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万見
- PDB-3i9y: Crystal structure of the V. parahaemolyticus histidine kinase sen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i9y
タイトルCrystal structure of the V. parahaemolyticus histidine kinase sensor TorS sensor domain
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / stacked two four-helix bundles / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / hydrolase activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #920 / Signal transduction histidine kinase, TMAO sensor TorS / Sensor histidine kinase TorS, sensor domain / TorS, sensor domain superfamily / Sensor protein TorS, sensor domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #920 / Signal transduction histidine kinase, TMAO sensor TorS / Sensor histidine kinase TorS, sensor domain / TorS, sensor domain superfamily / Sensor protein TorS, sensor domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / HAMP domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Moore, J.O. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structural analysis of sensor domains from the TMAO-responsive histidine kinase receptor TorS
著者: Moore, J.O. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2009年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5731
ポリマ－31,5731
非ポリマー00
水1,29772
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.880, 149.880, 42.712
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 31572.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: K-12 / 遺伝子: torS, VPA0675 / プラスミド: pETDuetT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q87ID1, histidine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.96 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 7-13% PEG 4000, 0.1M Tris pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.98950,0.97940,0.97912,0.96863
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: system consisting of a horizontally deflecting and focusing crystal
プロトコル: MAD / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.98951
20.97941
30.979121
40.968631
反射解像度: 2.16→20 Å / Num. obs: 29951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.088 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.16-2.235.30.41929440.96599.9
2.23-2.325.50.35329640.951100
2.32-2.425.60.26829671.004100
2.42-2.555.60.21829891.037100
2.55-2.715.60.18629521.069100
2.71-2.925.60.1429921.097100
2.92-3.215.60.129981.133100
3.21-3.675.50.06830011.158100
3.67-4.615.30.0530251.23699.9
4.61-205.10.04531191.23299.7

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
4
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
4 wavelength110.97915.69-8.51
4 wavelength120.97943.95-11.81
4 wavelength130.96863.84-3.25
4 wavelength140.98951.4-3.69
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se600.6310.2560.9910.583
2Se600.8280.3190.6090.514
3Se41.3340.5460.1740.0040.334
4Se43.980.5260.1620.5820.285
5Se600.5520.070.3420.302
6Se600.5710.1870.0110.484
7Se10.5260.1780.9760.088
8Se10.5190.4140.050.017
9Se600.5740.4040.0480.288
10Se10.5860.2130.0110.049

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.11位相決定
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.16→19.8 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Data cutoff high absF: 1777269 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1505 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs-29936 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.553 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 74.28 Å2 / Biso mean: 31.671 Å2 / Biso min: 11.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.71 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å20 Å2
3----1.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.26 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1855 0 0 72 1927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.056
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.47
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 224 4.8 %
Rwork0.239 4452 -
all-4676 -
obs--93.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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