518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213991
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4361.52294
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.071.5934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8823751
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44731415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.474.51280
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 140 -
Rwork0.259 1851 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8891-0.0184-1.50661.2756-0.53154.6418-0.0167-0.074-0.37670.2419-0.1742-0.05720.41830.32810.19090.1771-0.0580.01590.1172-0.05410.145773.765232.51937.1564
21.109-0.4802-0.2973.10530.19652.44150.03950.0087-0.24990.2485-0.08490.27670.5106-0.19740.04540.3282-0.12230.03210.2209-0.18050.225460.397713.354615.8739
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 273

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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