PDB-3idf: The Crystal Structure of a USP-like protein from Wolinella succin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3idf

タイトル

The Crystal Structure of a USP-like protein from Wolinella succinogenes to 2.0A

要素

USP-like protein

キーワード

structural genomics / unknown function / USP / universal / stress / wolinella / succinogenes / PSI / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ORF138 protein

機能・相同性情報

生物種

Wolinella succinogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a USP-like protein from Wolinella succinogenes to 2.0A
著者: Stein, A.J. / Sather, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	2z3v-1 2k7p-d 2xd0-3 2xd0-4 2xd0-5 2xd0-1 2xd0-2 1n3h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61286

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: USP-like protein

B: USP-like protein

ヘテロ分子

31.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.768, 89.768, 127.286
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	USP-like protein 分子量: 15718.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pMCSG19 由来: (組換発現) Wolinella succinogenes (バクテリア) 遺伝子: ORF138, WS0834 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O34252
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月19日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 25784 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Χ²: 2.267 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	3.2	0.475	2590	1.094	1	100
2.07-2.15	3.2	0.324	2582	1.75	1	100
2.15-2.25	3.2	0.192	2586	1.017	1	100
2.25-2.37	3.2	0.139	2594	1.095	1	100
2.37-2.52	3.2	0.107	2569	1.137	1	100
2.52-2.71	3.2	0.081	2588	1.221	1	99.9
2.71-2.99	3.2	0.075	2598	1.78	1	99.9
2.99-3.42	3.2	0.069	2577	3.025	1	99.8
3.42-4.31	3.2	0.046	2568	3.056	1	99.4
4.31-50	3.3	0.057	2532	7.47	1	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2→33.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / WR_factor R_free: 0.244 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 7.896 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	1311	5.1 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
obs	0.184	25753	99.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.043 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→33.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2122	0	5	89	2216

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2181
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.151	1.985	2943
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.341	5	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.833	26.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.675	15	401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.954	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.471	1.5	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.864	2	2206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.457	3	809
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.281	4.5	737

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.322	177	0.264	3514	3700	99.757
2.462-2.53	0.375	177	0.265	3439	3630	99.614
2.53-2.603	0.32	172	0.256	3354	3537	99.689
2.603-2.682	0.341	176	0.265	3237	3426	99.621
2.682-2.77	0.311	156	0.262	3149	3321	99.518
2.77-2.867	0.313	187	0.253	3030	3231	99.567
2.867-2.975	0.329	145	0.25	2939	3105	99.324
2.975-3.096	0.348	159	0.257	2841	3016	99.469
3.096-3.233	0.319	148	0.235	2697	2869	99.163
3.233-3.39	0.268	129	0.207	2615	2773	98.954
3.39-3.572	0.211	137	0.185	2443	2631	98.062
3.572-3.788	0.25	126	0.183	2307	2496	97.476
3.788-4.048	0.216	112	0.154	2181	2362	97.079
4.048-4.369	0.189	108	0.148	2018	2187	97.211
4.369-4.782	0.215	109	0.142	1876	2042	97.209
4.782-5.34	0.184	85	0.164	1742	1877	97.336
5.34-6.154	0.239	95	0.186	1493	1637	97.007
6.154-7.507	0.233	83	0.194	1277	1415	96.113
7.507-10.49	0.166	46	0.156	1039	1129	96.103
10.49-48.337	0.216	33	0.22	589	695	89.496

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.6001	10.3781	-0.5002	21.9335	4.0835	17.5715	0.1744	-0.2938	0.1725	0.1169	-0.1347	-1.3008	-0.8542	1.3128	-0.0397	0.2348	-0.0223	0.0263	0.2365	0.0404	0.2207	5.2345	24.9102	57.8079
2	8.5059	8.8538	10.0781	9.1991	13.3159	22.6979	-0.0699	-0.2366	0.5126	-0.0397	-0.6348	0.5675	0.3032	-1.3628	0.7048	0.3095	0.07	-0.0484	0.2836	-0.06	0.3291	-7.3747	19.7489	49.1679
3	9.2245	6.7804	-0.5017	15.4329	5.7879	5.3613	-0.0196	0.3653	-0.0441	-0.8617	-0.2159	0.1323	-0.5648	-0.5542	0.2355	0.2962	0.0926	-0.0408	0.213	0.0267	0.1033	-10.26	27.9402	48.7022
4	14.2763	11.3597	2.1409	25.831	17.3193	14.7562	-0.0591	0.4999	0.7442	-0.0842	-0.3472	-0.1469	-0.4666	0.6428	0.4063	0.3139	-0.0245	-0.0084	0.3216	0.1509	0.3142	-1.6923	33.2403	52.7533
5	13.1935	-7.364	4.2273	34.1883	-5.4626	-4.6748	-0.5066	-0.301	1.3466	0.2646	0.3569	-0.4657	-0.1426	0.1109	0.1497	0.5394	-0.101	0.0707	0.5035	-0.0128	0.504	7.4792	31.8382	54.4302
6	10.0406	11.1999	2.9662	21.9365	2.5069	5.888	-0.1165	0.2876	-0.0371	-0.5683	0.2386	0.1541	0.4057	0.0673	-0.1221	0.2325	0.045	0.0279	0.1591	0.0421	0.1192	-1.8251	15.7227	50.1019
7	17.7415	10.3308	-7.1245	18.5114	-5.5068	1.2693	-0.0355	0.443	0.1848	0.3411	0.1343	-0.2892	-0.0885	0.0217	-0.0989	0.3341	-0.0442	0.0119	0.2708	0.0268	0.2666	-12.3888	0.8343	48.3685
8	6.362	7.5134	3.8907	6.4076	-2.4856	19.982	-0.5322	0.4769	0.6343	-0.576	0.684	0.9864	-0.7583	-1.0507	-0.1517	0.5198	-0.0231	-0.1199	0.5436	0.1356	0.319	-19.9339	-3.456	40.0005
9	3.8227	3.5396	-2.5301	14.6416	0.7245	-0.2437	-0.1091	0.9842	-0.4262	-0.5591	0.2627	-0.0122	-0.0626	-0.4104	-0.1535	0.8205	-0.0699	-0.0072	0.6408	-0.0078	0.4592	-10.7374	0.3306	36.8706
10	25.532	23.2095	-2.8346	76.8914	1.7078	22.7746	-0.4711	-0.5546	-0.491	-0.4117	0.3422	0.5451	1.9763	0.1525	0.1288	0.4146	0.0346	0.0196	0.2117	0.0615	0.2256	-7.634	8.7741	39.8615
11	17.8784	-0.069	1.2666	23.2145	0.0638	8.6851	0.1879	0.2089	-0.497	-0.4885	0.0984	0.3455	-0.1113	0.4281	-0.2863	0.337	0.0705	0.0144	0.2121	0.0301	0.0745	-3.3766	15.8683	40.068
12	2.5429	1.1443	5.0193	14.7718	8.4058	7.4046	0.0035	0.1852	0.3233	-0.8225	-0.1668	-0.102	-0.4671	0.0438	0.1633	0.4174	0.0383	0.054	0.2556	0.1113	0.2123	-1.4409	25.2822	42.6262
13	2.3694	-2.8174	1.1597	21.9577	-9.6479	19.3862	-0.1583	0.5118	0.4999	-0.5775	-0.2371	-1.2874	-0.8344	0.8208	0.3954	0.3404	-0.1057	0.0838	0.3109	0.0567	0.3171	5.2643	26.3007	45.1506
14	12.8137	10.9794	-6.7024	15.74	-6.8548	7.9776	0.0613	0.1481	-0.7314	-0.1463	0.0431	0.0755	0.5865	-0.1199	-0.1044	0.3238	0.0455	-0.0419	0.1636	0.0219	0.2182	-2.7223	9.6317	51.5854
15	22.5444	11.0655	6.7718	16.0458	6.493	12.1972	0.059	-0.6258	-1.2724	0.497	-0.1672	-0.1189	0.9128	0.0254	0.1082	0.3314	0.0466	0.0119	0.1039	0.0716	0.2208	-2.4573	12.0396	60.3601
16	13.8639	-1.5139	0.9077	1.4209	0.5112	5.3571	0.1671	0.0184	-0.6182	0.0925	-0.0763	0.0599	0.3995	-0.0349	-0.0908	0.2134	-0.0147	-0.0002	0.0916	0.0202	0.1416	-4.4346	21.5748	57.8844
17	27.9413	-2.8233	-14.0775	21.4742	-3.8521	12.3874	0.2547	-0.2504	-0.5609	-0.522	-0.4377	-1.1244	1.0474	-0.103	0.183	0.465	-0.1202	-0.0108	0.3066	-0.0591	0.4856	-15.0781	15.4587	54.2444
18	9.7369	-2.4929	-1.8489	3.7648	0.3465	2.4179	-0.076	0.1247	-0.4694	0.2567	-0.1854	0.5036	0.3929	-0.2746	0.2614	0.3045	-0.0647	0.0754	0.2097	-0.0061	0.2392	-13.7048	19.4459	65.4314
19	11.991	-7.6965	3.4112	7.8271	-0.5312	9.5604	0.2691	0.3365	-0.1901	-0.2129	-0.2545	0.4509	0.0787	-0.3326	-0.0146	0.1792	-0.0293	0.0375	0.1306	0.0284	0.1458	-8.5203	25.1843	60.3405
20	6.3784	0.4674	-0.63	8.2079	-2.0894	16.3577	0.1076	0.0871	0.2173	0.1823	-0.027	-0.0186	-0.2157	0.3129	-0.0805	0.136	0.0225	0.02	0.1575	-0.0374	0.201	-7.1308	38.3558	67.8903
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36	11.3598	3.1583	-0.7955	9.0751	2.2745	26.6317	0.1947	-0.8992	0.223	0.5653	-0.25	0.8047	0.7108	-1.191	0.0553	0.2536	-0.1239	0.1756	0.2943	-0.1016	0.3374	-22.6986	27.9526	75.8567
37	10.9079	5.2304	-2.7776	27.4699	-9.4948	18.4563	-0.2124	0.5456	0.0298	-0.4408	0.2576	1.7794	0.7283	-1.1798	-0.0452	0.1172	-0.0453	0.003	0.2879	-0.1066	0.348	-20.6662	27.7589	63.7734
38	4.6289	-3.6223	3.1456	10.3297	-0.8246	4.6568	-0.0642	-0.101	-0.2478	0.3298	0.0724	0.3939	0.0464	-0.1906	-0.0082	0.1336	-0.0207	0.0597	0.1471	0.0022	0.1826	-9.3485	28.5134	65.0411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	11 - 20
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	21 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	26 - 32
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	33 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	40 - 44
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	45 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	53 - 58
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	59 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	64 - 69
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	70 - 76
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	77 - 83
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	84 - 91
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	92 - 100
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	101 - 111
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	112 - 117
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	118 - 130
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	131 - 138
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	1 - 10
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	11 - 16
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	17 - 22
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	23 - 27
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	28 - 33
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28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	62 - 70
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	109 - 116
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	117 - 123
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	124 - 130
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	131 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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