PDB-3ide: Structure of IPNV subviral particle

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ide

タイトル

Structure of IPNV subviral particle

要素

Capsid protein VP2

キーワード

VIRUS LIKE PARTICLE / Jelly roll / beta sandwich / icosahedral particle / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / viral capsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Infectious pancreatic necrosis virus - (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Delmas, B. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of an aquabirnavirus particle: insights into antigenic diversity and virulence determinism
著者: Coulibaly, F. / Chevalier, C. / Delmas, B. / Rey, F.A.

履歴

登録	2009年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ide.cif.gz	805.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ide.ent.gz	683.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ide.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ide_validation.pdf.gz	472 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ide_full_validation.pdf.gz	513.9 KB	表示
XML形式データ	3ide_validation.xml.gz	72.3 KB	表示
CIF形式データ	3ide_validation.cif.gz	96.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/3ide ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/3ide	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wcd-1 2df7-1 2gsy-1 3fbm-1 1237 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Capsid protein VP2

B: Capsid protein VP2

C: Capsid protein VP2

D: Capsid protein VP2

E: Capsid protein VP2

ヘテロ分子

243 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Capsid protein VP2

B: Capsid protein VP2

C: Capsid protein VP2

D: Capsid protein VP2

E: Capsid protein VP2

ヘテロ分子

x 12

登録者が定義した集合体
2.92 MDa, 60 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_665	-x+1,-y+1,z	1
crystal symmetry operation	3_656	-x+1,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_566	x,-y+1,-z+1	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_566	z,-x+1,-y+1	1
crystal symmetry operation	7_665	-z+1,-x+1,y	1
crystal symmetry operation	8_656	-z+1,x,-y+1	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_656	-y+1,z,-x+1	1
crystal symmetry operation	11_566	y,-z+1,-x+1	1
crystal symmetry operation	12_665	-y+1,-z+1,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	303.431, 303.431, 303.431
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	197
Space group name H-M	I23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-443- CO
2	1	C-444- CL
3	1	E-443- CO
4	1	E-444- CL

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	THR	THR	chain A and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	A	A	6 - 109	6 - 109
1	2	ASN	ASN	ASN	ASN	chain A and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	A	A	118 - 428	118 - 428
2	1	ALA	ALA	THR	THR	chain B and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	B	B	6 - 109	6 - 109
2	2	ASN	ASN	ASN	ASN	chain B and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	B	B	118 - 428	118 - 428
3	1	ALA	ALA	THR	THR	chain C and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	C	C	6 - 109	6 - 109
3	2	ASN	ASN	ASN	ASN	chain C and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	C	C	118 - 428	118 - 428
4	1	ALA	ALA	THR	THR	chain D and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	D	D	6 - 109	6 - 109
4	2	ASN	ASN	ASN	ASN	chain D and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	D	D	118 - 428	118 - 428
5	1	ALA	ALA	THR	THR	chain E and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	E	E	6 - 109	6 - 109
5	2	ASN	ASN	ASN	ASN	chain E and (resseq 6:109 or resseq 118:428 )	E	E	118 - 428	118 - 428

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.810781, 0.303649, -0.500432), (0.308983, 0.504104, 0.806479), (0.497156, -0.808503, 0.314896)	58.607101, -94.007599, 150.990997
2	given	(0.501223, 0.806866, -0.312639), (0.812262, -0.314144, 0.491471), (0.298337, -0.500282, -0.812843)	0.361525, 1.83655, 305.247986
3	given	(0.491694, 0.814407, 0.308185), (0.813667, -0.303659, -0.495719), (-0.310134, 0.494502, -0.811963)	-93.073196, 149.927994, 246.520996
4	given	(0.805853, 0.312112, 0.503177), (0.307898, 0.504986, -0.806342), (-0.505767, 0.80472, 0.310846)	-94.399002, 150.972, 58.7901

詳細

The entry contains the asymmetric unit of the T=1 icosahedral particle.

#1: タンパク質	Capsid protein VP2 / PP 分子量: 48571.488 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Infectious pancreatic necrosis virus - (ウイルス) 株: Sp / 遺伝子: VP2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q703G9
#2: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.34 % / Mosaicity: 0.405 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 詳細: 1M 1,6-hexanediol, 10mM CoCl2, 100mM sodium acetate pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.95 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月28日

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.95 Å / 相対比: 1

Reflection

Av σ(I) over netI: 14.62 / 数: 557145 / R_merge(I) obs: 0.112 / Χ²: 1.01 / D res high: 3.75 Å / D res low: 28 Å / Num. obs: 46708 / % possible obs: 99.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
8.02	28	99.4	1	0.056	0.995
6.39	8.02	100	1	0.068	0.999
5.59	6.39	100	1	0.095	1.015
5.08	5.59	100	1	0.105	0.999
4.72	5.08	100	1	0.112	1
4.44	4.72	100	1	0.131	1.017
4.22	4.44	100	1	0.178	1.009
4.04	4.22	100	1	0.258	1.014
3.88	4.04	100	1	0.383	1.013
3.75	3.88	100	1	0.463	1.038

反射

解像度: 3.35→30 Å / Num. all: 66352 / Num. obs: 66153 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 85.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Χ²: 1.03 / Net I/σ(I): 16.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3.35-3.47	3.2	0.379	3.3	6491	1.112	98.3
3.47-3.61		0.241		6551	0.994	99.5
3.61-3.77		0.203		6607	1.038	99.8
3.77-3.97		0.172		6549	1.061	99.8
3.97-4.22		0.112		6611	1.019	99.9
4.22-4.54		0.083		6596	1.018	99.9
4.54-5		0.068		6632	1.05	99.9
5-5.72		0.064		6657	1.033	99.9
5.72-7.19		0.056		6657	1.01	99.9
7.19-30		0.054		6802	0.996	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.35→29.754 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.33 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2334	1992	3.04 %	12 RESOLUTION SHELL
R_work	0.2171	-	-	-
all	0.218	66372	-	-
obs	0.218	65456	98.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.876 Å² / k_sol: 0.265 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 248.21 Å² / B_iso mean: 99.951 Å² / B_iso min: 20.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→29.754 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16056	0	6	10	16072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	16356
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.918	22267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2599
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.01	6011

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
1	2	B	3208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.014
1	3	C	3208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.016
1	4	D	3208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
1	5	E	3208	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.021

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.35-3.434	0.308	166	0.334	4446	4612	98
3.434-3.527	0.372	83	0.31	4540	4623	98
3.527-3.63	0.272	166	0.309	4527	4693	99
3.63-3.747	0.316	166	0.284	4497	4663	99
3.747-3.881	0.312	166	0.282	4493	4659	99
3.881-4.036	0.3	83	0.274	4562	4645	98
4.036-4.219	0.258	166	0.235	4447	4613	98
4.219-4.441	0.219	166	0.209	4442	4608	98
4.441-4.718	0.207	83	0.18	4537	4620	98
4.718-5.081	0.159	166	0.168	4439	4605	98
5.081-5.589	0.202	166	0.175	4572	4738	99
5.589-6.391	0.201	83	0.179	4622	4705	99
6.391-8.026	0.196	166	0.169	4633	4799	100
8.026-29.755	0.179	166	0.177	4707	4873	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3118	0.0144	-0.4907	2.1103	0.6123	0.9636	-0.2414	0.1584	-0.079	0.6444	0.0661	0.1214	0.4726	-0.3203	0.1728	0.6869	-0.1461	0.061	0.5377	-0.0694	0.6104	66.8874	135.3274	127.5307
2	0.4821	0.4549	0.6654	1.8119	-0.1525	1.4784	0.0348	-0.2208	-0.1524	-0.437	0.1141	0.2819	0.4655	-0.3935	-0.1451	0.6663	-0.1963	-0.0266	0.554	0.0289	0.6837	65.9286	137.0218	173.384
3	0.3772	-0.0147	0.5454	0.7363	-0.1278	0.1988	-0.035	0.1474	0.0231	-0.3063	-0.0284	0.1405	0.1555	0.057	0.0489	0.6739	-0.1018	0.0209	0.6117	0.133	0.5753	88.7542	100.6508	189.2645
4	1.0237	-0.5098	-0.1972	0.0364	-0.1886	1.7925	0.0017	0.1073	-0.4298	0.0061	0.0782	0.2259	-0.1868	-0.5722	-0.0852	0.5734	-0.0687	0.0073	0.7254	0.0684	0.7673	103.6172	75.9217	153.1406
5	0.6045	0.1384	-0.0412	0.7601	-0.239	0.5274	-0.0157	-0.2083	-0.0054	0.2214	0.0638	0.1306	-0.097	-0.0609	-0.0422	0.5384	-0.0614	-0.0155	0.5468	-0.0567	0.4828	90.3896	97.7562	115.138

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	6 - 428
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 428
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	6 - 428
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D	D	6 - 428
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E	E	6 - 428

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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