PDB-3ic5: N-terminal domain of putative saccharopine dehydrogenase from Rue...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ic5

タイトル

N-terminal domain of putative saccharopine dehydrogenase from Ruegeria pomeroyi.

要素

putative saccharopine dehydrogenase

キーワード

structural genomics / unknown function / APC63807.2 / N-terminal domain / saccharopine dehydrogenase / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruegeria pomeroyi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of N-terminal domain of putative saccharopine dehydrogenase from Ruegeria pomeroyi.
著者: Osipiuk, J. / Tesar, C. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年7月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ic5.cif.gz	56.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ic5.ent.gz	41.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ic5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ic/3ic5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2lra-d 3we3-2 2kx7-d 2ltr-d 5dpt-1 1wg4-d 5njk-4 4lvr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63807.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: putative saccharopine dehydrogenase

B: putative saccharopine dehydrogenase

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative saccharopine dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: putative saccharopine dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.368, 57.803, 73.184
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

putative biological unit is a monomer

#1: タンパク質	putative saccharopine dehydrogenase 分子量: 12301.582 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain 1-115 / 変異: A110V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 株: DSS-3 / 遺伝子: SPO0234 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LX24
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris buffer, 20% ethanol, 5% PEG-400, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月30日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→45.4 Å / Num. all: 14419 / Num. obs: 14419 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 42.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / Χ²: 2.457 / Net I/σ(I): 12.7
反射シェル	解像度: 2.08→2.12 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.786 / Mean I/σ(I) obs: 3.22 / Num. unique all: 691 / Χ²: 1.649 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.08→45.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 11.678 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.251	722	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
all	0.197	14349	-	-
obs	0.197	14349	99.77 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.8 Å² / B_iso mean: 28.092 Å² / B_iso min: 15.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.78 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1663	0	0	118	1781

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1724
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.557	1.949	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.951	3	2690
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.122	5	239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.385	25.161	62
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.871	15	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.981	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	288
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	328
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.843	1.5	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.228	1.5	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.465	2	1835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.408	3	567
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.723	4.5	508

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	57	-
R_work	0.225	968	-
all	-	1025	-
obs	-	1025	99.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9514	-0.3531	-0.6711	4.6597	1.4906	3.3939	0.058	-0.148	0.1013	-0.0192	0.0091	-0.1487	-0.1206	0.1197	-0.067	0.075	-0.0293	-0.0092	0.0285	0.0018	0.0102	41.4482	18.9182	20.5481
2	3.6585	0.0136	0.9529	3.278	0.0816	3.7402	0.1078	-0.2148	-0.2826	0.1397	0.1055	0.0329	0.1513	0.0065	-0.2133	0.0323	-0.0229	0.0002	0.0482	-0.0008	0.0362	24.9882	33.3582	31.3391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 113
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 115

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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