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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i8n | ||||||
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タイトル | A domain of a conserved functionally known protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633. | ||||||
![]() | uncharacterized protein VP2912 | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / APC64273.1 / Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG. | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tan, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A domain of a conserved functionally known protein from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633. 著者: Tan, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Experimentally unknown. The chains A and B may form a dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15005.357 Da / 分子数: 2 / 断片: residues189-315 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: RIMD 2210633 / 遺伝子: Vibrio parahaemolyticus, VP2912 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.26 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Bis-Tris Propane 2.0M Sodium Format, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月27日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.145→50 Å / Num. all: 20653 / Num. obs: 20653 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.6 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 45.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.736 / Mean I/σ(I) obs: 4.16 / Num. unique all: 1009 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: The number of reflections listed here treats f+ and f- separately.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 62.327 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.145→49.036 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Selection details: chain B |