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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3i6j | ||||||
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タイトル | Ribonuclease A by Classical hanging drop method after high X-Ray dose on ESRF ID14-2 beamline | ||||||
要素 | Ribonuclease pancreatic | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Ribonuclease A / Disulfide bond / Endonuclease / Glycation / Glycoprotein / Nuclease / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å | ||||||
データ登録者 | Pechkova, E. / Tripathi, S.K. / Ravelli, R. / McSweeney, S. / Nicolini, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Atomic structure and radiation resistance of langmuir-blodgett protein crystals 著者: Pechkova, E. / McSweeney, S. / Nicolini, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3i6j.cif.gz | 63.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3i6j.ent.gz | 46.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3i6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i6/3i6j | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: Pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 % / Mosaicity: 0.43 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 1.75M ammonium sulphate, 2.0M Sodium Chloride, 100mM Na-acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 1.3 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月14日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Diamond (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.3 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→55.739 Å / Num. obs: 37998 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. measured all: 28846 / Num. unique all: 5472 / Rsym value: 0.144 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2BLP 解像度: 1.3→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.204 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.862 / SU B: 1.743 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.057 / SU Rfree: 0.055 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.19 Å2 / Biso mean: 15.974 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→41.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20
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