PDB-3ieg: Crystal Structure of P58(IPK) TPR Domain at 2.5 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ieg

タイトル

Crystal Structure of P58(IPK) TPR Domain at 2.5 A

要素

DnaJ homolog subfamily C member 3

キーワード

CHAPERONE / TPR motif / Endoplasmic reticulum / TPR repeat / Unfolded protein response

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of translation initiation in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced eIF2 alpha phosphorylation / negative regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / PKR-mediated signaling / misfolded protein binding / cellular response to cold / protein kinase inhibitor activity / smooth endoplasmic reticulum ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Tao, J. / Sha, B.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of P58(IPK) TPR Fragment Reveals the Mechanism for its Molecular Chaperone Activity in UPR.
著者: Tao, J. / Petrova, K. / Ron, D. / Sha, B.

履歴

登録	2009年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ieg.cif.gz	152 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ieg.ent.gz	121.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ieg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ieg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ie/3ieg	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1k0r-1 5r11-d 5r00-d 5r13-d 5qzb-d 5r1q-d 5r1k-d 5qz3-d 5r0d-d 5r1h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (2) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #80 - 2006年8月 AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases) 類似性 (5) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (4) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#32 - 2002年8月
シャペロン (Chaperones)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#99 - 2008年3月
カドヘリン (Cadherin)
類似性 (2)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (6)
#80 - 2006年8月
AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (5)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
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プロテアソーム (Proteasome)
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主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (1)
#177 - 2014年9月
アポトソーム (Apoptosomes)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DnaJ homolog subfamily C member 3

B: DnaJ homolog subfamily C member 3

82.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DnaJ homolog subfamily C member 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DnaJ homolog subfamily C member 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.041, 93.186, 84.412
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.50, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	DnaJ homolog subfamily C member 3 / Interferon-induced / double-stranded RNA-activated protein kinase inhibitor / Protein kinase ...Interferon-induced / double-stranded RNA-activated protein kinase inhibitor / Protein kinase inhibitor of 58 kDa / Protein kinase inhibitor p58 分子量: 41384.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 35-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dnajc3, P58(IPK), P58ipk / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q91YW3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.61 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 15% PEG 5000 MME, 100 mM Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 32991

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SOLVE		位相決定
CNS		精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.51→39.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.912 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 10.117 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.544 / ESU R Free: 0.326
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28435	1349	4 %	RANDOM
R_work	0.24549	-	-	-
obs	0.24703	32068	85.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.637 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.46 Å²	0 Å²	1.52 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→39.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5762	0	0	116	5878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	5846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.115	1.978	7852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.549	5	716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.991	25.101	298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.309	15	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.741	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	860
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4376
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	4027
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.699	1.5	3660
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.045	2	5720
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.436	3	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.465	4.5	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.574 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	81	-
R_work	0.304	1860	-
obs	-	-	68.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6982	-2.7053	-1.4669	2.608	0.9988	1.0599	-0.0393	-0.1556	0.1803	0.0001	0.0835	0.0646	0.0288	0.1722	-0.0442	-0.0928	0.0272	0.0091	-0.0494	-0.0198	-0.0292	1.4647	29.0754	48.8147
2	4.655	-3.3186	-1.6291	3.1523	2.019	2.3085	-0.3164	-0.2482	0.3646	0.176	0.3389	-0.0611	0.2481	0.29	-0.0226	-0.0368	-0.0024	0.045	-0.1287	0.0385	-0.0219	19.7883	28.3294	81.242
3	0.7573	-0.0746	0.9846	0.3481	1.2263	7.0769	-0.1316	0.0142	-0.0021	-0.1146	-0.1114	0.1978	-0.0139	-0.2784	0.2431	0.0355	0.0368	-0.0601	-0.0111	-0.0409	-0.0021	15.0885	10.1296	19.9026
4	0.318	-0.2434	0.6118	0.5735	0.2655	7.425	-0.1171	-0.0341	-0.0898	0.0765	-0.0177	0.015	0.1673	0.1479	0.1347	-0.0666	0.0925	-0.0504	0.0602	-0.021	-0.0659	37.4091	11.3503	53.4654

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	152 - 266
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	152 - 266
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	267 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	267 - 393

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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