PDB-3ic8: The Crystal Structure of a GST-like protein from Pseudomonas syri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ic8

タイトル

The Crystal Structure of a GST-like protein from Pseudomonas syringae to 2.4A

要素

uncharacterized GST-like proteinprotein

キーワード

structural genomics / unknown function / Glutathione / transferase / pseudomonas / syringae / PSI / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative

機能・相同性

機能・相同性情報

Glutaredoxin - #110 / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Chhor, G. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a GST-like protein from Pseudomonas syringae to 2.4A
著者: Stein, A.J. / Chhor, G. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ic8.cif.gz	220.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ic8.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ic8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ic8_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ic8_full_validation.pdf.gz	489.5 KB	表示
XML形式データ	3ic8_validation.xml.gz	42.4 KB	表示
CIF形式データ	3ic8_validation.cif.gz	59.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic8	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5vye-d 1svv-1 6k8t-d 7dst-d 6wwf-d 4i2z-d 7e9l-d 7luf-1 5mfe-d 4x4u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC61706

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (6) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (5)

登録構造単位

A: uncharacterized GST-like proteinprotein

B: uncharacterized GST-like proteinprotein

C: uncharacterized GST-like proteinprotein

D: uncharacterized GST-like proteinprotein

137 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: uncharacterized GST-like proteinprotein

B: uncharacterized GST-like proteinprotein

ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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3

C: uncharacterized GST-like proteinprotein

D: uncharacterized GST-like proteinprotein

ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.671, 102.266, 148.336
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

authors state that biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	uncharacterized GST-like proteinprotein 分子量: 34357.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 株: pv. tomato / 遺伝子: PSPTO1263 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q887M8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.36 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Succinic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月9日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 61123 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.662 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.4→48.34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 19.962 / SU ML: 0.203 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	2560	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.195	50340	98.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8401	0	0	178	8579

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	8629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.269	1.949	11758
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.441	5	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.889	23.003	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.004	15	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.797	15	53
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	6625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.423	1.5	5475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.786	2	8771
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.309	3	3154
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.086	4.5	2987
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	177	-
R_work	0.256	3514	-
obs	-	-	99.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7483	-0.1444	0.4717	1.4364	-0.488	1.369	-0.0368	-0.0538	-0.1066	-0.1482	0.069	0.0296	0.0446	-0.0022	-0.0322	0.1992	-0.0026	0.0081	0.1458	-0.0104	0.1865	-29.7464	5.3654	-18.3102
2	2.477	-1.473	2.1322	1.9837	-1.5467	1.9128	0.1173	-0.0207	-0.1506	-0.1695	-0.038	-0.0126	0.1413	0.0167	-0.0793	0.2254	0.0076	0.0297	0.128	0.013	0.1861	-29.3168	3.3672	-23.8
3	8.0048	3.5151	-1.8397	1.8309	-1.3008	1.3838	0.1747	-0.2878	0.0821	0.1328	-0.0495	0.0384	0.0474	-0.0637	-0.1253	0.3687	0.0719	-0.0433	0.3731	0.0112	0.3137	-20.9822	5.1735	-6.5971
4	5.7555	-0.529	3.5961	6.8234	1.658	3.6031	0.0879	-0.23	0.6069	0.4626	-0.1263	-0.2311	-0.2529	-0.0248	0.0385	0.3766	-0.0325	0.0904	0.3388	-0.0269	0.3028	-21.3146	10.9957	-13.0126
5	2.6648	-2.3302	0.8894	3.0354	-0.89	1.6304	-0.0437	-0.2903	0.1162	0.0152	-0.0053	0.0925	0.1098	0.0411	0.049	0.24	-0.0057	0.0307	0.1687	0.0003	0.2622	-21.1356	11.3136	-24.8016
6	2.0281	-1.2157	0.2489	2.4081	-0.0215	1.2544	-0.0186	0.0466	-0.0337	-0.2782	0.055	-0.1705	0.2183	0.2356	-0.0364	0.2097	-0.0209	0.0195	0.1004	0.0094	0.1701	-30.3408	19.2902	-32.7432
7	5.9533	3.1224	-2.8414	6.2503	-2.4883	4.4429	0.0551	-0.0562	-0.3526	0.3171	-0.3154	-0.1442	-0.2646	0.2304	0.2603	0.2251	0.0077	-0.0293	0.0979	0.0098	0.1558	-40.5599	21.5768	-14.712
8	4.0978	2.7232	-5.7407	4.2555	-2.3848	8.8874	0.1842	0.2949	0.2959	0.15	-0.0413	0.6733	-0.2907	-0.5839	-0.1429	0.3587	0.031	0.0521	0.4005	0.0089	0.2962	-48.332	15.6952	-4.8503
9	1.7342	-2.8137	1.4309	8.6115	1.9878	5.7724	-0.2048	-0.0742	0.1593	0.464	0.038	-0.2228	-0.0398	-0.1695	0.1668	0.2542	-0.028	0.0289	0.2017	0.0128	0.2579	-47.5705	27.9535	-12.1025
10	0.09	0.431	0.0695	6.0451	2.9898	9.0757	0.0538	-0.0175	-0.0579	-0.0545	0.0122	0.3783	-0.0755	-0.3087	-0.0661	0.1251	-0.021	-0.019	0.1048	0.0212	0.2415	-49.1989	25.2729	-26.9149
11	2.1442	0.108	-1.3029	1.1945	-1.4016	3.3863	-0.0612	-0.052	0.0341	-0.1321	0.0171	0.0661	0.1302	-0.099	0.0441	0.198	-0.022	-0.0112	0.1106	-0.0154	0.1737	-43.4177	15.5855	-24.7472
12	0.2457	1.242	0.17	6.6177	0.8844	0.1216	0.0916	-0.0365	0.1325	0.2642	-0.1639	0.3845	0.0685	-0.0329	0.0723	0.358	-0.0716	0.011	0.3068	0.0307	0.3816	-52.9969	17.8434	-23.2113
13	5.5476	-0.1155	0.2924	0.9891	0.832	0.7548	-0.0433	-0.0929	-0.6984	-0.1171	-0.0393	0.248	-0.0409	-0.0246	0.0826	0.3847	-0.0098	-0.0363	0.1576	0.0062	0.3339	-39.8073	6.2358	-27.5029
14	3.0874	0.4865	-0.0744	3.6413	-1.0579	1.5706	-0.0893	-0.0606	-0.1834	-0.3314	-0.0533	-0.5447	0.1824	0.2041	0.1426	0.2477	0.0634	0.0351	0.1964	-0.038	0.2832	-12.3976	4.1333	-22.6975
15	2.5637	0.2319	1.2765	4.4459	-2.105	1.7743	-0.3196	-0.1071	0.4555	0.2208	-0.0146	-0.3791	-0.2674	-0.0242	0.3342	0.2823	-0.0328	-0.0593	0.271	-0.0516	0.5422	-10.0165	25.8597	-19.9405
16	10.3046	-6.9134	-9.6758	4.6476	6.5009	9.0968	-0.2436	0.0993	-0.2495	0.2515	-0.036	0.1796	0.3178	-0.1149	0.2796	0.6555	0.099	-0.0124	0.7647	0.0005	0.4937	-18.9094	18.8331	-7.9151
17	3.1058	0.6139	-2.8505	1.2984	0.0886	2.9775	-0.0355	-0.1216	-0.0159	-0.0125	0.1717	-0.2729	0.0234	0.2217	-0.1363	0.1656	0.0275	0.0243	0.2409	0.0071	0.3876	-10.5507	20.6421	-23.4044
18	1.7092	-3.435	3.1105	8.5268	-5.0392	7.4701	0.1235	0.0063	-0.0185	-0.0851	-0.0827	-0.0644	0.2549	0.4562	-0.0408	0.2036	0.0126	-0.0071	0.3216	-0.0317	0.3627	-9.502	13.2992	-18.1767
19	2.068	0.6507	-0.6794	0.3602	0.0368	0.8405	-0.0798	0.0682	-0.0714	0.1017	-0.0127	-0.0932	0.0957	0.0379	0.0926	0.3322	-0.0481	-0.0567	0.227	0.0076	0.388	-13.2111	12.4902	-18.1501
20	1.0034	-1.9813	0.3447	3.9559	-0.6676	0.1265	-0.3995	-0.3401	0.0294	0.7831	0.475	-0.1231	-0.1376	-0.161	-0.0755	0.5461	-0.0109	-0.0568	0.8314	0.0481	0.6583	-13.7796	24.4398	-12.6638
21	3.6254	0.4957	0.889	3.0947	0.1551	2.131	-0.1462	0.175	-0.2578	-0.1063	-0.0136	-0.0857	0.1914	0.0623	0.1597	0.2258	0.0058	0.038	0.1462	0.0207	0.1213	-55.213	-1.6266	-16.7396
22	3.3892	-0.4613	2.3636	2.0585	0.0365	1.9579	0.0471	0.3368	-0.155	-0.0859	-0.0174	-0.2286	0.2487	0.2898	-0.0297	0.2763	0.0184	0.0607	0.1859	-0.0231	0.2032	-52.5791	-8.8209	-17.629
23	6.5331	-0.389	-3.2707	1.828	0.036	3.3327	-0.0048	-0.1145	0.6591	0.1298	-0.1263	0.0696	-0.2097	0.2083	0.1311	0.301	0.0201	-0.0455	0.2369	0.0021	0.2757	-64.4303	7.125	-18.2958
24	5.4474	1.0957	-1.0069	1.6659	-0.7808	3.3122	0.0588	-0.1644	0.1753	0.2049	-0.1537	-0.3331	-0.0839	-0.2774	0.0949	0.2383	-0.0164	0.0153	0.1659	-0.0186	0.1704	-64.87	-2.4514	-13.7581
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79	0.6561	-2.2581	0.5515	7.9002	-1.951	0.491	-0.0458	-0.1107	-0.0416	0.0077	0.1582	0.2268	0.0433	-0.0451	-0.1124	0.4172	-0.0369	-0.0107	0.6022	0.0498	0.385	-90.833	-9.7231	-42.3224
80	1.8055	1.1361	-2.4415	2.7068	-1.0324	5.921	0.0969	-0.3406	-0.1379	0.1761	0.2252	0.1164	0.2021	-0.3079	-0.322	0.2373	-0.0247	-0.0404	0.5974	0.1219	0.4058	-86.7871	-7.7162	-47.6665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 35
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	36 - 45
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	46 - 55
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	56 - 74
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	75 - 98
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	99 - 110
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	111 - 116
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	148 - 156
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	157 - 168
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	169 - 200
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	201 - 209
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	210 - 225
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	226 - 246
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	247 - 265
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	266 - 272
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	273 - 282
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	283 - 290
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	291 - 303
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	304 - 310
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 18
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	19 - 32
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	33 - 47
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	48 - 63
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	74 - 84
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	85 - 97
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	98 - 110
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	111 - 116
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	148 - 160
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44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	52 - 75
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46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	88 - 98
47	X-RAY DIFFRACTION	47	C	99 - 149
48	X-RAY DIFFRACTION	48	C	150 - 163
49	X-RAY DIFFRACTION	49	C	164 - 172
50	X-RAY DIFFRACTION	50	C	173 - 181
51	X-RAY DIFFRACTION	51	C	182 - 193
52	X-RAY DIFFRACTION	52	C	194 - 210
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80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	291 - 309

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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