PDB-3icx: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus Nop5 (135-380)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3icx

タイトル

Crystal structure of Sulfolobus solfataricus Nop5 (135-380)

要素

Pre mRNA splicing protein

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / C/D guide RNA / 2'-O-methylation / coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

box C/D methylation guide snoRNP complex / snoRNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Ye, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural organization of box C/D RNA-guided RNA methyltransferase.
著者: Ye, K. / Jia, R. / Lin, J. / Ju, M. / Peng, J. / Xu, A. / Zhang, L.

履歴

登録	2009年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3icx.cif.gz	141.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3icx.ent.gz	112.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3icx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3icx_validation.pdf.gz	469 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3icx_full_validation.pdf.gz	480.9 KB	表示
XML形式データ	3icx_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	3icx_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3icx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3icx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3id5C 3id6C 2nnwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4if4-2 5abf-1 5abg-2 5mi4-d 5abf-2 5fl0-1 5abe-1 1tu4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pre mRNA splicing protein

B: Pre mRNA splicing protein

C: Pre mRNA splicing protein

ヘテロ分子

87.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pre mRNA splicing protein

B: Pre mRNA splicing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Pre mRNA splicing protein

ヘテロ分子

C: Pre mRNA splicing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	153.645, 122.126, 71.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.670, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 135 - 378 / Label seq-ID: 2 - 245

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C

#1: タンパク質	Pre mRNA splicing protein 分子量: 28890.275 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 135-380 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: SSO0939 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/RIL+ / 参照: UniProt: Q97ZH3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.8M (NH4)2SO4, 10 mM MgCl2, and 50mM Na cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 22817 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2NNW

2nnw

解像度: 3.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.866 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.811 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 48.322 / SU ML: 0.389 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 12.127 / ESU R Free: 0.48 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.304	1169	5.1 %	RANDOM
R_work	0.261	-	-	-
obs	0.263	22738	99.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.12 Å² / B_iso mean: 23.468 Å² / B_iso min: 6.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.93 Å²	0 Å²	-0.67 Å²
2-	-	-1.66 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5361	0	25	0	5386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5456
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.154	1.978	7347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.641	5	669
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.259	23.605	258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.167	15	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.289	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4029
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	3744
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.135	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.039	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.316	1.5	3448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.541	2	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.818	3	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.469	4.5	1977

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	900	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
B	900	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
C	900	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
A	887	MEDIUM POSITIONAL	0.39	0.5
B	887	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
C	887	MEDIUM POSITIONAL	0.34	0.5
A	900	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
B	900	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
C	900	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
A	887	MEDIUM THERMAL	0.27	2
B	887	MEDIUM THERMAL	0.26	2
C	887	MEDIUM THERMAL	0.26	2

LS精密化シェル

解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	72	-
R_work	0.323	1498	-
all	-	1570	-
obs	-	-	94.64 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6919	3.027	-2.5662	7.0742	-3.905	2.925	-0.0235	0.1421	0.0228	-0.3131	0.1873	0.2233	0.2349	-0.0678	-0.1638	0.2348	0.0028	-0.0973	0.1923	0.0805	0.1939	5.2804	7.0898	48.1223
2	4.4712	1.5454	-0.9525	4.0705	-1.1732	3.6426	0.0096	0.1012	-0.333	-0.4033	0.1125	0.8616	0.0947	-0.5229	-0.1221	0.066	0.0277	-0.061	0.1548	0.0663	0.3263	-10.1521	-3.2926	54.129
3	5.2457	-3.072	-0.0735	4.7219	-2.3387	3.3296	-0.2073	-0.1934	-0.1898	0.2809	0.1521	0.7982	-0.0626	-0.4335	0.0552	0.0072	-0.0695	0.0876	0.0958	0.0689	0.4241	-16.9196	-4.7027	58.9175
4	0.5051	0.3007	0.0661	1.3594	-1.3653	1.8224	-0.16	0.1608	-0.0713	-0.1078	-0.0636	-0.0272	-0.0292	-0.0126	0.2236	0.166	0.0073	-0.0212	0.188	0.0171	0.2218	3.2611	18.4987	34.5337
5	7.1624	4.4049	5.6597	6.8256	7.8879	10.8973	-0.8293	0.9147	0.966	-0.7741	-0.1731	1.217	-0.7775	-0.1675	1.0024	0.2582	-0.0261	-0.0839	0.1334	0.0231	0.1445	-4.7773	28.238	21.7804
6	2.1368	1.7393	0.2088	2.2692	0.5325	0.1744	-0.026	0.1582	-0.391	-0.1633	0.052	-0.3161	0.1278	0.0477	-0.026	0.1988	0.0464	-0.0381	0.2054	0.0403	0.2567	13.6715	4.64	54.8738
7	3.0516	-0.0781	1.0372	3.5114	-1.2072	4.6929	0.0832	-0.0475	0.1172	0.256	-0.0137	-0.291	-0.0952	0.2069	-0.0696	0.0874	0.0334	0.0042	0.1063	-0.0263	0.2463	22.3384	20.6509	61.3867
8	0.6185	1.3243	-0.2688	5.5317	-1.7415	0.6211	0.1181	-0.2311	-0.1302	0.2489	0.1967	0.5098	-0.1948	-0.1102	-0.3147	0.2831	0.0152	0.0079	0.1454	0.0364	0.1723	10.1847	-5.742	64.4979
9	6.0236	1.615	-0.4673	2.9669	-0.1473	1.438	0.1477	0.0757	-0.3388	-0.2008	0.0683	0.2229	0.1399	0.1905	-0.216	0.1999	0.0335	-0.016	0.1153	0.0303	0.2031	19.2648	-23.8838	63.3513
10	8.6223	1.8643	-4.762	3.0763	-0.0934	6.4129	0.3188	-0.9588	-1.6003	0	0.0453	-0.3256	-0.0029	1.169	-0.3641	0.1431	0.0094	-0.1119	0.199	0.0054	0.2289	28.7149	-26.2448	72.6687
11	1.2584	0.32	-0.3725	0.4916	-1.2856	5.2505	-0.0266	-0.0525	-0.0215	0.0453	-0.0184	-0.0998	-0.2143	0.2042	0.045	0.2253	-0.0018	0.0142	0.2033	-0.037	0.1603	-15.2079	50.7006	74.2475
12	2.5097	-0.6622	-1.2672	1.4105	-1.5243	3.4355	-0.0877	-0.3989	-0.1143	0.1708	-0.0113	-0.2006	0.2793	0.2479	0.099	0.2079	0.0254	-0.0183	0.1199	-0.0031	0.1615	-14.0866	42.0157	86.9339
13	2.8837	2.2482	-1.2191	6.2628	-2.8024	1.2759	-0.071	0.349	-0.4435	0.1104	0.0688	-0.3491	-0.0443	0.0034	0.0022	0.1849	-0.0446	0.0195	0.2839	-0.0847	0.1198	-4.7593	50.9478	54.5096
14	4.7031	2.8411	2.8427	3.0313	1.7347	3.8512	-0.2296	0.288	0.2893	-0.097	0.0494	-0.1569	-0.2412	-0.0155	0.1802	0.1756	-0.0388	0.0088	0.1375	0.0159	0.1473	3.9295	65.3161	55.6211
15	7.7439	2.6857	5.298	4.446	3.5271	10.661	-0.4421	1.0205	-0.2576	-0.3067	0.4324	-0.5075	0.1197	0.7933	0.0097	0.122	-0.1139	0.1644	0.2074	-0.0577	0.0507	11.3299	58.37	49.0289

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	135 - 165
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	166 - 189
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	233 - 354
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	355 - 378
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	135 - 175
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	176 - 232
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	233 - 282
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	283 - 359
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	360 - 378
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	135 - 188
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	189 - 245
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	246 - 282
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	283 - 344
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	345 - 378

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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