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- PDB-3i98: X-ray crystallographic structure of Inorganic Pyrophosphatase at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i98
タイトルX-ray crystallographic structure of Inorganic Pyrophosphatase at 298K from archaeon Thermococcus thioreducens
要素Th-IPP
キーワードHYDROLASE / Pyrophosphatase / beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus Thioreducens (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hughes, R.C. / Coates, L. / Meehan, E.J. / Ng, J.D.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystallographic structure of Inorganic Pyrophosphatase at 298K from archaeon Thermococcus thioreducens
著者: Hughes, R.C. / Coates, L. / Meehan, E.J. / Ng, J.D.
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model / Non-polymer description
改定 1.32017年11月1日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / exptl_crystal_grow / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Th-IPP
B: Th-IPP
C: Th-IPP
D: Th-IPP
E: Th-IPP
F: Th-IPP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,92416
ポリマ－125,2856
非ポリマー63910
水11,241624
1
A: Th-IPP
C: Th-IPP
E: Th-IPP
ヘテロ分子

A: Th-IPP
C: Th-IPP
E: Th-IPP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,08718
ポリマ－125,2856
非ポリマー80112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area17640 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area35010 Å2
手法PISA
2
B: Th-IPP
D: Th-IPP
F: Th-IPP
ヘテロ分子

B: Th-IPP
D: Th-IPP
F: Th-IPP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,76214
ポリマ－125,2856
非ポリマー4778
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area17200 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area35390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.112, 95.464, 113.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.12, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-185-

HOH

21B-191-

HOH

31B-403-

HOH

詳細Biological unit is a hexamer but not the AU

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Th-IPP


分子量: 20880.885 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermococcus Thioreducens (古細菌)
株: OGL-20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / 参照: UniProt: H0USY5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 634分子

#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 624 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: counter-diffusion / pH: 6
詳細: Hepes, MPD, CaCl, pH 6, counter diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 95978 / Num. obs: 95841 / % possible obs: 99 % / Rsym value: 0.078
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.8 % / Num. unique all: 9390 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 98.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.99 Å47.73 Å
Translation1.99 Å47.73 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TWL

1twl


解像度: 1.85→45.211 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.09 / FOM work R set: 0.847 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 4737 5 %
Rwork0.148 --
obs0.15 94749 98.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.606 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 99.23 Å2 / Biso mean: 23.631 Å2 / Biso min: 6.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.129 Å20 Å2-0.051 Å2
2--0.055 Å20 Å2
3---0.074 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→45.211 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8593 0 33 624 9250
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079992
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05213685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.5883882
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.9150.2694570.2278898935598
1.915-1.9920.2174580.18390429500100
1.992-2.0820.2265480.17589719519100
2.082-2.1920.1885020.14890019503100
2.192-2.330.2024460.15290629508100
2.33-2.510.1934730.1479056952999
2.51-2.7620.24680.1568999946799
2.762-3.1620.1884420.1469024946699
3.162-3.9830.1564650.1299015948098
3.983-45.2240.1474780.1258944942297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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