ソフトウェア 名称 バージョン 分類 CBASSデータ収集 PHASES位相決定 REFMAC5.2.0019精密化 HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 395D解像度 : 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.973 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.938 / SU B : 10.502 / SU ML : 0.152 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model : Isotropic / 交差検証法 : THROUGHOUT / ESU R : 0.119 / ESU R Free : 0.137 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.27831 294 4.5 % RANDOM Rwork 0.20226 - - - all 0.20609 6208 - - obs 0.20609 6208 98.62 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 48.071 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.45 Å2 -0.23 Å2 0 Å2 2- - -0.45 Å2 0 Å2 3- - - 0.68 Å2
Refine analyze Free Obs Luzzati coordinate error 0.137 Å 0.119 Å Luzzati sigma a - 0.152 Å
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 1.75→30 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 408 3 59 470
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.011 0.021 456 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.964 3 700 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.094 0.2 80 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.01 0.02 210 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.171 0.2 151 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.284 0.2 279 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.183 0.2 44 X-RAY DIFFRACTION r_metal_ion_refined0.063 0.2 2 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.143 0.2 35 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.129 0.2 3 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it1.659 3 663 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it2.317 4.5 700
LS精密化 シェル 解像度 : 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.494 15 - Rwork 0.386 446 - obs - - 97.67 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 1.4022 -0.0025 -2.6631 4.3694 -3.8025 11.0897 0.2482 -0.2563 0.0135 -0.5393 -0.1926 0.3595 0.0968 0.2739 -0.0556 -0.2359 0.0411 0.0055 -0.1361 0.0534 -0.0505 45.294 20.8634 -7.0739 2 3.992 1.6166 -2.278 2.2201 -4.195 10.4544 0.2343 -0.5028 0.2514 -0.3318 -0.2022 0.1854 0.2545 0.3123 -0.0321 -0.2057 0.0694 0.0347 -0.2006 0.028 -0.0492 43.3207 17.4524 -4.7144
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A1 - 10 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B1 - 10