PDB-3igm: A 2.2A crystal structure of the AP2 domain of PF14_0633 from P. f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3igm

タイトル

A 2.2A crystal structure of the AP2 domain of PF14_0633 from P. falciparum, bound as a domain-swapped dimer to its cognate DNA

要素

5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'
PF14_0633 protein

キーワード

Transcription/DNA / AP2 domain / Plasmodium falciparum / specific transcription factor / PROTEIN-DNA COMPLEX / Transcription-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Lindner, S.E. / De Silva, E. / Keck, J.L. / Llinas, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural Determinants of DNA Binding by a P. falciparum ApiAP2 Transcriptional Regulator.
著者: Lindner, S.E. / De Silva, E.K. / Keck, J.L. / Llinas, M.

履歴

登録	2009年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3igm.cif.gz	53.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3igm.ent.gz	40.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3igm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3igm_validation.pdf.gz	458 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3igm_full_validation.pdf.gz	458.4 KB	表示
XML形式データ	3igm_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	3igm_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ig/3igm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3k10-d 2gen-d 1tk1-d 4lgu-d 1njf-4 1twy-7 6cfv-d 3kxr-d 2v6u-d 2biv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: PF14_0633 protein

W: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'

X: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'

A: PF14_0633 protein

C: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'

D: 5'-D(*TP*GP*CP*AP*TP*GP*CP*A)-3'

27.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.810, 58.821, 177.296
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

詳細

BIOLOGICAL ASSEMBLY OF PROTEIN IS DIMER

#1: タンパク質	PF14_0633 protein 分子量: 8815.056 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 63-123, AP2 domain / 由来タイプ: 組換発現詳細: GST-tagged derivative of the AP2 domain of PF14_0633. GST removed by thrombin cleavage. 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: FP14_0633, PF14_0633 / プラスミド: pSURE, a pGEX4T-1 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Codon plus / 参照: UniProt: Q8IKH2
#2: DNA鎖	5'-D(TPGPCPAPTPGPCPA)-3' 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成詳細: This sequence occurs naturally in P. falciparum. DNA produced for this study was chemically synthesized.
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: 0.5M-1.25M 1,6-hexanediol 100mM NaOAc pH 5.1 @295K 10mM CoCl2 10-20% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97886 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月10日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 11402 / Num. obs: 10478 / % possible obs: 91.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11 % / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 32.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / R_sym value: 0.381 / % possible all: 72.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
MLPHARE		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 15.931 / SU ML: 0.18 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26268	526	4.8 %	RANDOM
R_work	0.21448	-	-	-
obs	0.21681	10478	91.78 %	-
all	-	10478	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.953 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.84 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	971	623	0	97	1691

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.348	2.394	2400
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.075	5	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	21.052	21.02	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.458	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.111	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.617	1.5	585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.184	2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.127	3	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.805	4.5	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.262 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.422	27	-
R_work	0.279	581	-
obs	-	-	69.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4607	-0.237	3.5098	0.5445	0.0132	9.6832	0.1729	0.0021	-0.12	0.0889	0.0412	0.1298	0.4024	0.0549	-0.2141	0.0926	-0.0118	0.0417	0.0398	-0.024	0.068	14.4456	-5.615	-20.314
2	1.1839	-0.343	2.3768	0.2593	-1.569	9.8892	-0.0328	0.0887	0.0878	-0.0185	0.0668	0.0115	0.2432	-0.2973	-0.034	0.111	-0.0423	0.0154	0.0943	-0.0338	0.1039	9.9642	-1.0769	-27.3083
3	2.8765	-1.0093	-0.6642	4.8339	1.8028	5.3028	0.0414	0.1707	0.1645	-0.1823	0.0789	-0.9101	-0.1362	0.6339	-0.1204	0.1512	-0.0507	0.0709	0.1328	-0.0298	0.2627	27.6921	-1.3296	-13.2621
4	4.705	0.5541	-0.6124	2.8098	0.6006	3.9339	-0.1899	0.189	0.4752	0.2997	0.1868	-0.0628	-0.3009	0.2616	0.0031	0.1029	-0.0353	-0.0221	0.0643	-0.0144	0.0904	13.7092	12.1749	-33.7973

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	62 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	62 - 117
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 8
4	X-RAY DIFFRACTION	3	D	1 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	4	W	1 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	4	X	1 - 8

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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