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- PDB-3igm: A 2.2A crystal structure of the AP2 domain of PF14_0633 from P. f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3igm
タイトルA 2.2A crystal structure of the AP2 domain of PF14_0633 from P. falciparum, bound as a domain-swapped dimer to its cognate DNA
要素
  • 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'
  • PF14_0633 protein
キーワードTranscription/DNA / AP2 domain / Plasmodium falciparum / specific transcription factor / PROTEIN-DNA COMPLEX / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2050 / AP2 domain / AP2/ERF domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / AP2 domain transcription factor AP2-EXP
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lindner, S.E. / De Silva, E. / Keck, J.L. / Llinas, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Determinants of DNA Binding by a P. falciparum ApiAP2 Transcriptional Regulator.
著者: Lindner, S.E. / De Silva, E.K. / Keck, J.L. / Llinas, M.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PF14_0633 protein
W: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'
X: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'
A: PF14_0633 protein
C: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'
D: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3376
ポリマ－27,3376
非ポリマー00
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7720 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.810, 58.821, 177.296
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細BIOLOGICAL ASSEMBLY OF PROTEIN IS DIMER

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要素

#1: タンパク質 PF14_0633 protein


分子量: 8815.056 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-123, AP2 domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GST-tagged derivative of the AP2 domain of PF14_0633. GST removed by thrombin cleavage.
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 遺伝子: FP14_0633, PF14_0633 / プラスミド: pSURE, a pGEX4T-1 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon plus / 参照: UniProt: Q8IKH2
#2: DNA鎖
5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'


分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in P. falciparum. DNA produced for this study was chemically synthesized.
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 0.5M-1.25M 1,6-hexanediol 100mM NaOAc pH 5.1 @295K 10mM CoCl2 10-20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97886 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 11402 / Num. obs: 10478 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 32.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 72.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 15.931 / SU ML: 0.18 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26268 526 4.8 %RANDOM
Rwork0.21448 ---
obs0.21681 10478 91.78 %-
all-10478 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.953 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.84 Å20 Å20 Å2
2---1.48 Å20 Å2
3----1.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 623 0 97 1691
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211695
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3482.3942400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0755116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg21.05221.0249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45815179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1111511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6171.5585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1842927
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.12731110
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8054.51473
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.262 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 27 -
Rwork0.279 581 -
obs--69.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4607-0.2373.50980.54450.01329.68320.17290.0021-0.120.08890.04120.12980.40240.0549-0.21410.0926-0.01180.04170.0398-0.0240.06814.4456-5.615-20.314
21.1839-0.3432.37680.2593-1.5699.8892-0.03280.08870.0878-0.01850.06680.01150.2432-0.2973-0.0340.111-0.04230.01540.0943-0.03380.10399.9642-1.0769-27.3083
32.8765-1.0093-0.66424.83391.80285.30280.04140.17070.1645-0.18230.0789-0.9101-0.13620.6339-0.12040.1512-0.05070.07090.1328-0.02980.262727.6921-1.3296-13.2621
44.7050.5541-0.61242.80980.60063.9339-0.18990.1890.47520.29970.1868-0.0628-0.30090.26160.00310.1029-0.0353-0.02210.0643-0.01440.090413.709212.1749-33.7973
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A62 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2B62 - 117
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 8
4X-RAY DIFFRACTION3D1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION4W1 - 8
6X-RAY DIFFRACTION4X1 - 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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